More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03141 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  100 
 
 		 449 aa  896    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  79.86 
 
 		 462 aa  646    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  79.86 
 
 		 462 aa  646    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0572  secretion protein HlyD  53.42 
 
 		 498 aa  437  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0544292  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0514  secretion protein HlyD  59.11 
 
 		 523 aa  432  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131685  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1364  membrane fusion protein MdtA  54 
 
 		 442 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.284522  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1369  membrane fusion protein MdtA  53.61 
 
 		 445 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1501  HlyD family secretion protein  54.2 
 
 		 445 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.310778  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  52.49 
 
 		 407 aa  399  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2866  HlyD family secretion protein  54.45 
 
 		 576 aa  393  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  52.64 
 
 		 456 aa  389  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1771  RND family efflux transporter MFP subunit  58.38 
 
 		 469 aa  388  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.75905 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  52.53 
 
 		 454 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  49.66 
 
 		 457 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  52.48 
 
 		 450 aa  384  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2907  RND efflux system membrane fusion protein  56.68 
 
 		 433 aa  383  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484522  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  50.83 
 
 		 463 aa  385  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  53.11 
 
 		 457 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2753  HlyD family secretion protein  49.26 
 
 		 444 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.99 
 
 		 450 aa  381  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.736393 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1577  efflux transporter, RND family, MFP subunit  58.89 
 
 		 434 aa  382  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.321925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  50.24 
 
 		 422 aa  381  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0719  secretion protein HlyD  52.85 
 
 		 457 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  58.13 
 
 		 458 aa  374  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.553493  normal  0.934455 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2482  secretion protein HlyD  51.5 
 
 		 434 aa  368  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179732  normal  0.227362 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28820  secretion protein, HlyD family  47.38 
 
 		 441 aa  369  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.20411  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  57.83 
 
 		 451 aa  369  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0426406  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  54.18 
 
 		 435 aa  370  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4319  RND family efflux transporter MFP subunit  48.96 
 
 		 460 aa  372  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0569861 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  45.8 
 
 		 419 aa  359  5e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  50.27 
 
 		 430 aa  359  6e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.57 
 
 		 462 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  49.73 
 
 		 435 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  49.37 
 
 		 426 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  49.1 
 
 		 444 aa  358  9.999999999999999e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  49.12 
 
 		 426 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2519  RND family efflux transporter MFP subunit  48.52 
 
 		 462 aa  355  8.999999999999999e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0990554 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2742  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.52 
 
 		 462 aa  355  8.999999999999999e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.14 
 
 		 435 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  50.39 
 
 		 413 aa  354  2e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  52.03 
 
 		 444 aa  353  4e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  52.03 
 
 		 427 aa  353  4e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.59 
 
 		 415 aa  350  2e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  49.32 
 
 		 415 aa  351  2e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  49.04 
 
 		 415 aa  351  2e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  49.03 
 
 		 436 aa  351  2e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  49.59 
 
 		 455 aa  351  2e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  49.59 
 
 		 415 aa  350  2e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  49.59 
 
 		 415 aa  350  3e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  49.59 
 
 		 415 aa  350  3e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  49.59 
 
 		 415 aa  350  4e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  49.59 
 
 		 415 aa  350  4e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0732  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.5 
 
 		 440 aa  349  5e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2829  secretion protein HlyD  47.26 
 
 		 433 aa  348  8e-95  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  49.58 
 
 		 435 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1124  RND family efflux transporter MFP subunit  48.29 
 
 		 408 aa  344  1e-93  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360909 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  48.61 
 
 		 411 aa  341  2e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2312  multidrug efflux system subunit MdtA  47.3 
 
 		 413 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  49.42 
 
 		 413 aa  338  9.999999999999999e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2472  multidrug efflux system subunit MdtA  49.72 
 
 		 413 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.957345 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4166  RND family efflux transporter MFP subunit  48.72 
 
 		 427 aa  338  9.999999999999999e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2256  multidrug efflux system subunit MdtA  49.72 
 
 		 413 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2356  multidrug efflux system subunit MdtA  49.72 
 
 		 413 aa  337  1.9999999999999998e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2256  RND family efflux transporter MFP subunit  52.85 
 
 		 538 aa  337  2.9999999999999997e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589481 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2363  multidrug efflux system subunit MdtA  49.17 
 
 		 413 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.67985 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2702  multidrug efflux system subunit MdtA  47.44 
 
 		 411 aa  335  1e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2826  secretion protein HlyD  45 
 
 		 464 aa  330  2e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.45041 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1312  multidrug efflux system subunit MdtA  45.48 
 
 		 410 aa  330  3e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164615  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.32 
 
 		 388 aa  330  4e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.479598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.7 
 
 		 455 aa  327  2.0000000000000001e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.568711  normal  0.749765 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2591  RND family efflux transporter MFP subunit  43.86 
 
 		 463 aa  319  5e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.422822  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3309  RND family efflux transporter MFP subunit  44.33 
 
 		 430 aa  318  1e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.12 
 
 		 455 aa  309  8e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2902  secretion protein HlyD  43.52 
 
 		 464 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.56576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0742  secretion protein HlyD  46.48 
 
 		 400 aa  306  6e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.460648 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3608  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.81 
 
 		 445 aa  303  3.0000000000000004e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.704164  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2038  RND family efflux transporter MFP subunit  47.14 
 
 		 482 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0373239  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  48.3 
 
 		 401 aa  303  4.0000000000000003e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3489  RND family efflux transporter MFP subunit  45.15 
 
 		 381 aa  301  1e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2065  secretion protein HlyD  42.58 
 
 		 454 aa  301  1e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.309375  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1231  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.81 
 
 		 426 aa  301  2e-80  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  41.86 
 
 		 462 aa  299  5e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2558  secretion protein HlyD  42.96 
 
 		 451 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1596  RND family efflux transporter MFP subunit  42.27 
 
 		 398 aa  290  3e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.566633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0601  secretion protein HlyD  44.72 
 
 		 459 aa  290  4e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251315  normal  0.72194 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1169  RND family efflux transporter MFP subunit  43.57 
 
 		 389 aa  288  1e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.567946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  41.41 
 
 		 457 aa  286  5e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3932  multidrug resistance protein mdtA precursor  43.75 
 
 		 473 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.416339 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1266  secretion protein HlyD  42.82 
 
 		 411 aa  281  2e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.279661  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1513  secretion protein HlyD  47.73 
 
 		 404 aa  281  2e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.461504  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2008  RND efflux system membrane fusion protein  44.59 
 
 		 446 aa  278  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0541376  normal  0.0158749 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0971  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.41 
 
 		 416 aa  277  3e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2922  RND family efflux transporter MFP subunit  43.55 
 
 		 459 aa  276  4e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.363027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2094  RND family efflux transporter MFP subunit  43.7 
 
 		 377 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0888739  normal  0.0111779 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.97 
 
 		 409 aa  273  7e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.376199  normal  0.100184 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2286  RND family efflux transporter MFP subunit  41.79 
 
 		 423 aa  272  8.000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3537  putative component of multidrug efflux pump, mdtA-like protein  42.75 
 
 		 389 aa  271  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5556  HlyD family secretion protein  40.05 
 
 		 460 aa  270  5e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.357056  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1510  secretion protein HlyD  39.64 
 
 		 395 aa  268  1e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2420  RND family efflux transporter MFP subunit  45.32 
 
 		 421 aa  263  6e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.304256  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>