More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2427 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 380 aa  746    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  74.93 
 
 		 385 aa  559  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2817  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexC  80.76 
 
 		 378 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.182401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  73.99 
 
 		 387 aa  547  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5240  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexC precursor  73.99 
 
 		 387 aa  512  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2283  secretion protein HlyD  63.64 
 
 		 386 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2593  multidrug resistance protein, AcrA/AcrE family  63.43 
 
 		 386 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.800698  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5858  RND family efflux transporter MFP subunit  59.78 
 
 		 409 aa  378  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.965315  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1460  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.57 
 
 		 367 aa  347  3e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  50.41 
 
 		 381 aa  333  4e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00231  membrane fusion protein  53.56 
 
 		 356 aa  332  8e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  46.98 
 
 		 406 aa  305  6e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3745  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.09 
 
 		 423 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  50.13 
 
 		 398 aa  303  5.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3422  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.09 
 
 		 469 aa  302  7.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  45.98 
 
 		 395 aa  300  2e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.69 
 
 		 422 aa  297  2e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  44.71 
 
 		 392 aa  296  3e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  46.05 
 
 		 428 aa  296  3e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  48.95 
 
 		 430 aa  296  3e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  46.09 
 
 		 382 aa  296  3e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  46.09 
 
 		 382 aa  296  5e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0090  RND family efflux transporter MFP subunit  45.92 
 
 		 381 aa  294  1e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  47.28 
 
 		 433 aa  294  2e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4693  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  45.97 
 
 		 382 aa  294  2e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  48.06 
 
 		 415 aa  293  2e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  45.8 
 
 		 382 aa  294  2e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2893  secretion protein HlyD  48.13 
 
 		 385 aa  293  4e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127871  normal  0.371656 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  44.86 
 
 		 381 aa  293  4e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  44.59 
 
 		 381 aa  293  5e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.59 
 
 		 381 aa  293  5e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50 
 
 		 424 aa  292  7e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  44.65 
 
 		 397 aa  291  1e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.83 
 
 		 395 aa  290  3e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  42.67 
 
 		 386 aa  290  3e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  45.26 
 
 		 409 aa  290  4e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.16 
 
 		 436 aa  289  5.0000000000000004e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  45.26 
 
 		 409 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  45.45 
 
 		 385 aa  288  7e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  47 
 
 		 391 aa  288  9e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0383787 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  44.99 
 
 		 397 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.99 
 
 		 397 aa  288  1e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  44.99 
 
 		 397 aa  288  1e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  44.99 
 
 		 397 aa  288  1e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  44.99 
 
 		 397 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  44.99 
 
 		 409 aa  288  1e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  44.99 
 
 		 397 aa  288  1e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  45.18 
 
 		 385 aa  288  1e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.18 
 
 		 385 aa  287  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  45.18 
 
 		 385 aa  287  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  45.68 
 
 		 386 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000318769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  45.18 
 
 		 385 aa  287  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  45.18 
 
 		 385 aa  287  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  43.5 
 
 		 405 aa  286  4e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.11 
 
 		 433 aa  286  5e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  44.9 
 
 		 385 aa  285  7e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  44.9 
 
 		 385 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  45.86 
 
 		 400 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  42.78 
 
 		 395 aa  285  1.0000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  46.05 
 
 		 400 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  42.78 
 
 		 395 aa  285  1.0000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  42.78 
 
 		 388 aa  285  1.0000000000000001e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  44.9 
 
 		 385 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  43.16 
 
 		 379 aa  283  3.0000000000000004e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.596756 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3863  RND family efflux transporter MFP subunit  44.65 
 
 		 382 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.06 
 
 		 410 aa  282  6.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  48.01 
 
 		 408 aa  281  1e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  47.9 
 
 		 434 aa  281  1e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  46.33 
 
 		 394 aa  280  2e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  47.04 
 
 		 430 aa  279  5e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3553  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  43.82 
 
 		 378 aa  279  6e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.56 
 
 		 441 aa  279  7e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  46.8 
 
 		 412 aa  279  7e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  44.56 
 
 		 441 aa  279  8e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  45.71 
 
 		 385 aa  278  9e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.369196 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  45.71 
 
 		 385 aa  278  9e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  45.71 
 
 		 385 aa  278  9e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  48.57 
 
 		 391 aa  278  9e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  41.49 
 
 		 379 aa  278  1e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3583  acriflavine resistance protein E  46.29 
 
 		 385 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  45.61 
 
 		 425 aa  277  2e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.83 
 
 		 446 aa  278  2e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4061  RND family efflux transporter MFP subunit  41.94 
 
 		 383 aa  276  4e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000265031  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.86 
 
 		 396 aa  276  4e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.97 
 
 		 398 aa  276  5e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  45.28 
 
 		 405 aa  276  5e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.81 
 
 		 411 aa  275  9e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0152  RND family efflux transporter MFP subunit  42.33 
 
 		 385 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2314  RND family efflux transporter MFP subunit  48.19 
 
 		 391 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.42 
 
 		 391 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.297905 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  43.55 
 
 		 383 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0688  RND family efflux transporter MFP subunit  44 
 
 		 431 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.921638  normal  0.624256 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0680  RND family efflux transporter MFP subunit  44.47 
 
 		 420 aa  271  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.557778  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.69 
 
 		 397 aa  271  1e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2638  RND family efflux transporter MFP subunit  44.17 
 
 		 424 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2680  secretion protein HlyD  43.27 
 
 		 393 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957988  normal  0.305533 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  43.28 
 
 		 442 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  44.54 
 
 		 394 aa  271  2e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0058  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  44.38 
 
 		 420 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0523497  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0854  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  44.38 
 
 		 420 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719076  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>