More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1992 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1939  RND family efflux transporter MFP subunit  97.61 
 
 		 418 aa  806    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0238209  hitchhiker  0.000755342 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2037  RND family efflux transporter MFP subunit  97.85 
 
 		 418 aa  809    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.421969  normal  0.135437 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1992  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 418 aa  846    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.125579  normal  0.0134883 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2192  RND family efflux transporter MFP subunit  75.44 
 
 		 408 aa  615  1e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2285  RND family efflux transporter MFP subunit  74.69 
 
 		 428 aa  610  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134622 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  35.19 
 
 		 394 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.15 
 
 		 405 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  38.19 
 
 		 425 aa  209  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  37.01 
 
 		 428 aa  207  2e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  32.68 
 
 		 416 aa  205  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1701  secretion protein HlyD  34.32 
 
 		 412 aa  205  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.17328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0825  RND family efflux transporter MFP subunit  34.52 
 
 		 383 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  33.71 
 
 		 422 aa  202  9.999999999999999e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  33.51 
 
 		 391 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  36.46 
 
 		 405 aa  199  9e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2638  RND family efflux transporter MFP subunit  37.92 
 
 		 424 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1999  secretion protein HlyD  37.92 
 
 		 424 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.931394  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2609  RND family efflux transporter MFP subunit  37.92 
 
 		 424 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3063  secretion protein HlyD  34.97 
 
 		 412 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000572272  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5837  secretion protein HlyD  35.22 
 
 		 412 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.91911  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.47 
 
 		 424 aa  197  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0688  RND family efflux transporter MFP subunit  38.19 
 
 		 431 aa  197  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.921638  normal  0.624256 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6607  HlyD family secretion protein  37.8 
 
 		 418 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.032922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0680  RND family efflux transporter MFP subunit  38.23 
 
 		 420 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.557778  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6204  RND family efflux transporter MFP subunit  35.22 
 
 		 412 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103192  hitchhiker  0.00610274 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.11 
 
 		 383 aa  196  8.000000000000001e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000507809  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0689  secretion protein HlyD  33.51 
 
 		 411 aa  195  1e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  36.68 
 
 		 395 aa  194  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1074  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 405 aa  194  2e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.151684  normal  0.62301 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6680  RND family efflux transporter MFP subunit  36.61 
 
 		 412 aa  194  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.231623  normal  0.121297 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  33.71 
 
 		 372 aa  194  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  37.78 
 
 		 385 aa  194  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  36.42 
 
 		 434 aa  194  3e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2941  RND family efflux transporter MFP subunit  35.46 
 
 		 397 aa  194  3e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.48 
 
 		 395 aa  193  4e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  35.24 
 
 		 368 aa  192  9e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0410  RND family efflux transporter MFP subunit  34.46 
 
 		 407 aa  192  9e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.96 
 
 		 433 aa  192  1e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1018  RND family efflux transporter MFP subunit  37.83 
 
 		 420 aa  192  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2529  RND family efflux transporter MFP subunit  37.24 
 
 		 432 aa  192  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.210606 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0058  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  38.23 
 
 		 420 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0523497  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1356  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  34.95 
 
 		 407 aa  191  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0315  RND family efflux transporter MFP subunit  38.23 
 
 		 420 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2445  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  38.23 
 
 		 420 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  34.52 
 
 		 394 aa  191  2e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0859  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  38.23 
 
 		 420 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.12 
 
 		 411 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0610  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  38.23 
 
 		 420 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.80065  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  32.15 
 
 		 406 aa  191  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1593  secretion protein HlyD  36.07 
 
 		 400 aa  191  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000034507  unclonable  0.000000261884 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0854  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  38.23 
 
 		 420 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719076  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.5 
 
 		 422 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3258  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.14 
 
 		 410 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.110627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44050  multidrug efflux pump membrane fusion protein  33.03 
 
 		 427 aa  190  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.48 
 
 		 398 aa  190  4e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  36.45 
 
 		 386 aa  189  5e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000318769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  36.91 
 
 		 412 aa  189  5.999999999999999e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  33.7 
 
 		 428 aa  189  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  34.88 
 
 		 395 aa  189  7e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  34.88 
 
 		 395 aa  189  7e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 394 aa  189  7e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  34.88 
 
 		 388 aa  189  8e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4070  secretion protein HlyD  31.89 
 
 		 405 aa  189  9e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.409958  normal  0.154431 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2656  RND family efflux transporter MFP subunit  36.95 
 
 		 432 aa  189  9e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.444245  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00481  multidrug resistance protein  32.26 
 
 		 434 aa  189  1e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3094  putative efflux transporter  33.24 
 
 		 393 aa  189  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000031387  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  34.31 
 
 		 433 aa  189  1e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0581  RND family efflux transporter MFP subunit  34.45 
 
 		 417 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3367  RND family efflux transporter MFP subunit  35.11 
 
 		 480 aa  188  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324035  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1361  HlyD family secretion protein  32.73 
 
 		 387 aa  187  3e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.70378  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1218  secretion protein HlyD  33.92 
 
 		 402 aa  187  3e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.902251  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5495  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.28 
 
 		 384 aa  187  4e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.318515  normal  0.60957 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.87 
 
 		 397 aa  187  4e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2607  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.86 
 
 		 422 aa  186  5e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113369  normal  0.140751 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  32.15 
 
 		 392 aa  186  5e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  35.2 
 
 		 381 aa  186  6e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  35.06 
 
 		 430 aa  186  7e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.82 
 
 		 410 aa  186  7e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  34.94 
 
 		 408 aa  185  1.0000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4140  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.93 
 
 		 436 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.16 
 
 		 393 aa  185  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143252  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  33.7 
 
 		 398 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2866  secretion protein HlyD  34.38 
 
 		 400 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.21396  normal  0.0804187 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4148  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.39 
 
 		 560 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  34.26 
 
 		 430 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  34.01 
 
 		 386 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3304  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.07 
 
 		 414 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0335  HlyD family secretion protein  33.42 
 
 		 411 aa  184  4.0000000000000006e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0849  secretion protein HlyD  34.39 
 
 		 441 aa  183  4.0000000000000006e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0647  RND family efflux transporter MFP subunit  34.06 
 
 		 425 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3493  RND family efflux transporter MFP subunit  34.65 
 
 		 381 aa  183  5.0000000000000004e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1391  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.04 
 
 		 401 aa  183  6e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.217202  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  33.63 
 
 		 445 aa  183  6e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.819797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5503  RND family efflux transporter MFP subunit  34.06 
 
 		 445 aa  182  7e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00522591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0708  membrane fusion protein, RND efflux pump  35.47 
 
 		 410 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  32.44 
 
 		 386 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.884794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0375  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 404 aa  182  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.141788  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  34.8 
 
 		 390 aa  182  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0828  RND family efflux transporter MFP subunit  30.22 
 
 		 396 aa  182  1e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0307  HlyD family secretion protein  33.16 
 
 		 411 aa  182  1e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.556263  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>