More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_1828 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_1828  secretion protein HlyD  100 
 
 
406 aa  809    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  49.6 
 
 
371 aa  335  9e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0711  secretion protein HlyD  47.47 
 
 
382 aa  318  1e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.577453  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2659  secretion protein HlyD  40.97 
 
 
417 aa  292  8e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2129  hypothetical protein  44.99 
 
 
368 aa  287  2e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3099  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  40.46 
 
 
414 aa  286  5e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.165228  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2103  hypothetical protein  44.86 
 
 
365 aa  283  4.0000000000000003e-75  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2967  secretion protein HlyD  40.31 
 
 
413 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.400142  normal  0.180224 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  40.84 
 
 
391 aa  282  9e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2511  RND family efflux transporter MFP subunit  42.9 
 
 
413 aa  278  9e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.504694  normal  0.653168 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2448  RND family efflux transporter MFP subunit  43.16 
 
 
413 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  42.21 
 
 
385 aa  274  2.0000000000000002e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2293  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.35 
 
 
430 aa  272  7e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0042  secretion protein HlyD  41.47 
 
 
391 aa  272  7e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3425  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.82 
 
 
413 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2337  RND family efflux transporter MFP subunit  41.82 
 
 
413 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2745  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  41.71 
 
 
414 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4669  RND family efflux transporter MFP subunit  44.26 
 
 
399 aa  269  7e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.287204  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4124  RND family efflux transporter MFP subunit  38.86 
 
 
415 aa  268  1e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.626146  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32400  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  42.05 
 
 
414 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  38.86 
 
 
418 aa  268  2e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1152  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.06 
 
 
435 aa  267  2e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00127856  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2181  RND family efflux transporter MFP subunit  44.44 
 
 
412 aa  266  5e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.179253  normal  0.0467643 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33860  multidrug efflux RND membrane protein, HlyD family  42.67 
 
 
412 aa  265  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.31 
 
 
377 aa  264  2e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6556  RND family efflux transporter MFP subunit  44.01 
 
 
399 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.254371  normal  0.769115 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.58 
 
 
408 aa  263  4.999999999999999e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4972  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.69 
 
 
381 aa  263  6e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.956167  normal  0.110468 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4509  RND family efflux transporter MFP subunit  42.69 
 
 
381 aa  263  6e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  40.46 
 
 
388 aa  263  6e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4053  RND family efflux transporter MFP subunit  41.86 
 
 
414 aa  261  1e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  42.2 
 
 
377 aa  261  2e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5708  secretion protein HlyD  43.45 
 
 
429 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0739  RND family efflux transporter MFP subunit  38.48 
 
 
371 aa  261  2e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.580961  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6072  RND family efflux transporter MFP subunit  43.45 
 
 
399 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.98 
 
 
381 aa  260  3e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.815107  normal  0.264656 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0405  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  43.79 
 
 
408 aa  260  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.738714  hitchhiker  0.0000278759 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0391  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  43.57 
 
 
408 aa  259  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000301381 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0383  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.53 
 
 
408 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000626257 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.8 
 
 
392 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0445  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  43.49 
 
 
408 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000283487 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  37.24 
 
 
412 aa  257  2e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3094  putative efflux transporter  41.24 
 
 
393 aa  257  3e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000031387  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  39.67 
 
 
408 aa  257  3e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2359  RND family efflux transporter MFP subunit  41.28 
 
 
392 aa  257  3e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0385  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  42.53 
 
 
408 aa  256  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  36.98 
 
 
412 aa  256  5e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  36.98 
 
 
412 aa  256  5e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  41.28 
 
 
384 aa  255  9e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  40.28 
 
 
409 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  40.28 
 
 
409 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  40.28 
 
 
406 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  40.56 
 
 
409 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  40.28 
 
 
406 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  40.28 
 
 
406 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  39.34 
 
 
414 aa  254  3e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2639  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.51 
 
 
436 aa  253  4.0000000000000004e-66  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4867  cation/multidrug efflux system membrane protein  39.31 
 
 
411 aa  253  4.0000000000000004e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00045993  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.28 
 
 
436 aa  251  1e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4335  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.28 
 
 
436 aa  251  1e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  0.256174 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  37.24 
 
 
476 aa  251  2e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.95 
 
 
396 aa  249  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3238  secretion protein HlyD  39.12 
 
 
393 aa  249  7e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0849  RND efflux system membrane fusion protein  40 
 
 
418 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1112  transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  40.7 
 
 
438 aa  247  2e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.680549 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4335  secretion protein HlyD  40.4 
 
 
410 aa  248  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  38.1 
 
 
405 aa  247  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2792  RND family efflux transporter MFP subunit  36.41 
 
 
412 aa  247  3e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3985  RND family efflux transporter MFP subunit  38.76 
 
 
410 aa  247  3e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  38.08 
 
 
405 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  38.08 
 
 
405 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  38.08 
 
 
405 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  38.11 
 
 
427 aa  246  4.9999999999999997e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  38.08 
 
 
405 aa  246  6e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.5 
 
 
424 aa  245  8e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2464  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.5 
 
 
390 aa  245  9e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2878  RND family efflux transporter MFP subunit  41.27 
 
 
396 aa  245  9e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.247459  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  39.77 
 
 
387 aa  245  9.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3429  secretion protein HlyD  39.85 
 
 
411 aa  244  1.9999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  38.69 
 
 
405 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0869  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  38.28 
 
 
409 aa  243  3e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.988771  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3181  RND family efflux transporter MFP subunit  36.15 
 
 
412 aa  243  5e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3325  RND family efflux transporter MFP subunit  36.15 
 
 
412 aa  243  6e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3182  RND family efflux transporter MFP subunit  36.15 
 
 
412 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1187  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.15 
 
 
412 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.917574  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2311  secretion protein HlyD  40.63 
 
 
413 aa  242  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.592416  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3814  RND family efflux transporter MFP subunit  43.26 
 
 
414 aa  241  2e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.14573  normal  0.243008 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1362  RND family efflux transporter MFP subunit  41.59 
 
 
418 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168892  decreased coverage  0.00389749 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1099  HlyD family secretion protein  39.4 
 
 
401 aa  240  4e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.26 
 
 
419 aa  239  5e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  38.48 
 
 
428 aa  239  5.999999999999999e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.03 
 
 
396 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1624  RND efflux membrane fusion protein precursor  40.38 
 
 
385 aa  238  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.000143743  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.98 
 
 
391 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.496799  normal  0.0176512 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.64 
 
 
416 aa  237  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  38.17 
 
 
430 aa  237  3e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.439492 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4634  RND family efflux transporter MFP subunit  38.62 
 
 
429 aa  236  4e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.24851 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  40.21 
 
 
400 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  44.07 
 
 
404 aa  236  6e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1361  HlyD family secretion protein  38.28 
 
 
387 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.70378  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>