More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2966 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  100 
 
 		 413 aa  836    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1312  multidrug efflux system subunit MdtA  93.46 
 
 		 410 aa  771    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164615  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  67.8 
 
 		 419 aa  552  1e-156  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2702  multidrug efflux system subunit MdtA  67.96 
 
 		 411 aa  531  1e-150  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  67.77 
 
 		 415 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  67.51 
 
 		 415 aa  514  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  67.77 
 
 		 415 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  67.77 
 
 		 415 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  67.51 
 
 		 415 aa  514  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  68.67 
 
 		 415 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  67.26 
 
 		 415 aa  513  1e-144  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  67.26 
 
 		 415 aa  513  1e-144  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  67.51 
 
 		 455 aa  513  1e-144  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  70.83 
 
 		 411 aa  507  9.999999999999999e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  63.04 
 
 		 444 aa  494  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  62.8 
 
 		 444 aa  492  9.999999999999999e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  64.32 
 
 		 427 aa  489  1e-137  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  64.43 
 
 		 413 aa  490  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2312  multidrug efflux system subunit MdtA  65.73 
 
 		 413 aa  485  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2256  multidrug efflux system subunit MdtA  65.47 
 
 		 413 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2356  multidrug efflux system subunit MdtA  65.73 
 
 		 413 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2472  multidrug efflux system subunit MdtA  69.94 
 
 		 413 aa  478  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.957345 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2363  multidrug efflux system subunit MdtA  65.47 
 
 		 413 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.67985 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2753  HlyD family secretion protein  45.05 
 
 		 444 aa  348  9e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0732  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.27 
 
 		 440 aa  348  1e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.29 
 
 		 435 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  52.63 
 
 		 435 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  50.57 
 
 		 430 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  47.89 
 
 		 435 aa  347  3e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.45 
 
 		 462 aa  341  1e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.45 
 
 		 462 aa  341  1e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2482  secretion protein HlyD  48.76 
 
 		 434 aa  341  2e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179732  normal  0.227362 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  52.35 
 
 		 436 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  48.74 
 
 		 435 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  49.85 
 
 		 449 aa  335  7e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  46.41 
 
 		 463 aa  330  2e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  46.41 
 
 		 457 aa  330  3e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0572  secretion protein HlyD  52.35 
 
 		 498 aa  329  5.0000000000000004e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0544292  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  45.5 
 
 		 457 aa  328  8e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  45.5 
 
 		 454 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0719  secretion protein HlyD  45.24 
 
 		 457 aa  327  3e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28820  secretion protein, HlyD family  43.22 
 
 		 441 aa  326  5e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.20411  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0514  secretion protein HlyD  52.22 
 
 		 523 aa  326  5e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131685  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1364  membrane fusion protein MdtA  44.87 
 
 		 442 aa  324  1e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.284522  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1369  membrane fusion protein MdtA  44.87 
 
 		 445 aa  324  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  48.84 
 
 		 407 aa  325  1e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1501  HlyD family secretion protein  44.87 
 
 		 445 aa  324  2e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.310778  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  45.59 
 
 		 456 aa  324  2e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  45.83 
 
 		 450 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2742  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.3 
 
 		 462 aa  317  3e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2519  RND family efflux transporter MFP subunit  48.3 
 
 		 462 aa  316  4e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0990554 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2866  HlyD family secretion protein  43.62 
 
 		 576 aa  315  7e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1771  RND family efflux transporter MFP subunit  47.58 
 
 		 469 aa  315  8e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.75905 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.14 
 
 		 388 aa  315  9.999999999999999e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.479598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.75 
 
 		 462 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2907  RND efflux system membrane fusion protein  47.88 
 
 		 433 aa  311  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484522  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  43.53 
 
 		 422 aa  310  2e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  47.72 
 
 		 426 aa  309  5e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1577  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.08 
 
 		 434 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.321925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  47.88 
 
 		 426 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.42 
 
 		 450 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.736393 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4319  RND family efflux transporter MFP subunit  45.35 
 
 		 460 aa  302  6.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0569861 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.11 
 
 		 451 aa  301  1e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0426406  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1124  RND family efflux transporter MFP subunit  41.33 
 
 		 408 aa  301  1e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360909 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0742  secretion protein HlyD  48.58 
 
 		 400 aa  299  6e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.460648 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.97 
 
 		 455 aa  299  7e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.568711  normal  0.749765 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3309  RND family efflux transporter MFP subunit  47.34 
 
 		 430 aa  298  2e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  46.81 
 
 		 458 aa  297  2e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.553493  normal  0.934455 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  44.9 
 
 		 401 aa  292  6e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2256  RND family efflux transporter MFP subunit  45.92 
 
 		 538 aa  289  6e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589481 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4166  RND family efflux transporter MFP subunit  41.88 
 
 		 427 aa  287  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.2 
 
 		 455 aa  286  7e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2591  RND family efflux transporter MFP subunit  45.48 
 
 		 463 aa  284  2.0000000000000002e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.422822  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2922  RND family efflux transporter MFP subunit  41.92 
 
 		 459 aa  283  3.0000000000000004e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.363027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  46.4 
 
 		 462 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1231  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.73 
 
 		 426 aa  280  2e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2826  secretion protein HlyD  46.25 
 
 		 464 aa  280  4e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.45041 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2829  secretion protein HlyD  39.28 
 
 		 433 aa  277  2e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2902  secretion protein HlyD  42.13 
 
 		 464 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.56576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2558  secretion protein HlyD  45.76 
 
 		 451 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3489  RND family efflux transporter MFP subunit  40.2 
 
 		 381 aa  277  3e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1169  RND family efflux transporter MFP subunit  44.55 
 
 		 389 aa  275  2.0000000000000002e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.567946  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3608  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.68 
 
 		 445 aa  268  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.704164  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2008  RND efflux system membrane fusion protein  40.77 
 
 		 446 aa  268  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0541376  normal  0.0158749 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3395  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.03 
 
 		 389 aa  268  2e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  43.95 
 
 		 457 aa  267  2.9999999999999995e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.06 
 
 		 409 aa  266  4e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.376199  normal  0.100184 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2420  RND family efflux transporter MFP subunit  45.28 
 
 		 421 aa  266  5.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.304256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2286  RND family efflux transporter MFP subunit  42.62 
 
 		 423 aa  264  2e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3932  multidrug resistance protein mdtA precursor  44.71 
 
 		 473 aa  264  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.416339 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1510  secretion protein HlyD  39.27 
 
 		 395 aa  263  3e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2038  RND family efflux transporter MFP subunit  43.28 
 
 		 482 aa  262  8e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0373239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2065  secretion protein HlyD  43.94 
 
 		 454 aa  261  1e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.309375  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1513  secretion protein HlyD  43.6 
 
 		 404 aa  258  1e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.461504  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3537  putative component of multidrug efflux pump, mdtA-like protein  40 
 
 		 389 aa  257  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1596  RND family efflux transporter MFP subunit  41.36 
 
 		 398 aa  258  2e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.566633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1266  secretion protein HlyD  40.11 
 
 		 411 aa  256  7e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.279661  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.91 
 
 		 391 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0736  RND family efflux transporter MFP subunit  37.94 
 
 		 387 aa  248  1e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0971  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40 
 
 		 416 aa  243  5e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>