More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0659 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 399 aa  798    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  70.28 
 
 		 407 aa  569  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  68.62 
 
 		 408 aa  556  1e-157  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  73.66 
 
 		 405 aa  546  1e-154  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  73.57 
 
 		 403 aa  541  1e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  73.82 
 
 		 403 aa  544  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  73.82 
 
 		 403 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  73.82 
 
 		 403 aa  542  1e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  73.4 
 
 		 405 aa  541  1e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  73.4 
 
 		 405 aa  542  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  73.95 
 
 		 403 aa  536  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  67.34 
 
 		 419 aa  533  1e-150  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  68.58 
 
 		 404 aa  525  1e-148  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  71.28 
 
 		 405 aa  518  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  74.86 
 
 		 375 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  42.53 
 
 		 397 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  41.6 
 
 		 402 aa  292  7e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  42.74 
 
 		 395 aa  286  5e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  42.18 
 
 		 397 aa  285  9e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  42.46 
 
 		 396 aa  285  9e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  40.95 
 
 		 395 aa  279  8e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  38.97 
 
 		 410 aa  272  7e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  39.04 
 
 		 410 aa  258  1e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  38.87 
 
 		 398 aa  238  1e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  33.87 
 
 		 410 aa  212  1e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  33.16 
 
 		 385 aa  207  3e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  32.56 
 
 		 385 aa  207  4e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  40.07 
 
 		 289 aa  196  7e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  33.59 
 
 		 387 aa  196  9e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 		 422 aa  191  1e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  28.43 
 
 		 393 aa  179  5.999999999999999e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  32.11 
 
 		 379 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  31.16 
 
 		 426 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  32.68 
 
 		 413 aa  156  7e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  29.8 
 
 		 423 aa  155  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  31.09 
 
 		 412 aa  152  8e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  31.9 
 
 		 388 aa  139  7e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.54 
 
 		 410 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29 
 
 		 393 aa  136  8e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  32.14 
 
 		 406 aa  136  8e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  29.89 
 
 		 395 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.38 
 
 		 454 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.28 
 
 		 448 aa  114  4.0000000000000004e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  26.22 
 
 		 372 aa  97.8  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  23.74 
 
 		 443 aa  94.4  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  28.14 
 
 		 392 aa  91.3  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  25.74 
 
 		 398 aa  90.5  4e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  32.47 
 
 		 359 aa  89.4  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  23.5 
 
 		 440 aa  87.4  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  26.16 
 
 		 426 aa  87  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.54 
 
 		 426 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4642  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.2 
 
 		 383 aa  84.3  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.195012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  25.39 
 
 		 376 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5556  HlyD family secretion protein  27.32 
 
 		 460 aa  81.6  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.357056  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.42 
 
 		 455 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  27.17 
 
 		 456 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 		 454 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 		 457 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0719  secretion protein HlyD  27.52 
 
 		 457 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  25.78 
 
 		 422 aa  76.6  0.0000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  26.89 
 
 		 463 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  26.11 
 
 		 419 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  26.89 
 
 		 457 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  27.01 
 
 		 392 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  26.61 
 
 		 450 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  24.32 
 
 		 439 aa  75.1  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.44 
 
 		 421 aa  74.7  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325844 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  20.83 
 
 		 443 aa  74.7  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0742  secretion protein HlyD  26.76 
 
 		 400 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.460648 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  26.29 
 
 		 411 aa  73.9  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1939  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.18 
 
 		 370 aa  73.6  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.128072 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  25.52 
 
 		 368 aa  73.6  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  22.84 
 
 		 361 aa  73.2  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  27.19 
 
 		 372 aa  72.8  0.000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  20.93 
 
 		 402 aa  72.8  0.000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  25 
 
 		 415 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  25 
 
 		 415 aa  72.4  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  24.39 
 
 		 444 aa  72.8  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 415 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  25 
 
 		 415 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  25 
 
 		 455 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  25.28 
 
 		 427 aa  72  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  25.28 
 
 		 444 aa  72  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.47 
 
 		 366 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0450  RND family efflux transporter MFP subunit  25.58 
 
 		 407 aa  71.2  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.825026 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2702  multidrug efflux system subunit MdtA  26.82 
 
 		 411 aa  71.2  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  25 
 
 		 415 aa  70.9  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  25 
 
 		 370 aa  70.9  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  25 
 
 		 415 aa  70.9  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  26.48 
 
 		 419 aa  70.5  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0906  RND family efflux transporter MFP subunit  26.97 
 
 		 391 aa  70.5  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7282  HlyD family secretion protein  31.08 
 
 		 377 aa  70.5  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548499  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  28.63 
 
 		 360 aa  70.5  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  25.07 
 
 		 357 aa  70.5  0.00000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.42 
 
 		 383 aa  70.1  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.28 
 
 		 393 aa  70.1  0.00000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2916  RND family efflux transporter MFP subunit  21.23 
 
 		 449 aa  70.5  0.00000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.07 
 
 		 384 aa  70.1  0.00000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  27.13 
 
 		 365 aa  69.7  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  29.44 
 
 		 390 aa  69.7  0.00000000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>