More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2285 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_2192  RND family efflux transporter MFP subunit  84.12 
 
 		 408 aa  689    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2285  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 428 aa  870    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134622 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1939  RND family efflux transporter MFP subunit  74.51 
 
 		 418 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0238209  hitchhiker  0.000755342 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1992  secretion protein HlyD family protein  74.39 
 
 		 418 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.125579  normal  0.0134883 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2037  RND family efflux transporter MFP subunit  77.78 
 
 		 418 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.421969  normal  0.135437 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.01 
 
 		 405 aa  224  3e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  33.42 
 
 		 394 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  36.52 
 
 		 428 aa  211  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  37.18 
 
 		 425 aa  209  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1701  secretion protein HlyD  34.05 
 
 		 412 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.17328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3063  secretion protein HlyD  35.39 
 
 		 412 aa  206  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000572272  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  35.96 
 
 		 405 aa  202  9e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.52 
 
 		 424 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0689  secretion protein HlyD  33.42 
 
 		 411 aa  202  9.999999999999999e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4148  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.71 
 
 		 560 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  33.72 
 
 		 422 aa  201  1.9999999999999998e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  32.98 
 
 		 391 aa  200  3.9999999999999996e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  35.63 
 
 		 434 aa  200  3.9999999999999996e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.45 
 
 		 383 aa  200  5e-50  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000507809  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  35.52 
 
 		 406 aa  200  5e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  37.46 
 
 		 430 aa  199  9e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1074  RND family efflux transporter MFP subunit  34.93 
 
 		 405 aa  199  9e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.151684  normal  0.62301 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0410  RND family efflux transporter MFP subunit  36.06 
 
 		 407 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2638  RND family efflux transporter MFP subunit  37.18 
 
 		 424 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1999  secretion protein HlyD  37.18 
 
 		 424 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.931394  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5837  secretion protein HlyD  36.11 
 
 		 412 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.91911  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2609  RND family efflux transporter MFP subunit  37.18 
 
 		 424 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0688  RND family efflux transporter MFP subunit  36.93 
 
 		 431 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.921638  normal  0.624256 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  33.16 
 
 		 428 aa  196  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0680  RND family efflux transporter MFP subunit  37.46 
 
 		 420 aa  196  7e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.557778  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  34.81 
 
 		 385 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 386 aa  195  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  34.15 
 
 		 372 aa  195  1e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.62 
 
 		 393 aa  195  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6204  RND family efflux transporter MFP subunit  36.11 
 
 		 412 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103192  hitchhiker  0.00610274 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  31.76 
 
 		 416 aa  194  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1018  RND family efflux transporter MFP subunit  37.46 
 
 		 420 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6607  HlyD family secretion protein  36.94 
 
 		 418 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.032922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.02 
 
 		 411 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  33.77 
 
 		 433 aa  194  3e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  35.22 
 
 		 368 aa  194  4e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0854  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  37.46 
 
 		 420 aa  193  5e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719076  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0610  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  37.46 
 
 		 420 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.80065  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0315  RND family efflux transporter MFP subunit  37.46 
 
 		 420 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0058  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  37.46 
 
 		 420 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0523497  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1593  secretion protein HlyD  35.48 
 
 		 400 aa  193  5e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000034507  unclonable  0.000000261884 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2445  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  37.46 
 
 		 420 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1391  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 401 aa  193  6e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.217202  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6680  RND family efflux transporter MFP subunit  36.11 
 
 		 412 aa  193  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.231623  normal  0.121297 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3258  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.22 
 
 		 410 aa  192  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.110627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0859  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  37.46 
 
 		 420 aa  192  7e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2529  RND family efflux transporter MFP subunit  37.04 
 
 		 432 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.210606 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  34.37 
 
 		 397 aa  192  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0825  RND family efflux transporter MFP subunit  33.63 
 
 		 383 aa  191  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.08 
 
 		 395 aa  191  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  35.44 
 
 		 430 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3304  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.24 
 
 		 414 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  35.4 
 
 		 386 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000318769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2607  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.4 
 
 		 422 aa  190  4e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113369  normal  0.140751 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.97 
 
 		 422 aa  190  5e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3553  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  34.1 
 
 		 378 aa  190  5e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  36.8 
 
 		 400 aa  189  5.999999999999999e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44050  multidrug efflux pump membrane fusion protein  31.7 
 
 		 427 aa  189  7e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  34.88 
 
 		 380 aa  189  9e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.15 
 
 		 433 aa  189  1e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  35.18 
 
 		 415 aa  189  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.26 
 
 		 410 aa  188  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4070  secretion protein HlyD  32.29 
 
 		 405 aa  188  1e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.409958  normal  0.154431 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5495  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.39 
 
 		 384 aa  188  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.318515  normal  0.60957 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  35.73 
 
 		 412 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2656  RND family efflux transporter MFP subunit  36.47 
 
 		 432 aa  188  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.444245  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00481  multidrug resistance protein  31.17 
 
 		 434 aa  187  3e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  34.97 
 
 		 398 aa  187  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0335  HlyD family secretion protein  35.87 
 
 		 411 aa  186  6e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2293  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.76 
 
 		 430 aa  186  7e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6004  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  34.18 
 
 		 378 aa  186  7e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00823963 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2256  RND family efflux transporter MFP subunit  38.93 
 
 		 404 aa  186  9e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  34.62 
 
 		 394 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3094  putative efflux transporter  32.35 
 
 		 393 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000031387  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  32.98 
 
 		 386 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.884794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  31.28 
 
 		 418 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3493  RND family efflux transporter MFP subunit  34.34 
 
 		 381 aa  185  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0708  membrane fusion protein, RND efflux pump  36.39 
 
 		 410 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0307  HlyD family secretion protein  35.56 
 
 		 411 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.556263  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  35.31 
 
 		 395 aa  184  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0647  RND family efflux transporter MFP subunit  34.06 
 
 		 425 aa  184  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5503  RND family efflux transporter MFP subunit  34.06 
 
 		 445 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00522591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  34.63 
 
 		 408 aa  184  4.0000000000000006e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0932  precursor of drug resistance protein  30.41 
 
 		 396 aa  183  5.0000000000000004e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  31.27 
 
 		 389 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  31.94 
 
 		 392 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0828  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 		 396 aa  183  5.0000000000000004e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  33.15 
 
 		 367 aa  183  6e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3588  secretion protein HlyD  36.46 
 
 		 415 aa  183  6e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  35.74 
 
 		 388 aa  183  6e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  35.74 
 
 		 395 aa  182  7e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  35.74 
 
 		 395 aa  182  7e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1229  RND efflux system membrane fusion protein  32.14 
 
 		 428 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0847833 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  35.44 
 
 		 386 aa  182  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3422  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.17 
 
 		 469 aa  182  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>