More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0739 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0739  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 371 aa  753    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.580961  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2129  hypothetical protein  49.42 
 
 		 368 aa  350  2e-95  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2103  hypothetical protein  50.15 
 
 		 365 aa  345  1e-93  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1099  HlyD family secretion protein  47.41 
 
 		 401 aa  322  9.000000000000001e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0711  secretion protein HlyD  47.9 
 
 		 382 aa  314  1.9999999999999998e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.577453  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2464  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.75 
 
 		 390 aa  278  8e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2359  RND family efflux transporter MFP subunit  42.5 
 
 		 392 aa  273  3e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  39.2 
 
 		 371 aa  271  1e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2659  secretion protein HlyD  39.79 
 
 		 417 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3425  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.9 
 
 		 413 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2337  RND family efflux transporter MFP subunit  39.9 
 
 		 413 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3099  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  39.31 
 
 		 414 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.165228  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.37 
 
 		 408 aa  265  1e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2967  secretion protein HlyD  39.31 
 
 		 413 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.400142  normal  0.180224 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2511  RND family efflux transporter MFP subunit  39.38 
 
 		 413 aa  262  8.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.504694  normal  0.653168 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1828  secretion protein HlyD  38.48 
 
 		 406 aa  261  2e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2181  RND family efflux transporter MFP subunit  40.05 
 
 		 412 aa  258  9e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.179253  normal  0.0467643 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2448  RND family efflux transporter MFP subunit  38.86 
 
 		 413 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2792  RND family efflux transporter MFP subunit  38.3 
 
 		 412 aa  256  4e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2745  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  40 
 
 		 414 aa  255  9e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32400  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  39.74 
 
 		 414 aa  255  9e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4124  RND family efflux transporter MFP subunit  39.84 
 
 		 415 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.626146  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  37.7 
 
 		 412 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  37.7 
 
 		 412 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3181  RND family efflux transporter MFP subunit  38.03 
 
 		 412 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  37.43 
 
 		 412 aa  253  3e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1187  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.03 
 
 		 412 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.917574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3182  RND family efflux transporter MFP subunit  38.03 
 
 		 412 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3325  RND family efflux transporter MFP subunit  38.03 
 
 		 412 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33860  multidrug efflux RND membrane protein, HlyD family  42.4 
 
 		 412 aa  253  4.0000000000000004e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  37.67 
 
 		 476 aa  251  1e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  37.76 
 
 		 428 aa  250  3e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.58 
 
 		 381 aa  249  4e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.815107  normal  0.264656 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4509  RND family efflux transporter MFP subunit  37.37 
 
 		 381 aa  249  5e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4972  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.37 
 
 		 381 aa  249  5e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.956167  normal  0.110468 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  37.5 
 
 		 384 aa  246  3e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  41.06 
 
 		 391 aa  247  3e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6556  RND family efflux transporter MFP subunit  39.78 
 
 		 399 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.254371  normal  0.769115 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6072  RND family efflux transporter MFP subunit  39.78 
 
 		 399 aa  245  9e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5708  secretion protein HlyD  39.78 
 
 		 429 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  41.85 
 
 		 385 aa  245  9.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2639  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.67 
 
 		 436 aa  244  1.9999999999999999e-63  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.73 
 
 		 392 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4669  RND family efflux transporter MFP subunit  38.48 
 
 		 399 aa  242  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.287204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  38.86 
 
 		 388 aa  239  8e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  37.09 
 
 		 389 aa  238  9e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  38.22 
 
 		 418 aa  238  2e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2293  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.61 
 
 		 430 aa  234  1.0000000000000001e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1152  RND family efflux transporter MFP subunit  42.9 
 
 		 426 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.657671 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3985  RND family efflux transporter MFP subunit  39.39 
 
 		 410 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  37.27 
 
 		 405 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  37.27 
 
 		 405 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  37.27 
 
 		 405 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.53 
 
 		 391 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.496799  normal  0.0176512 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1112  transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  37.36 
 
 		 438 aa  233  5e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.680549 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.58 
 
 		 377 aa  233  6e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4335  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.18 
 
 		 436 aa  232  8.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  0.256174 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.18 
 
 		 436 aa  232  8.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  37 
 
 		 405 aa  232  9e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  37 
 
 		 405 aa  232  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  38.72 
 
 		 396 aa  232  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  38.27 
 
 		 408 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  36.17 
 
 		 414 aa  232  1e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  38.35 
 
 		 405 aa  231  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  38.71 
 
 		 392 aa  231  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  35.12 
 
 		 377 aa  230  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0042  secretion protein HlyD  39.01 
 
 		 391 aa  230  3e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  38.24 
 
 		 409 aa  229  7e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  38.24 
 
 		 409 aa  229  8e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  38.24 
 
 		 409 aa  229  8e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  38.24 
 
 		 406 aa  229  9e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  38.24 
 
 		 406 aa  229  9e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  38.24 
 
 		 406 aa  229  9e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0849  RND efflux system membrane fusion protein  36.62 
 
 		 418 aa  227  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.34 
 
 		 424 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0035  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.81 
 
 		 404 aa  225  8e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4867  cation/multidrug efflux system membrane protein  37.73 
 
 		 411 aa  225  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00045993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  39.39 
 
 		 387 aa  224  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3373  RND family efflux transporter MFP subunit  37.5 
 
 		 405 aa  222  6e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.34 
 
 		 396 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.52 
 
 		 419 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2878  RND family efflux transporter MFP subunit  38.69 
 
 		 396 aa  219  5e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.247459  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4634  RND family efflux transporter MFP subunit  37.15 
 
 		 429 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.24851 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2311  secretion protein HlyD  37.54 
 
 		 413 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.592416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.53 
 
 		 396 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4335  secretion protein HlyD  37.43 
 
 		 410 aa  210  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.19 
 
 		 416 aa  210  3e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0715  RND family efflux transporter MFP subunit  34.07 
 
 		 404 aa  209  5e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0902  RND family efflux transporter MFP subunit  35.81 
 
 		 473 aa  207  3e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.864544  normal  0.582224 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  35.87 
 
 		 400 aa  207  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1152  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.95 
 
 		 435 aa  207  3e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00127856  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1362  RND family efflux transporter MFP subunit  34.41 
 
 		 418 aa  207  3e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168892  decreased coverage  0.00389749 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  32.87 
 
 		 427 aa  206  6e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  36.77 
 
 		 404 aa  205  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0869  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  33.72 
 
 		 409 aa  204  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.988771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  33.79 
 
 		 430 aa  205  1e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.439492 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3429  secretion protein HlyD  35.99 
 
 		 411 aa  203  5e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1349  RND family efflux transporter MFP subunit  36.23 
 
 		 423 aa  202  8e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1792  secretion protein HlyD  35.47 
 
 		 412 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.567297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3814  RND family efflux transporter MFP subunit  38.24 
 
 		 414 aa  201  1.9999999999999998e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.14573  normal  0.243008 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>