More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1255 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1356  RND family efflux transporter MFP subunit  85.27 
 
 		 387 aa  693    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018874 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1255  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 391 aa  791    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.518513 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1163  RND family efflux transporter MFP subunit  80.79 
 
 		 385 aa  595  1e-169  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154539 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  74.28 
 
 		 384 aa  596  1e-169  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  39.53 
 
 		 416 aa  271  2e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  35.34 
 
 		 372 aa  224  1e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  35.52 
 
 		 392 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37 
 
 		 395 aa  219  5e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  36.98 
 
 		 368 aa  215  9e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  36.54 
 
 		 400 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  34.93 
 
 		 376 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  34.71 
 
 		 385 aa  213  7e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.71 
 
 		 385 aa  213  7e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  34.71 
 
 		 385 aa  213  7e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  34.71 
 
 		 385 aa  213  7e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000504  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  36.93 
 
 		 375 aa  212  7e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  34.71 
 
 		 385 aa  213  7e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4873  multidrug efflux system protein MdtE  34.71 
 
 		 385 aa  212  7e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  34.71 
 
 		 385 aa  213  7e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  34.71 
 
 		 385 aa  213  7e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.2 
 
 		 422 aa  211  1e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  35.64 
 
 		 382 aa  211  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2238  secretion protein HlyD  34.15 
 
 		 431 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  34.44 
 
 		 385 aa  210  3e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  35.22 
 
 		 398 aa  209  6e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  33.78 
 
 		 428 aa  209  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  34.32 
 
 		 418 aa  209  1e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0667  RND family efflux transporter MFP subunit  35.79 
 
 		 396 aa  208  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0738  RND family efflux transporter MFP subunit  35.79 
 
 		 430 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  35.08 
 
 		 383 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3923  multidrug efflux system protein  35.36 
 
 		 387 aa  207  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  35.08 
 
 		 442 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  34.57 
 
 		 390 aa  207  3e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.92 
 
 		 398 aa  207  4e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  35.87 
 
 		 395 aa  206  5e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  34.59 
 
 		 405 aa  206  6e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.46 
 
 		 379 aa  205  9e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.97 
 
 		 396 aa  204  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2050  secretion protein HlyD  37.72 
 
 		 426 aa  204  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  35.19 
 
 		 395 aa  204  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  35.19 
 
 		 395 aa  204  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  35.19 
 
 		 388 aa  203  4e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  35.62 
 
 		 397 aa  203  5e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.69 
 
 		 397 aa  202  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.22 
 
 		 433 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  36.89 
 
 		 409 aa  202  9.999999999999999e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  36.61 
 
 		 397 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.61 
 
 		 397 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  36.61 
 
 		 397 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  36.61 
 
 		 397 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  36.61 
 
 		 397 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  36.61 
 
 		 397 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  36.61 
 
 		 409 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 		 384 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  35.22 
 
 		 386 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  36.61 
 
 		 409 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1593  secretion protein HlyD  37.36 
 
 		 400 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000034507  unclonable  0.000000261884 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  34.27 
 
 		 384 aa  199  9e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  34.28 
 
 		 384 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  35.41 
 
 		 379 aa  198  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.596756 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  35.22 
 
 		 382 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.28 
 
 		 384 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  34.44 
 
 		 394 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 405 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  34.28 
 
 		 394 aa  197  3e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  34.05 
 
 		 425 aa  197  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  33.42 
 
 		 405 aa  197  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0090  RND family efflux transporter MFP subunit  34.05 
 
 		 381 aa  197  3e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  36.34 
 
 		 381 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.34 
 
 		 381 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  32.62 
 
 		 405 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  36.34 
 
 		 381 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0932  precursor of drug resistance protein  32.69 
 
 		 396 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  35.82 
 
 		 382 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  36.47 
 
 		 385 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2866  secretion protein HlyD  34.04 
 
 		 400 aa  196  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.21396  normal  0.0804187 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0688  RND family efflux transporter MFP subunit  34.35 
 
 		 431 aa  196  7e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.921638  normal  0.624256 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  34.58 
 
 		 409 aa  196  7e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  34.58 
 
 		 409 aa  196  7e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  34.58 
 
 		 406 aa  196  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  34.58 
 
 		 406 aa  196  7e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  34.58 
 
 		 406 aa  196  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.47 
 
 		 385 aa  196  8.000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  36.47 
 
 		 385 aa  196  8.000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  36.47 
 
 		 385 aa  196  8.000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  36.47 
 
 		 385 aa  196  8.000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  36.99 
 
 		 385 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.369196 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  36.47 
 
 		 385 aa  195  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  36.99 
 
 		 385 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3499  RND family efflux transporter MFP subunit  35.79 
 
 		 395 aa  195  1e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0344164  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  36.26 
 
 		 382 aa  195  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  34.58 
 
 		 409 aa  195  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  36.99 
 
 		 385 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  36.18 
 
 		 385 aa  194  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4693  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  36.66 
 
 		 382 aa  194  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0307  HlyD family secretion protein  35.18 
 
 		 411 aa  194  2e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.556263  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6607  HlyD family secretion protein  34.6 
 
 		 418 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.032922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 408 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  32.8 
 
 		 428 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 405 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>