More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3096 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  100 
 
 		 398 aa  804    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  43.48 
 
 		 397 aa  316  4e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  40.81 
 
 		 402 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  41.03 
 
 		 397 aa  297  3e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  41.64 
 
 		 410 aa  296  4e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  38.92 
 
 		 395 aa  296  4e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  40.92 
 
 		 395 aa  295  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  40.49 
 
 		 396 aa  288  1e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  39.07 
 
 		 407 aa  259  6e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  37.56 
 
 		 408 aa  244  3e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  38.87 
 
 		 399 aa  238  1e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  38.32 
 
 		 405 aa  236  4e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  38.32 
 
 		 405 aa  236  6e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  37.34 
 
 		 419 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  36.8 
 
 		 404 aa  233  3e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  37.88 
 
 		 405 aa  231  2e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  38.07 
 
 		 405 aa  228  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  38.16 
 
 		 403 aa  226  6e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  38.16 
 
 		 403 aa  226  7e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.16 
 
 		 403 aa  225  8e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  37.89 
 
 		 403 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  38.66 
 
 		 403 aa  222  7e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  37.27 
 
 		 375 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  35.97 
 
 		 387 aa  218  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  36.94 
 
 		 410 aa  211  2e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  37.66 
 
 		 385 aa  211  3e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  36.48 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  33.51 
 
 		 379 aa  186  4e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  30.54 
 
 		 426 aa  182  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  30.08 
 
 		 410 aa  177  3e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  36.73 
 
 		 289 aa  176  6e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  33.73 
 
 		 422 aa  163  6e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  30.77 
 
 		 393 aa  162  7e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  31.03 
 
 		 423 aa  157  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.06 
 
 		 393 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.08 
 
 		 410 aa  146  7.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  36.96 
 
 		 406 aa  142  8e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  33.22 
 
 		 388 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  31.44 
 
 		 413 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  29.47 
 
 		 398 aa  127  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  32.7 
 
 		 412 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  29.61 
 
 		 395 aa  116  6e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.93 
 
 		 454 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.46 
 
 		 448 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  29.43 
 
 		 392 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  25.87 
 
 		 372 aa  101  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  33.91 
 
 		 359 aa  94.4  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  24.63 
 
 		 443 aa  93.6  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  24.13 
 
 		 439 aa  89.7  8e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  26.46 
 
 		 439 aa  85.5  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2916  RND family efflux transporter MFP subunit  24.7 
 
 		 449 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  23.26 
 
 		 443 aa  82.4  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  25.44 
 
 		 442 aa  78.6  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01600  Secretion protein HlyD  24 
 
 		 390 aa  78.6  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0781997  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1939  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.36 
 
 		 370 aa  76.3  0.0000000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.128072 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.98 
 
 		 403 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.25741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  28.51 
 
 		 349 aa  75.9  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  26.9 
 
 		 406 aa  75.9  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  25.34 
 
 		 457 aa  74.7  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.25 
 
 		 386 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  25 
 
 		 386 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0123  RND family efflux transporter MFP subunit  25.96 
 
 		 417 aa  73.6  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.22 
 
 		 409 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.376199  normal  0.100184 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3155  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.04 
 
 		 403 aa  73.2  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4693  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  28.93 
 
 		 382 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  25.45 
 
 		 457 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  25.36 
 
 		 374 aa  72.8  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  25.92 
 
 		 376 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  25.45 
 
 		 463 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0108  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.32 
 
 		 458 aa  71.6  0.00000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3080  efflux transporter  26.32 
 
 		 487 aa  71.6  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  24.7 
 
 		 454 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  22.99 
 
 		 440 aa  71.2  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0719  secretion protein HlyD  24.7 
 
 		 457 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  24.7 
 
 		 457 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  27.16 
 
 		 413 aa  70.9  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  25.68 
 
 		 353 aa  70.5  0.00000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  24.32 
 
 		 456 aa  70.1  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.01 
 
 		 421 aa  69.7  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325844 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  23.48 
 
 		 451 aa  69.7  0.00000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  22.41 
 
 		 451 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1058  RND family efflux transporter MFP subunit  25.37 
 
 		 455 aa  68.9  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  25.65 
 
 		 356 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  27.56 
 
 		 381 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2238  secretion protein HlyD  27.4 
 
 		 431 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2008  RND efflux system membrane fusion protein  27.06 
 
 		 446 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0541376  normal  0.0158749 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  27.57 
 
 		 386 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0090  RND family efflux transporter MFP subunit  27.33 
 
 		 381 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  24.92 
 
 		 450 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  27.61 
 
 		 381 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  24.5 
 
 		 356 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0825  RND family efflux transporter MFP subunit  25.47 
 
 		 383 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.61 
 
 		 381 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3939  RND family efflux transporter MFP subunit  25.62 
 
 		 367 aa  67.8  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.407918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  23.12 
 
 		 402 aa  67  0.0000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6029  acriflavin resistance protein A  26.21 
 
 		 411 aa  67  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0711  secretion protein HlyD  25.52 
 
 		 382 aa  67.4  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.577453  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1637  RND family efflux transporter MFP subunit  28.09 
 
 		 465 aa  66.6  0.0000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  25.27 
 
 		 372 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.93 
 
 		 360 aa  66.2  0.0000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>