More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3797 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 376 aa  760    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  35.42 
 
 		 384 aa  217  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  38.86 
 
 		 387 aa  216  4e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1163  RND family efflux transporter MFP subunit  35.52 
 
 		 385 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154539 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000504  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  36.49 
 
 		 375 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1356  RND family efflux transporter MFP subunit  34.77 
 
 		 387 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018874 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1255  RND family efflux transporter MFP subunit  34.93 
 
 		 391 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.518513 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  34.93 
 
 		 372 aa  214  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  37.31 
 
 		 422 aa  211  2e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  32.14 
 
 		 416 aa  209  8e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  35.49 
 
 		 414 aa  209  8e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  35.63 
 
 		 405 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  35.03 
 
 		 405 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  35.03 
 
 		 405 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  35.63 
 
 		 405 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  35.03 
 
 		 405 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2434  RND family efflux transporter MFP subunit  35.08 
 
 		 383 aa  203  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.671436  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4669  RND family efflux transporter MFP subunit  36.63 
 
 		 399 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.287204  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  35.2 
 
 		 476 aa  203  5e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  34.92 
 
 		 412 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  34.92 
 
 		 412 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  34.92 
 
 		 412 aa  200  3e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2448  RND family efflux transporter MFP subunit  34.37 
 
 		 413 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1792  secretion protein HlyD  36.44 
 
 		 412 aa  199  5e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.567297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2511  RND family efflux transporter MFP subunit  33.9 
 
 		 413 aa  199  9e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.504694  normal  0.653168 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  34.44 
 
 		 371 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  34.43 
 
 		 405 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3425  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.62 
 
 		 413 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6556  RND family efflux transporter MFP subunit  35.82 
 
 		 399 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.254371  normal  0.769115 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2337  RND family efflux transporter MFP subunit  33.62 
 
 		 413 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  34.72 
 
 		 368 aa  196  7e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2792  RND family efflux transporter MFP subunit  35.2 
 
 		 412 aa  195  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3099  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  32.69 
 
 		 414 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.165228  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3181  RND family efflux transporter MFP subunit  35.2 
 
 		 412 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2181  RND family efflux transporter MFP subunit  33.97 
 
 		 412 aa  194  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.179253  normal  0.0467643 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2967  secretion protein HlyD  32.97 
 
 		 413 aa  194  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.400142  normal  0.180224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32400  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  34.25 
 
 		 414 aa  194  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6072  RND family efflux transporter MFP subunit  35.52 
 
 		 399 aa  194  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1187  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.92 
 
 		 412 aa  193  4e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.917574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2745  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  33.7 
 
 		 414 aa  193  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3325  RND family efflux transporter MFP subunit  34.92 
 
 		 412 aa  193  5e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3182  RND family efflux transporter MFP subunit  34.92 
 
 		 412 aa  193  5e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5708  secretion protein HlyD  35.52 
 
 		 429 aa  193  5e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.82 
 
 		 405 aa  192  6e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0402  secretion protein HlyD  33.8 
 
 		 403 aa  192  6e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2659  secretion protein HlyD  32.76 
 
 		 417 aa  192  7e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  33.83 
 
 		 408 aa  192  8e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  32.51 
 
 		 392 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  34.13 
 
 		 409 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4335  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.51 
 
 		 436 aa  190  4e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  0.256174 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.51 
 
 		 436 aa  190  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  34.73 
 
 		 389 aa  190  4e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  34.13 
 
 		 409 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  34.13 
 
 		 406 aa  189  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  34.13 
 
 		 409 aa  189  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  34.13 
 
 		 406 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  34.13 
 
 		 406 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.4 
 
 		 396 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3094  putative efflux transporter  36.49 
 
 		 393 aa  189  5.999999999999999e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000031387  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  32.69 
 
 		 382 aa  189  7e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0035  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.6 
 
 		 404 aa  189  7e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0887  secretion protein HlyD  34.02 
 
 		 398 aa  189  7e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3373  RND family efflux transporter MFP subunit  35.14 
 
 		 405 aa  189  8e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3238  secretion protein HlyD  33.52 
 
 		 393 aa  189  9e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  34.54 
 
 		 392 aa  188  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.44 
 
 		 424 aa  188  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0689  secretion protein HlyD  30.24 
 
 		 411 aa  187  2e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  33.15 
 
 		 418 aa  187  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2140  RND family efflux transporter MFP subunit  30.31 
 
 		 393 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2238  secretion protein HlyD  33.8 
 
 		 431 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4124  RND family efflux transporter MFP subunit  33.61 
 
 		 415 aa  186  5e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.626146  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.78 
 
 		 396 aa  186  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0335  HlyD family secretion protein  34.35 
 
 		 411 aa  186  6e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2941  RND family efflux transporter MFP subunit  33.72 
 
 		 397 aa  186  8e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  32.41 
 
 		 385 aa  185  9e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.2 
 
 		 416 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0307  HlyD family secretion protein  34.07 
 
 		 411 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.556263  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4634  RND family efflux transporter MFP subunit  35.33 
 
 		 429 aa  184  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.24851 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  32.7 
 
 		 379 aa  184  3e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1112  transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  35.56 
 
 		 438 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.680549 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  32.03 
 
 		 428 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  31.87 
 
 		 382 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3985  RND family efflux transporter MFP subunit  32.39 
 
 		 410 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.19 
 
 		 379 aa  183  5.0000000000000004e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.24 
 
 		 381 aa  183  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  32.24 
 
 		 381 aa  183  6e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  31.87 
 
 		 382 aa  182  6e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2878  RND family efflux transporter MFP subunit  32.58 
 
 		 396 aa  182  8.000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.247459  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2359  RND family efflux transporter MFP subunit  32.02 
 
 		 392 aa  182  9.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0849  RND efflux system membrane fusion protein  33.84 
 
 		 418 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  31.97 
 
 		 381 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  31.82 
 
 		 386 aa  181  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  32.04 
 
 		 387 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  34.93 
 
 		 391 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.78 
 
 		 373 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0738  RND family efflux transporter MFP subunit  34.31 
 
 		 430 aa  179  8e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4867  cation/multidrug efflux system membrane protein  34.99 
 
 		 411 aa  179  8e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00045993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  31.44 
 
 		 388 aa  179  8e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  31.44 
 
 		 395 aa  179  9e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  31.44 
 
 		 395 aa  179  9e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>