More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4669 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010512  Bcenmc03_6556  RND family efflux transporter MFP subunit  92.23 
 
 		 399 aa  692    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.254371  normal  0.769115 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4669  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 399 aa  787    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.287204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5708  secretion protein HlyD  92.73 
 
 		 429 aa  687    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6072  RND family efflux transporter MFP subunit  92.73 
 
 		 399 aa  688    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.5 
 
 		 392 aa  297  3e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  45.07 
 
 		 385 aa  295  9e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  43.5 
 
 		 371 aa  278  1e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  46.18 
 
 		 384 aa  278  2e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4509  RND family efflux transporter MFP subunit  42.7 
 
 		 381 aa  275  7e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4972  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.7 
 
 		 381 aa  275  7e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.956167  normal  0.110468 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1828  secretion protein HlyD  44.29 
 
 		 406 aa  275  9e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  43.85 
 
 		 377 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.45 
 
 		 391 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.496799  normal  0.0176512 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0711  secretion protein HlyD  44.22 
 
 		 382 aa  273  4.0000000000000004e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.577453  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  44.74 
 
 		 405 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.74 
 
 		 381 aa  272  6e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.815107  normal  0.264656 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  44.74 
 
 		 405 aa  272  6e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.29 
 
 		 377 aa  272  7e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  45.04 
 
 		 405 aa  272  7e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  45.04 
 
 		 405 aa  272  7e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  45.04 
 
 		 405 aa  272  7e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  44.12 
 
 		 408 aa  271  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  45.54 
 
 		 391 aa  270  2e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.74 
 
 		 424 aa  270  4e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  42.6 
 
 		 388 aa  268  1e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  43.67 
 
 		 405 aa  267  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  42.04 
 
 		 409 aa  259  4e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  42.04 
 
 		 409 aa  259  4e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  42.04 
 
 		 406 aa  260  4e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  42.04 
 
 		 406 aa  260  4e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  42.04 
 
 		 406 aa  260  4e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  42.04 
 
 		 409 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1112  transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  42.94 
 
 		 438 aa  256  3e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.680549 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4634  RND family efflux transporter MFP subunit  42.66 
 
 		 429 aa  256  5e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.24851 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2293  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.98 
 
 		 430 aa  256  7e-67  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3373  RND family efflux transporter MFP subunit  45.77 
 
 		 405 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0849  RND efflux system membrane fusion protein  42.82 
 
 		 418 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4335  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.15 
 
 		 436 aa  250  4e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  0.256174 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.15 
 
 		 436 aa  250  4e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4867  cation/multidrug efflux system membrane protein  40.27 
 
 		 411 aa  249  7e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00045993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2359  RND family efflux transporter MFP subunit  42.51 
 
 		 392 aa  249  7e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2103  hypothetical protein  41.78 
 
 		 365 aa  246  3e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2659  secretion protein HlyD  39.79 
 
 		 417 aa  246  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2129  hypothetical protein  40.46 
 
 		 368 aa  246  4.9999999999999997e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0739  RND family efflux transporter MFP subunit  37.63 
 
 		 371 aa  246  6.999999999999999e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.580961  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.66 
 
 		 408 aa  244  1.9999999999999999e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  42.82 
 
 		 400 aa  243  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0042  secretion protein HlyD  37.86 
 
 		 391 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  38.51 
 
 		 414 aa  241  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4335  secretion protein HlyD  39.2 
 
 		 410 aa  241  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  38.11 
 
 		 418 aa  241  1e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  38.87 
 
 		 428 aa  241  1e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3099  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  38.86 
 
 		 414 aa  241  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.165228  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  40.41 
 
 		 392 aa  239  4e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2181  RND family efflux transporter MFP subunit  38.21 
 
 		 412 aa  239  8e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.179253  normal  0.0467643 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  39.71 
 
 		 387 aa  239  9e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4053  RND family efflux transporter MFP subunit  40.87 
 
 		 414 aa  238  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2511  RND family efflux transporter MFP subunit  40.72 
 
 		 413 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.504694  normal  0.653168 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1792  secretion protein HlyD  41.55 
 
 		 412 aa  238  2e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.567297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3238  secretion protein HlyD  41 
 
 		 393 aa  238  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33860  multidrug efflux RND membrane protein, HlyD family  37.85 
 
 		 412 aa  236  5.0000000000000005e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2967  secretion protein HlyD  39.14 
 
 		 413 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.400142  normal  0.180224 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4124  RND family efflux transporter MFP subunit  38.12 
 
 		 415 aa  236  6e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.626146  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1099  HlyD family secretion protein  40 
 
 		 401 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32400  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  39.79 
 
 		 414 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2745  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  39.26 
 
 		 414 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0887  secretion protein HlyD  40.53 
 
 		 398 aa  232  1e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1152  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.76 
 
 		 435 aa  232  1e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00127856  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2448  RND family efflux transporter MFP subunit  40.17 
 
 		 413 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3425  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.11 
 
 		 413 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2337  RND family efflux transporter MFP subunit  40.11 
 
 		 413 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2878  RND family efflux transporter MFP subunit  38.71 
 
 		 396 aa  230  4e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.247459  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3621  secretion protein HlyD  40.16 
 
 		 400 aa  229  9e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5537  RND family efflux transporter MFP subunit  40.16 
 
 		 400 aa  229  9e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4746  RND family efflux transporter MFP subunit  40.16 
 
 		 400 aa  229  9e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2311  secretion protein HlyD  39.09 
 
 		 413 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.592416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1004  HlyD family secretion protein  40.95 
 
 		 414 aa  228  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5121  RND family efflux transporter MFP subunit  42.69 
 
 		 396 aa  225  9e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  42.48 
 
 		 404 aa  225  9e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.38 
 
 		 396 aa  225  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3325  RND family efflux transporter MFP subunit  37.08 
 
 		 412 aa  225  1e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3181  RND family efflux transporter MFP subunit  37.08 
 
 		 412 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3182  RND family efflux transporter MFP subunit  37.08 
 
 		 412 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  37.73 
 
 		 396 aa  224  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.06 
 
 		 396 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1187  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.08 
 
 		 412 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.917574  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  37.06 
 
 		 476 aa  223  6e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  36.8 
 
 		 412 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  36.8 
 
 		 412 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  36.8 
 
 		 412 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3094  putative efflux transporter  39.19 
 
 		 393 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000031387  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.03 
 
 		 416 aa  221  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2792  RND family efflux transporter MFP subunit  36.83 
 
 		 412 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1152  RND family efflux transporter MFP subunit  41.94 
 
 		 426 aa  218  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.657671 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2464  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.77 
 
 		 390 aa  218  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.84 
 
 		 399 aa  216  7e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3304  secretion protein HlyD  37.96 
 
 		 396 aa  216  8e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  37.56 
 
 		 427 aa  215  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2891  RND efflux system membrane fusion protein  39.65 
 
 		 391 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.81851  normal  0.755183 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.95 
 
 		 419 aa  212  7.999999999999999e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>