More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3902 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 392 aa  763    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  29.46 
 
 		 385 aa  123  7e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  28.57 
 
 		 385 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  28.75 
 
 		 408 aa  104  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 407 aa  103  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  29.43 
 
 		 398 aa  102  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  27.48 
 
 		 410 aa  97.4  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.17 
 
 		 448 aa  97.1  5e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  26.05 
 
 		 397 aa  97.1  5e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  32.34 
 
 		 402 aa  96.3  9e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  29.25 
 
 		 396 aa  95.5  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.97 
 
 		 454 aa  94.4  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  25.52 
 
 		 387 aa  93.2  7e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  28.14 
 
 		 399 aa  91.7  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  27.01 
 
 		 395 aa  91.3  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  30 
 
 		 393 aa  90.9  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  31.07 
 
 		 376 aa  87.8  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  25.79 
 
 		 395 aa  87  5e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  26.98 
 
 		 368 aa  87  6e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  23.25 
 
 		 426 aa  86.7  7e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  30.84 
 
 		 354 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1971  secretion protein HlyD  29.72 
 
 		 362 aa  86.3  8e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2635  RND family efflux transporter MFP subunit  26.54 
 
 		 370 aa  86.3  8e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0171634  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  29.03 
 
 		 368 aa  86.3  9e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1124  RND family efflux transporter MFP subunit  30.85 
 
 		 408 aa  86.3  9e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360909 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.11 
 
 		 393 aa  86.3  9e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  29.23 
 
 		 419 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  28.26 
 
 		 367 aa  85.1  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  25.39 
 
 		 410 aa  84.7  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  29.32 
 
 		 340 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  29.73 
 
 		 356 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.41 
 
 		 356 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.34 
 
 		 397 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.68 
 
 		 410 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  28.97 
 
 		 379 aa  83.2  0.000000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1246  RND family efflux transporter MFP subunit  25.78 
 
 		 373 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  30.25 
 
 		 410 aa  82.8  0.000000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2753  HlyD family secretion protein  25.51 
 
 		 444 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3278  hypothetical protein  26.14 
 
 		 374 aa  82  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  29 
 
 		 404 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  30.41 
 
 		 409 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  26.35 
 
 		 405 aa  82  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5087  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.93 
 
 		 357 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156095  normal  0.0832308 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3112  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 374 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1316  RND family efflux transporter MFP subunit  24.84 
 
 		 373 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0457326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1526  RND family efflux transporter MFP subunit  26.89 
 
 		 423 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.692168  normal  0.0164989 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  28.21 
 
 		 372 aa  80.5  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  24.87 
 
 		 368 aa  80.5  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  25.07 
 
 		 397 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  32.09 
 
 		 435 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.48 
 
 		 363 aa  80.1  0.00000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  30.63 
 
 		 364 aa  79.7  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.63 
 
 		 435 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.32 
 
 		 368 aa  79.3  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  25.54 
 
 		 372 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  26.98 
 
 		 398 aa  79.3  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  30.69 
 
 		 405 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0971  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.32 
 
 		 416 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  28.67 
 
 		 435 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  29.9 
 
 		 361 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  28.47 
 
 		 360 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  36.36 
 
 		 476 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  27.54 
 
 		 354 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.9 
 
 		 438 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.544766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  27.91 
 
 		 436 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  25.23 
 
 		 372 aa  77.4  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1148  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 373 aa  77  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  27.12 
 
 		 289 aa  76.6  0.0000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  25.08 
 
 		 395 aa  76.3  0.0000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1296  RND family efflux transporter MFP subunit  24.53 
 
 		 373 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00794293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  29.29 
 
 		 374 aa  76.3  0.0000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  30.39 
 
 		 368 aa  75.5  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2408  secretion protein HlyD  27.99 
 
 		 404 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000198894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  29.62 
 
 		 364 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  23.24 
 
 		 423 aa  75.5  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  27.59 
 
 		 394 aa  75.5  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0344  secretion protein HlyD  27.96 
 
 		 372 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3537  putative component of multidrug efflux pump, mdtA-like protein  28.26 
 
 		 389 aa  74.3  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  26.53 
 
 		 407 aa  74.3  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  27.65 
 
 		 363 aa  74.3  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.54 
 
 		 379 aa  74.3  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2482  secretion protein HlyD  25.5 
 
 		 434 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179732  normal  0.227362 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0108  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.6 
 
 		 458 aa  73.9  0.000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1325  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 370 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.784041  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  22.6 
 
 		 372 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3395  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.84 
 
 		 389 aa  74.3  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  34.69 
 
 		 412 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1389  HlyD family secretion protein  27.34 
 
 		 435 aa  73.9  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379904  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  35.93 
 
 		 384 aa  73.9  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  34.69 
 
 		 412 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.84 
 
 		 379 aa  73.6  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  31.33 
 
 		 386 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  27.34 
 
 		 349 aa  73.2  0.000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.18 
 
 		 380 aa  73.2  0.000000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  34.69 
 
 		 412 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  27.33 
 
 		 380 aa  73.2  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1316  secretion protein HlyD  27.83 
 
 		 501 aa  73.2  0.000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  25.25 
 
 		 426 aa  73.2  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.37 
 
 		 426 aa  72.8  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.92 
 
 		 351 aa  72.8  0.000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>