More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4427 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  97.59 
 
 		 384 aa  712    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 384 aa  771    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  97.32 
 
 		 384 aa  711    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  97.05 
 
 		 384 aa  713    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  75.86 
 
 		 386 aa  586  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1280  secretion protein HlyD  81.1 
 
 		 385 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0347794  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  74.27 
 
 		 386 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  70.03 
 
 		 382 aa  518  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  67.53 
 
 		 383 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  67.27 
 
 		 442 aa  513  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01880  Secretion protein HlyD  68.01 
 
 		 383 aa  478  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3923  multidrug efflux system protein  64.8 
 
 		 387 aa  464  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4090  secretion protein HlyD  64.77 
 
 		 386 aa  457  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1193  HlyD family secretion protein  55.64 
 
 		 386 aa  418  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000622308  normal  0.342064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2867  RND family efflux transporter MFP subunit  56.73 
 
 		 401 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.966 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  53.05 
 
 		 397 aa  389  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.23 
 
 		 395 aa  388  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.05 
 
 		 397 aa  389  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  55.08 
 
 		 397 aa  390  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  55.59 
 
 		 395 aa  389  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  53.05 
 
 		 397 aa  389  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  56.51 
 
 		 392 aa  390  1e-107  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  53.3 
 
 		 409 aa  391  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  53.05 
 
 		 397 aa  389  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  53.05 
 
 		 397 aa  389  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.62 
 
 		 396 aa  391  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  53.05 
 
 		 397 aa  389  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  53.05 
 
 		 409 aa  390  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51550  multidrug efflux pump membrane fusion protein  56.39 
 
 		 383 aa  387  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0688  RND family efflux transporter MFP subunit  54.82 
 
 		 431 aa  386  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.921638  normal  0.624256 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  52.79 
 
 		 409 aa  387  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6204  RND family efflux transporter MFP subunit  53.68 
 
 		 412 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103192  hitchhiker  0.00610274 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2557  secretion protein HlyD  54.64 
 
 		 379 aa  383  1e-105  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5837  secretion protein HlyD  53.68 
 
 		 412 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.91911  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  53.99 
 
 		 395 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2529  RND family efflux transporter MFP subunit  55.43 
 
 		 432 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.210606 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6607  HlyD family secretion protein  53.08 
 
 		 418 aa  378  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.032922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  52.34 
 
 		 425 aa  380  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  53.99 
 
 		 388 aa  379  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0680  RND family efflux transporter MFP subunit  52.86 
 
 		 420 aa  380  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.557778  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  55.19 
 
 		 381 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1999  secretion protein HlyD  53.17 
 
 		 424 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.931394  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2656  RND family efflux transporter MFP subunit  55.43 
 
 		 432 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.444245  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2638  RND family efflux transporter MFP subunit  53.17 
 
 		 424 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2609  RND family efflux transporter MFP subunit  53.17 
 
 		 424 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  53.99 
 
 		 395 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  53.76 
 
 		 400 aa  376  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  56.52 
 
 		 394 aa  376  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.24 
 
 		 398 aa  378  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  54.32 
 
 		 405 aa  376  1e-103  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  53.68 
 
 		 405 aa  375  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0478  RND family efflux transporter MFP subunit  54 
 
 		 416 aa  372  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0350722  normal  0.0228976 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0517  acriflavine resistance protein A  52.58 
 
 		 397 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0526  acriflavine resistance protein A  52.58 
 
 		 397 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  52.79 
 
 		 423 aa  372  1e-102  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6680  RND family efflux transporter MFP subunit  53.95 
 
 		 412 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.231623  normal  0.121297 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0536  acriflavine resistance protein A  52.58 
 
 		 397 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0520  acriflavine resistance protein A  52.58 
 
 		 397 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0763854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0579  acriflavine resistance protein A  52.58 
 
 		 397 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0884843  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0315  RND family efflux transporter MFP subunit  52.34 
 
 		 420 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.19 
 
 		 397 aa  370  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3258  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.73 
 
 		 410 aa  368  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.110627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1018  RND family efflux transporter MFP subunit  52.34 
 
 		 420 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0854  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  52.34 
 
 		 420 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719076  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0610  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  52.34 
 
 		 420 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.80065  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0859  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  52.07 
 
 		 420 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0708  membrane fusion protein, RND efflux pump  52.39 
 
 		 410 aa  370  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0058  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  52.34 
 
 		 420 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0523497  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2445  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  52.34 
 
 		 420 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.98 
 
 		 399 aa  366  1e-100  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  52.39 
 
 		 412 aa  363  2e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.83 
 
 		 422 aa  362  6e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  52.27 
 
 		 400 aa  361  1e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.83 
 
 		 433 aa  361  1e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01888  drug efflux lipoprotein  56.89 
 
 		 409 aa  359  4e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.56 
 
 		 410 aa  359  4e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  55.07 
 
 		 394 aa  359  5e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  51.67 
 
 		 385 aa  356  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.369196 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  51.67 
 
 		 385 aa  356  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  51.67 
 
 		 385 aa  356  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.25 
 
 		 411 aa  357  2.9999999999999997e-97  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  51.65 
 
 		 385 aa  356  2.9999999999999997e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  51.65 
 
 		 385 aa  355  5e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3493  RND family efflux transporter MFP subunit  51.85 
 
 		 381 aa  355  6.999999999999999e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.65 
 
 		 385 aa  354  1e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  51.65 
 
 		 385 aa  354  1e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  51.65 
 
 		 385 aa  354  1e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  51.65 
 
 		 385 aa  354  1e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  49.46 
 
 		 379 aa  354  2e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.596756 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  51.37 
 
 		 385 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  51.37 
 
 		 385 aa  352  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3583  acriflavine resistance protein E  51.39 
 
 		 385 aa  352  5.9999999999999994e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  51.37 
 
 		 385 aa  352  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2479  RND family efflux transporter MFP subunit  53.6 
 
 		 384 aa  350  3e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3586  RND family efflux transporter MFP subunit  51.69 
 
 		 386 aa  349  5e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4006  RND family efflux transporter MFP subunit  51.69 
 
 		 386 aa  348  1e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0103  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.54 
 
 		 382 aa  346  4e-94  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.13 
 
 		 403 aa  345  6e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  50.42 
 
 		 418 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  50.42 
 
 		 418 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>