More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1870 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2238  secretion protein HlyD  82.59 
 
 		 431 aa  644    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  100 
 
 		 428 aa  864    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  69.65 
 
 		 405 aa  491  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.34834  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  56.44 
 
 		 392 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  57.26 
 
 		 400 aa  377  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  52.56 
 
 		 405 aa  378  1e-103  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.19 
 
 		 422 aa  369  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.82 
 
 		 395 aa  368  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  57.1 
 
 		 399 aa  365  1e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.91 
 
 		 433 aa  364  1e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  54.14 
 
 		 395 aa  365  1e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  51.96 
 
 		 394 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3586  RND family efflux transporter MFP subunit  52.33 
 
 		 386 aa  359  5e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4006  RND family efflux transporter MFP subunit  52.05 
 
 		 386 aa  358  7e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  51.55 
 
 		 394 aa  358  8e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1836  multidrug efflux transport protein EefA  52.86 
 
 		 373 aa  357  2.9999999999999997e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000609578 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  51.93 
 
 		 425 aa  350  2e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2479  RND family efflux transporter MFP subunit  52.79 
 
 		 384 aa  350  2e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  52.74 
 
 		 390 aa  350  4e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  51.66 
 
 		 405 aa  349  6e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2050  secretion protein HlyD  51.65 
 
 		 426 aa  348  9e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.01 
 
 		 396 aa  346  4e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  49.31 
 
 		 395 aa  345  1e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  49.31 
 
 		 395 aa  345  1e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  51.91 
 
 		 423 aa  345  1e-93  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0680  RND family efflux transporter MFP subunit  52.34 
 
 		 420 aa  345  1e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.557778  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3719  RND family efflux transporter MFP subunit  53.25 
 
 		 353 aa  345  1e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.4 
 
 		 379 aa  345  1e-93  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  49.31 
 
 		 388 aa  345  1e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1927  multidrug efflux transport protein EefA  52.86 
 
 		 373 aa  344  2e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000645896 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  51.77 
 
 		 397 aa  341  1e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3499  RND family efflux transporter MFP subunit  54.64 
 
 		 395 aa  342  1e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0344164  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0688  RND family efflux transporter MFP subunit  53.04 
 
 		 431 aa  341  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.921638  normal  0.624256 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6204  RND family efflux transporter MFP subunit  51.23 
 
 		 412 aa  341  2e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103192  hitchhiker  0.00610274 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6680  RND family efflux transporter MFP subunit  52.38 
 
 		 412 aa  339  5e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.231623  normal  0.121297 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  50.14 
 
 		 386 aa  339  7e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3800  RND family efflux transporter MFP subunit  47.89 
 
 		 404 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.582867  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  51.25 
 
 		 382 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  47.71 
 
 		 386 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5837  secretion protein HlyD  50.96 
 
 		 412 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.91911  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.1 
 
 		 386 aa  335  7e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50 
 
 		 403 aa  335  7e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1018  RND family efflux transporter MFP subunit  52.09 
 
 		 420 aa  334  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2638  RND family efflux transporter MFP subunit  51.1 
 
 		 424 aa  335  1e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1999  secretion protein HlyD  51.1 
 
 		 424 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.931394  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  50.68 
 
 		 409 aa  335  1e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2609  RND family efflux transporter MFP subunit  51.1 
 
 		 424 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  50.68 
 
 		 409 aa  334  2e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.67 
 
 		 398 aa  334  2e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  50.41 
 
 		 409 aa  333  3e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  50.41 
 
 		 397 aa  333  4e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  50.41 
 
 		 397 aa  333  4e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.41 
 
 		 397 aa  333  4e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  50.41 
 
 		 397 aa  333  4e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  50.41 
 
 		 397 aa  333  4e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  50.41 
 
 		 397 aa  333  4e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0315  RND family efflux transporter MFP subunit  51.81 
 
 		 420 aa  332  5e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2445  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  51.81 
 
 		 420 aa  332  5e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.22 
 
 		 381 aa  333  5e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0854  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  51.81 
 
 		 420 aa  332  5e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719076  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  47.22 
 
 		 381 aa  333  5e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0058  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  51.81 
 
 		 420 aa  332  5e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0523497  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0610  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  51.81 
 
 		 420 aa  332  5e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.80065  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6607  HlyD family secretion protein  51.26 
 
 		 418 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.032922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  47.51 
 
 		 383 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0859  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  51.53 
 
 		 420 aa  332  9e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2529  RND family efflux transporter MFP subunit  51.54 
 
 		 432 aa  332  1e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.210606 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  47.22 
 
 		 381 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4693  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  49.17 
 
 		 382 aa  331  2e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  47 
 
 		 442 aa  331  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01888  drug efflux lipoprotein  53.13 
 
 		 409 aa  330  3e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.22 
 
 		 415 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  48.75 
 
 		 382 aa  329  6e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2656  RND family efflux transporter MFP subunit  51.26 
 
 		 432 aa  329  6e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.444245  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  48.48 
 
 		 382 aa  329  6e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.08 
 
 		 397 aa  329  7e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0090  RND family efflux transporter MFP subunit  48.33 
 
 		 381 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  48.75 
 
 		 382 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2967  multidrug resistance protein  55 
 
 		 415 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0530  RND family efflux transporter MFP subunit  49.19 
 
 		 394 aa  328  2.0000000000000001e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.727313  normal  0.0367065 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  48.77 
 
 		 400 aa  327  3e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0152  RND family efflux transporter MFP subunit  46.77 
 
 		 385 aa  326  6e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4061  RND family efflux transporter MFP subunit  46.83 
 
 		 383 aa  325  1e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000265031  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3553  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  48.49 
 
 		 378 aa  325  1e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2866  secretion protein HlyD  49.31 
 
 		 400 aa  323  3e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.21396  normal  0.0804187 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3863  RND family efflux transporter MFP subunit  48.42 
 
 		 382 aa  323  3e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  49.18 
 
 		 381 aa  323  4e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 		 386 aa  322  7e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000318769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  47.48 
 
 		 418 aa  322  7e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  47.48 
 
 		 418 aa  322  7e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2112  RND family efflux transporter MFP subunit  50.13 
 
 		 450 aa  322  7e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  47.54 
 
 		 384 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6463  RND family efflux transporter MFP subunit  47.21 
 
 		 418 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984064  normal  0.35165 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  47.54 
 
 		 384 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2894  RND family efflux transporter MFP subunit  46.07 
 
 		 397 aa  319  5e-86  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.781676  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  48.68 
 
 		 384 aa  319  6e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3258  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.57 
 
 		 410 aa  318  1e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.110627  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.27 
 
 		 384 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3367  RND family efflux transporter MFP subunit  49.71 
 
 		 480 aa  318  1e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  47.38 
 
 		 385 aa  318  1e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>