More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3099 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3425  efflux transporter, RND family, MFP subunit  79.9 
 
 
413 aa  643    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3099  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  100 
 
 
414 aa  833    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.165228  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2448  RND family efflux transporter MFP subunit  80.15 
 
 
413 aa  645    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2967  secretion protein HlyD  93.95 
 
 
413 aa  762    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.400142  normal  0.180224 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2511  RND family efflux transporter MFP subunit  81.11 
 
 
413 aa  654    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.504694  normal  0.653168 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2659  secretion protein HlyD  79.67 
 
 
417 aa  674    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2337  RND family efflux transporter MFP subunit  79.9 
 
 
413 aa  643    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2745  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  71.14 
 
 
414 aa  528  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32400  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  71.04 
 
 
414 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2181  RND family efflux transporter MFP subunit  68.06 
 
 
412 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.179253  normal  0.0467643 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33860  multidrug efflux RND membrane protein, HlyD family  64.04 
 
 
412 aa  469  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4124  RND family efflux transporter MFP subunit  50.38 
 
 
415 aa  381  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.626146  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  50.26 
 
 
412 aa  377  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 
412 aa  375  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  50.26 
 
 
412 aa  377  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3181  RND family efflux transporter MFP subunit  49.87 
 
 
412 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1187  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.87 
 
 
412 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.917574  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3325  RND family efflux transporter MFP subunit  49.87 
 
 
412 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3182  RND family efflux transporter MFP subunit  49.87 
 
 
412 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2792  RND family efflux transporter MFP subunit  49.11 
 
 
412 aa  367  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  49.75 
 
 
418 aa  367  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  47.88 
 
 
476 aa  362  7.0000000000000005e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4335  secretion protein HlyD  51.98 
 
 
410 aa  360  2e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  47.58 
 
 
428 aa  351  1e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4867  cation/multidrug efflux system membrane protein  49.62 
 
 
411 aa  347  2e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00045993  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3985  RND family efflux transporter MFP subunit  47.23 
 
 
410 aa  339  7e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  49.58 
 
 
414 aa  329  6e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  50.74 
 
 
387 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50 
 
 
408 aa  325  8.000000000000001e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  47.41 
 
 
408 aa  324  1e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  46.5 
 
 
371 aa  323  2e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50 
 
 
436 aa  322  7e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4335  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50 
 
 
436 aa  322  7e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  0.256174 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.11 
 
 
424 aa  320  3e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  45.71 
 
 
405 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  45.71 
 
 
405 aa  317  2e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  48.47 
 
 
409 aa  318  2e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  48.47 
 
 
406 aa  317  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  48.47 
 
 
409 aa  318  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  48.47 
 
 
406 aa  317  2e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  48.47 
 
 
406 aa  317  2e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  48.47 
 
 
409 aa  317  3e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  48.32 
 
 
405 aa  316  5e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  48.32 
 
 
405 aa  316  5e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  48.32 
 
 
405 aa  316  5e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1112  transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  49.71 
 
 
438 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.680549 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  48.13 
 
 
405 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  49.1 
 
 
388 aa  309  5e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  46.08 
 
 
392 aa  308  1.0000000000000001e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0849  RND efflux system membrane fusion protein  47.21 
 
 
418 aa  306  6e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3373  RND family efflux transporter MFP subunit  48.32 
 
 
405 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.37 
 
 
419 aa  305  1.0000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0042  secretion protein HlyD  45.5 
 
 
391 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4634  RND family efflux transporter MFP subunit  45.32 
 
 
429 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.24851 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.55 
 
 
416 aa  300  4e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1362  RND family efflux transporter MFP subunit  46.04 
 
 
418 aa  291  1e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168892  decreased coverage  0.00389749 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1792  secretion protein HlyD  44.81 
 
 
412 aa  291  2e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.567297  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0711  secretion protein HlyD  44.23 
 
 
382 aa  291  2e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.577453  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  43.31 
 
 
391 aa  291  2e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0715  RND family efflux transporter MFP subunit  46.02 
 
 
404 aa  288  1e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1828  secretion protein HlyD  40.46 
 
 
406 aa  286  5e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0869  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  46.54 
 
 
409 aa  285  7e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.988771  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  44.66 
 
 
427 aa  285  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4053  RND family efflux transporter MFP subunit  43.97 
 
 
414 aa  279  8e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3429  secretion protein HlyD  45.98 
 
 
411 aa  277  2e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2311  secretion protein HlyD  45.32 
 
 
413 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.592416  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.74 
 
 
399 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2891  RND efflux system membrane fusion protein  47.26 
 
 
391 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.81851  normal  0.755183 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3238  secretion protein HlyD  43.09 
 
 
393 aa  272  7e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1152  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.06 
 
 
435 aa  271  1e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00127856  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1902  secretion protein HlyD  45.72 
 
 
409 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.555792  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.89 
 
 
420 aa  269  5e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0646106  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3304  secretion protein HlyD  44.02 
 
 
396 aa  269  8e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2129  hypothetical protein  40 
 
 
368 aa  268  2e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  44.44 
 
 
400 aa  268  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1619  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  44.51 
 
 
386 aa  266  5e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0739  RND family efflux transporter MFP subunit  39.31 
 
 
371 aa  266  7e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.580961  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  44.66 
 
 
404 aa  265  8e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3045  RND family efflux transporter MFP subunit  44.35 
 
 
414 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.561818 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  40.32 
 
 
385 aa  263  4.999999999999999e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.9 
 
 
396 aa  262  8e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2103  hypothetical protein  42.14 
 
 
365 aa  260  3e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  42.66 
 
 
377 aa  260  3e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4358  RND family efflux transporter MFP subunit  44.38 
 
 
421 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.56 
 
 
396 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5121  RND family efflux transporter MFP subunit  42.82 
 
 
396 aa  256  5e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1099  HlyD family secretion protein  40.83 
 
 
401 aa  256  6e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5537  RND family efflux transporter MFP subunit  44.59 
 
 
400 aa  256  7e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168619  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3621  secretion protein HlyD  44.59 
 
 
400 aa  256  7e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4746  RND family efflux transporter MFP subunit  44.59 
 
 
400 aa  256  7e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1004  HlyD family secretion protein  44.44 
 
 
414 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0405  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  44.04 
 
 
408 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.738714  hitchhiker  0.0000278759 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.85 
 
 
377 aa  254  3e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0385  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  44.04 
 
 
408 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0445  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  44.04 
 
 
408 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000283487 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  41.84 
 
 
396 aa  253  5.000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.81 
 
 
392 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0383  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.87 
 
 
408 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000626257 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0391  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  43.73 
 
 
408 aa  252  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000301381 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.43 
 
 
381 aa  251  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.815107  normal  0.264656 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>