More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3714 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
408 aa  800    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  63.34 
 
 
428 aa  441  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  62.04 
 
 
430 aa  432  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  60.7 
 
 
430 aa  410  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  63.46 
 
 
434 aa  408  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  60.91 
 
 
424 aa  410  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  59.24 
 
 
436 aa  392  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  57.07 
 
 
433 aa  392  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2887  RND family efflux transporter MFP subunit  62.14 
 
 
430 aa  387  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.303028  normal  0.0961096 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3745  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.17 
 
 
423 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3422  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.17 
 
 
469 aa  355  8.999999999999999e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2256  RND family efflux transporter MFP subunit  57.07 
 
 
404 aa  354  2e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  53.97 
 
 
398 aa  348  7e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  50.67 
 
 
415 aa  344  2e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  45.92 
 
 
392 aa  333  2e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  49.23 
 
 
381 aa  326  5e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.1 
 
 
399 aa  322  7e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  46.19 
 
 
400 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3588  secretion protein HlyD  51.38 
 
 
415 aa  319  5e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.65 
 
 
422 aa  318  9e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.82 
 
 
433 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.28 
 
 
410 aa  309  5e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  49.86 
 
 
412 aa  309  5e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  46.06 
 
 
395 aa  308  1.0000000000000001e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  47.2 
 
 
406 aa  306  5.0000000000000004e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  44.68 
 
 
405 aa  305  7e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.14 
 
 
411 aa  305  1.0000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  44.96 
 
 
394 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  43.8 
 
 
390 aa  303  4.0000000000000003e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  50.14 
 
 
391 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  49.18 
 
 
391 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  45.5 
 
 
405 aa  300  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.97 
 
 
395 aa  299  7e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01888  drug efflux lipoprotein  46.72 
 
 
409 aa  298  8e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  42.93 
 
 
428 aa  298  8e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  45.76 
 
 
367 aa  296  6e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  42.86 
 
 
385 aa  295  7e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  42.86 
 
 
385 aa  295  7e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.369196 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  42.86 
 
 
385 aa  295  7e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  46.7 
 
 
386 aa  295  8e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.884794  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  43.04 
 
 
383 aa  294  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.7 
 
 
391 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.297905 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  47.18 
 
 
397 aa  294  2e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  44.05 
 
 
385 aa  294  2e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2893  secretion protein HlyD  46.13 
 
 
385 aa  293  3e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127871  normal  0.371656 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  43.78 
 
 
385 aa  293  3e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  43.04 
 
 
442 aa  293  3e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  44.81 
 
 
395 aa  293  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  44.81 
 
 
395 aa  293  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.78 
 
 
385 aa  293  5e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  43.78 
 
 
385 aa  293  5e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  44.81 
 
 
388 aa  293  5e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  43.78 
 
 
385 aa  293  5e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2314  RND family efflux transporter MFP subunit  50.7 
 
 
391 aa  293  5e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  43.78 
 
 
385 aa  293  5e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  43.78 
 
 
385 aa  292  8e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3583  acriflavine resistance protein E  42.61 
 
 
385 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  43.51 
 
 
385 aa  291  2e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  43.51 
 
 
385 aa  291  2e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0688  RND family efflux transporter MFP subunit  45.62 
 
 
431 aa  290  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.921638  normal  0.624256 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2238  secretion protein HlyD  42.74 
 
 
431 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  47.51 
 
 
385 aa  290  3e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6004  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  47.38 
 
 
378 aa  290  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00823963 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  46.94 
 
 
387 aa  290  3e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  48.37 
 
 
409 aa  290  4e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3367  RND family efflux transporter MFP subunit  46.8 
 
 
480 aa  290  4e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324035  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  48.07 
 
 
397 aa  289  6e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.07 
 
 
397 aa  289  6e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  48.07 
 
 
397 aa  289  6e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  48.07 
 
 
397 aa  289  6e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  48.07 
 
 
397 aa  289  6e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  48.07 
 
 
409 aa  289  6e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3499  RND family efflux transporter MFP subunit  47.76 
 
 
395 aa  289  6e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0344164  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  48.07 
 
 
397 aa  289  6e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4027  secretion protein HlyD  46.13 
 
 
399 aa  288  9e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278871  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  48.07 
 
 
409 aa  288  9e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2283  secretion protein HlyD  49.39 
 
 
386 aa  288  1e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  46.38 
 
 
382 aa  287  2e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  43.68 
 
 
425 aa  288  2e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4503  RND family efflux transporter MFP subunit  46.59 
 
 
384 aa  287  2e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.148496 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  45.62 
 
 
380 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2680  secretion protein HlyD  47.31 
 
 
393 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957988  normal  0.305533 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5495  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.24 
 
 
384 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.318515  normal  0.60957 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.16 
 
 
385 aa  285  7e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.206378  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0841  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.18 
 
 
393 aa  285  8e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.85215 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3863  RND family efflux transporter MFP subunit  41.9 
 
 
382 aa  285  9e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0910  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.34 
 
 
393 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  45.37 
 
 
384 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5240  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexC precursor  47.55 
 
 
387 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3781  secretion protein HlyD  45.94 
 
 
398 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.012367 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.93 
 
 
398 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2941  RND family efflux transporter MFP subunit  48.1 
 
 
397 aa  284  3.0000000000000004e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224778  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  43.43 
 
 
386 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  45.16 
 
 
394 aa  282  6.000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  42.62 
 
 
386 aa  282  9e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  45.48 
 
 
423 aa  282  9e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1018  RND family efflux transporter MFP subunit  44.21 
 
 
420 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.93 
 
 
396 aa  281  1e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  44.78 
 
 
384 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.36 
 
 
390 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.122287 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>