More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4647 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 426 aa  865    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  43.6 
 
 		 423 aa  325  8.000000000000001e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  37.06 
 
 		 422 aa  209  5e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  30.23 
 
 		 402 aa  191  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  31.15 
 
 		 410 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  30.53 
 
 		 397 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  35.22 
 
 		 289 aa  189  7e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  30.79 
 
 		 396 aa  187  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  30.3 
 
 		 398 aa  182  9.000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  30.38 
 
 		 395 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  29.47 
 
 		 407 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  30.69 
 
 		 397 aa  178  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  30.83 
 
 		 410 aa  177  5e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  30.28 
 
 		 410 aa  175  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  31.16 
 
 		 399 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  30.32 
 
 		 408 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  29.77 
 
 		 395 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  31.27 
 
 		 404 aa  169  9e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.35 
 
 		 410 aa  168  2e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  29.95 
 
 		 405 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  29.85 
 
 		 419 aa  162  9e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  30.22 
 
 		 405 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  29.98 
 
 		 405 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  30.16 
 
 		 375 aa  150  4e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  29.73 
 
 		 405 aa  150  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 		 403 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  25.74 
 
 		 393 aa  147  3e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 		 403 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.05 
 
 		 403 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 		 403 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 		 403 aa  143  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.68 
 
 		 393 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  28.93 
 
 		 385 aa  139  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  29.17 
 
 		 385 aa  139  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  29.57 
 
 		 406 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 		 412 aa  134  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 388 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  27.54 
 
 		 413 aa  125  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.31 
 
 		 454 aa  122  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 		 387 aa  120  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  26.33 
 
 		 379 aa  114  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  24.61 
 
 		 395 aa  112  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.56 
 
 		 448 aa  110  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  24.56 
 
 		 372 aa  102  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  25.19 
 
 		 372 aa  97.1  5e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  24.55 
 
 		 359 aa  96.7  7e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  23.82 
 
 		 379 aa  95.5  1e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  23.24 
 
 		 440 aa  94.7  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  24.11 
 
 		 402 aa  93.6  6e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0119  CmeA  25.3 
 
 		 373 aa  93.2  9e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.27 
 
 		 415 aa  92.4  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  23.62 
 
 		 398 aa  91.3  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0535  secretion protein HlyD  23.7 
 
 		 366 aa  90.9  4e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1124  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 408 aa  89  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360909 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  21.69 
 
 		 376 aa  89  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.37 
 
 		 380 aa  88.2  3e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1640  CmeA  23.77 
 
 		 386 aa  87.4  5e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  23.5 
 
 		 354 aa  87.4  5e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0035  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.95 
 
 		 404 aa  87  6e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  24.88 
 
 		 462 aa  87  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  23.56 
 
 		 443 aa  86.7  7e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.64 
 
 		 451 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0426406  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.58 
 
 		 462 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1216  RND family efflux transporter MFP subunit  24.3 
 
 		 379 aa  84.3  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.152303  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  21.46 
 
 		 349 aa  84.3  0.000000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.44 
 
 		 455 aa  84  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2558  secretion protein HlyD  24.57 
 
 		 451 aa  84  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  26.15 
 
 		 368 aa  83.6  0.000000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2450  RND family efflux transporter MFP subunit  25.84 
 
 		 373 aa  83.6  0.000000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  22.22 
 
 		 372 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  21.08 
 
 		 372 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  23.58 
 
 		 392 aa  82.8  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0948  secretion protein HlyD  24.63 
 
 		 413 aa  82.4  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.297274  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  25.25 
 
 		 379 aa  81.6  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0732  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.76 
 
 		 440 aa  82  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0742  secretion protein HlyD  25.2 
 
 		 400 aa  82  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.460648 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  25.25 
 
 		 451 aa  81.6  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1559  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  22.39 
 
 		 365 aa  81.3  0.00000000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.74 
 
 		 383 aa  81.3  0.00000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000507809  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2742  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.81 
 
 		 462 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2519  RND family efflux transporter MFP subunit  23.81 
 
 		 462 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0990554 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2902  secretion protein HlyD  24.05 
 
 		 464 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.56576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  23.47 
 
 		 364 aa  79.7  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2285  RND family efflux transporter MFP subunit  26.11 
 
 		 428 aa  79.7  0.00000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134622 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1255  RND family efflux transporter MFP subunit  24.85 
 
 		 391 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.518513 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  24.73 
 
 		 405 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  24.4 
 
 		 405 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0565  CmeA  25.82 
 
 		 354 aa  78.6  0.0000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000015665  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.03 
 
 		 403 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.25741  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  21.14 
 
 		 372 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2256  RND family efflux transporter MFP subunit  24.44 
 
 		 538 aa  78.6  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589481 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  22.66 
 
 		 369 aa  78.6  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  24.73 
 
 		 405 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  24.73 
 
 		 405 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  23.86 
 
 		 405 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1771  RND family efflux transporter MFP subunit  22.93 
 
 		 469 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.75905 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.91 
 
 		 440 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1590  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  26.65 
 
 		 367 aa  77.8  0.0000000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.29 
 
 		 362 aa  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  24.58 
 
 		 451 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>