More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0887 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0887  secretion protein HlyD  100 
 
 
398 aa  785    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.9 
 
 
416 aa  303  3.0000000000000004e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.79 
 
 
419 aa  298  2e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  46.95 
 
 
387 aa  296  5e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1362  RND family efflux transporter MFP subunit  48 
 
 
418 aa  293  3e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168892  decreased coverage  0.00389749 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4335  secretion protein HlyD  44.21 
 
 
410 aa  293  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0715  RND family efflux transporter MFP subunit  44.6 
 
 
404 aa  292  7e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  45.35 
 
 
427 aa  292  8e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4867  cation/multidrug efflux system membrane protein  43.98 
 
 
411 aa  290  4e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00045993  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  44.41 
 
 
405 aa  289  6e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  44.41 
 
 
405 aa  289  6e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  44.15 
 
 
405 aa  288  9e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  43.83 
 
 
405 aa  288  1e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  43.83 
 
 
405 aa  288  1e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  43.83 
 
 
405 aa  288  1e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1112  transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  48.14 
 
 
438 aa  286  5e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.680549 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  43.75 
 
 
409 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  43.75 
 
 
409 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  43.75 
 
 
406 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  43.75 
 
 
406 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  43.75 
 
 
406 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  43.75 
 
 
409 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4335  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.06 
 
 
436 aa  282  9e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  0.256174 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.06 
 
 
436 aa  282  9e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2878  RND family efflux transporter MFP subunit  42.74 
 
 
396 aa  281  2e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.247459  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  44.35 
 
 
408 aa  280  4e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0869  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  44.02 
 
 
409 aa  280  5e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.988771  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3373  RND family efflux transporter MFP subunit  46.18 
 
 
405 aa  278  1e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  43.56 
 
 
396 aa  275  7e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1902  secretion protein HlyD  44.73 
 
 
409 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.555792  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3304  secretion protein HlyD  44.81 
 
 
396 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1619  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  45.37 
 
 
386 aa  273  5.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4634  RND family efflux transporter MFP subunit  45.37 
 
 
429 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.24851 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.75 
 
 
424 aa  270  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2891  RND efflux system membrane fusion protein  43.68 
 
 
391 aa  268  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.81851  normal  0.755183 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0849  RND efflux system membrane fusion protein  43.24 
 
 
418 aa  266  4e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0320  RND family efflux transporter MFP subunit  45.32 
 
 
407 aa  266  5.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.841401 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.63 
 
 
396 aa  265  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.69 
 
 
396 aa  263  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.68 
 
 
399 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1792  secretion protein HlyD  42.49 
 
 
412 aa  259  4e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.567297  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0063  RND family efflux transporter MFP subunit  44.12 
 
 
402 aa  258  1e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3429  secretion protein HlyD  42.32 
 
 
411 aa  255  9e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  38.69 
 
 
412 aa  253  3e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  38.69 
 
 
412 aa  253  3e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  38.69 
 
 
412 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5121  RND family efflux transporter MFP subunit  44.81 
 
 
396 aa  252  8.000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  38.56 
 
 
476 aa  250  3e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4358  RND family efflux transporter MFP subunit  43.19 
 
 
421 aa  249  4e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  42.63 
 
 
414 aa  249  5e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.44 
 
 
420 aa  249  8e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0646106  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2181  RND family efflux transporter MFP subunit  41.85 
 
 
412 aa  245  8e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.179253  normal  0.0467643 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3099  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  40.17 
 
 
414 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.165228  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2659  secretion protein HlyD  39.49 
 
 
417 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2792  RND family efflux transporter MFP subunit  38.25 
 
 
412 aa  244  3e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4124  RND family efflux transporter MFP subunit  37.96 
 
 
415 aa  241  2e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.626146  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1349  RND family efflux transporter MFP subunit  44.44 
 
 
423 aa  241  2e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2967  secretion protein HlyD  39.6 
 
 
413 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.400142  normal  0.180224 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  39.22 
 
 
388 aa  240  2.9999999999999997e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3181  RND family efflux transporter MFP subunit  37.7 
 
 
412 aa  240  4e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4669  RND family efflux transporter MFP subunit  40 
 
 
399 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.287204  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3182  RND family efflux transporter MFP subunit  37.7 
 
 
412 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1187  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.7 
 
 
412 aa  239  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.917574  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3325  RND family efflux transporter MFP subunit  37.7 
 
 
412 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  40.06 
 
 
391 aa  235  1.0000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6556  RND family efflux transporter MFP subunit  39.94 
 
 
399 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.254371  normal  0.769115 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2745  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  38.9 
 
 
414 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32400  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  39.6 
 
 
414 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33860  multidrug efflux RND membrane protein, HlyD family  41.14 
 
 
412 aa  233  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2511  RND family efflux transporter MFP subunit  39.49 
 
 
413 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.504694  normal  0.653168 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  37.43 
 
 
428 aa  234  3e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  41.78 
 
 
385 aa  233  3e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3425  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.2 
 
 
413 aa  233  5e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2337  RND family efflux transporter MFP subunit  39.2 
 
 
413 aa  233  5e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3045  RND family efflux transporter MFP subunit  40.91 
 
 
414 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.561818 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6072  RND family efflux transporter MFP subunit  41.4 
 
 
399 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  41.12 
 
 
400 aa  231  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5708  secretion protein HlyD  41.4 
 
 
429 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2448  RND family efflux transporter MFP subunit  38.96 
 
 
413 aa  229  8e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0042  secretion protein HlyD  36.53 
 
 
391 aa  228  2e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.52 
 
 
408 aa  226  8e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0711  secretion protein HlyD  36.01 
 
 
382 aa  223  4.9999999999999996e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.577453  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1004  HlyD family secretion protein  40 
 
 
414 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4053  RND family efflux transporter MFP subunit  38.76 
 
 
414 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  37.29 
 
 
384 aa  220  3e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1828  secretion protein HlyD  37.5 
 
 
406 aa  220  3e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3621  secretion protein HlyD  40 
 
 
400 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5537  RND family efflux transporter MFP subunit  40 
 
 
400 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168619  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4746  RND family efflux transporter MFP subunit  40 
 
 
400 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2359  RND family efflux transporter MFP subunit  38.46 
 
 
392 aa  220  3e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  40.17 
 
 
404 aa  219  5e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2311  secretion protein HlyD  40.68 
 
 
413 aa  219  7e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.592416  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1152  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.76 
 
 
435 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00127856  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  36.99 
 
 
371 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3985  RND family efflux transporter MFP subunit  35.53 
 
 
410 aa  213  7e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  38.19 
 
 
392 aa  211  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  36.74 
 
 
377 aa  211  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  36.36 
 
 
418 aa  210  4e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.43 
 
 
381 aa  209  5e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.815107  normal  0.264656 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4972  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.84 
 
 
381 aa  209  9e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.956167  normal  0.110468 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>