More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2065 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  82.28 
 
 		 457 aa  722    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2065  secretion protein HlyD  100 
 
 		 454 aa  898    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.309375  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3932  multidrug resistance protein mdtA precursor  68.48 
 
 		 473 aa  608  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.416339 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2902  secretion protein HlyD  68.51 
 
 		 464 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.56576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2558  secretion protein HlyD  75.56 
 
 		 451 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  68.99 
 
 		 462 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  69.53 
 
 		 455 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2922  RND family efflux transporter MFP subunit  54.08 
 
 		 459 aa  386  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.363027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5556  HlyD family secretion protein  46.38 
 
 		 460 aa  349  7e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.357056  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1596  RND family efflux transporter MFP subunit  49.42 
 
 		 398 aa  313  5.999999999999999e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.566633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1169  RND family efflux transporter MFP subunit  46.11 
 
 		 389 aa  312  9e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.567946  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  45.36 
 
 		 449 aa  293  5e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.96 
 
 		 391 aa  293  6e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  45.73 
 
 		 415 aa  291  1e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.2 
 
 		 462 aa  291  2e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.2 
 
 		 462 aa  291  2e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.15 
 
 		 415 aa  290  3e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  46.15 
 
 		 415 aa  290  3e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  46.15 
 
 		 455 aa  290  4e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  45.18 
 
 		 415 aa  289  7e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  45.6 
 
 		 415 aa  288  2e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  45.6 
 
 		 415 aa  288  2e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3537  putative component of multidrug efflux pump, mdtA-like protein  45.53 
 
 		 389 aa  287  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  45.6 
 
 		 415 aa  288  2e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  45.6 
 
 		 415 aa  288  2e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  45.36 
 
 		 413 aa  285  1.0000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  45.61 
 
 		 411 aa  285  2.0000000000000002e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2363  multidrug efflux system subunit MdtA  45.3 
 
 		 413 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.67985 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  41.09 
 
 		 422 aa  285  2.0000000000000002e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2256  multidrug efflux system subunit MdtA  45.03 
 
 		 413 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2312  multidrug efflux system subunit MdtA  45.03 
 
 		 413 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2472  multidrug efflux system subunit MdtA  44.75 
 
 		 413 aa  282  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.957345 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  41.8 
 
 		 407 aa  281  1e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2356  multidrug efflux system subunit MdtA  44.75 
 
 		 413 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  43.05 
 
 		 430 aa  279  7e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1266  secretion protein HlyD  45.59 
 
 		 411 aa  277  3e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.279661  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1364  membrane fusion protein MdtA  43.57 
 
 		 442 aa  277  3e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.284522  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3395  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.82 
 
 		 389 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  45.51 
 
 		 427 aa  275  2.0000000000000002e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0572  secretion protein HlyD  46.48 
 
 		 498 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0544292  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  45.51 
 
 		 444 aa  275  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  42.09 
 
 		 444 aa  275  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1510  secretion protein HlyD  42.39 
 
 		 395 aa  273  4.0000000000000004e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1369  membrane fusion protein MdtA  43.04 
 
 		 445 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0732  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.08 
 
 		 440 aa  273  6e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0736  RND family efflux transporter MFP subunit  43.73 
 
 		 387 aa  271  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1501  HlyD family secretion protein  45.35 
 
 		 445 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.310778  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0514  secretion protein HlyD  46.95 
 
 		 523 aa  271  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131685  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2094  RND family efflux transporter MFP subunit  45.65 
 
 		 377 aa  271  2e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0888739  normal  0.0111779 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  45.35 
 
 		 401 aa  270  2.9999999999999997e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2866  HlyD family secretion protein  44.77 
 
 		 576 aa  270  5e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2753  HlyD family secretion protein  42.08 
 
 		 444 aa  269  8.999999999999999e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.32 
 
 		 381 aa  266  4e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  46.56 
 
 		 458 aa  266  5e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.553493  normal  0.934455 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  43.64 
 
 		 457 aa  265  1e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  42.24 
 
 		 436 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4166  RND family efflux transporter MFP subunit  39.9 
 
 		 427 aa  264  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  43.64 
 
 		 463 aa  265  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.14 
 
 		 435 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  43.64 
 
 		 456 aa  264  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.11 
 
 		 451 aa  263  4e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0426406  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28820  secretion protein, HlyD family  44.88 
 
 		 441 aa  263  4e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.20411  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4319  RND family efflux transporter MFP subunit  38.18 
 
 		 460 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0569861 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.62 
 
 		 462 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0971  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.46 
 
 		 416 aa  263  6e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0601  secretion protein HlyD  44.05 
 
 		 459 aa  263  6e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251315  normal  0.72194 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  42.9 
 
 		 386 aa  262  8e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  42.82 
 
 		 414 aa  261  1e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2482  secretion protein HlyD  42.9 
 
 		 434 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179732  normal  0.227362 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  43.75 
 
 		 454 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  43.75 
 
 		 457 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  44.24 
 
 		 413 aa  261  3e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3971  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.5 
 
 		 407 aa  261  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2742  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.27 
 
 		 462 aa  260  3e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2519  RND family efflux transporter MFP subunit  41.27 
 
 		 462 aa  260  4e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0990554 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  41.15 
 
 		 435 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1124  RND family efflux transporter MFP subunit  41.15 
 
 		 408 aa  259  7e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360909 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0719  secretion protein HlyD  43.44 
 
 		 457 aa  259  9e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  43.33 
 
 		 419 aa  258  1e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1312  multidrug efflux system subunit MdtA  44.24 
 
 		 410 aa  258  1e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164615  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  42.53 
 
 		 435 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  40.27 
 
 		 450 aa  258  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  42 
 
 		 426 aa  256  7e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1418  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  42.7 
 
 		 425 aa  256  8e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3170  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  44.51 
 
 		 412 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0585728  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1643  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  44.51 
 
 		 414 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0226554  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2144  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  44.51 
 
 		 412 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.254489  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2670  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  42.7 
 
 		 426 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.768547  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2530  RND family efflux transporter MFP subunit  44.51 
 
 		 412 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2583  RND family efflux transporter MFP subunit  44.51 
 
 		 411 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  42 
 
 		 426 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2907  RND efflux system membrane fusion protein  44.94 
 
 		 433 aa  253  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484522  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2856  RND family efflux transporter MFP subunit  42.62 
 
 		 417 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.197237 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1577  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.94 
 
 		 434 aa  253  7e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.321925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1771  RND family efflux transporter MFP subunit  43.33 
 
 		 469 aa  252  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.75905 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  39 
 
 		 435 aa  250  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.72 
 
 		 450 aa  248  1e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.736393 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0346  RND family efflux transporter MFP subunit  44.05 
 
 		 360 aa  248  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.499232  normal  0.99105 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1951  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  44.51 
 
 		 438 aa  246  4e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2826  secretion protein HlyD  42.81 
 
 		 464 aa  246  6e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.45041 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>