More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2562 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 416 aa  831    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  79.74 
 
 		 427 aa  616  1e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0869  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  74.69 
 
 		 409 aa  574  1.0000000000000001e-163  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.988771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  69.48 
 
 		 419 aa  522  1e-147  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1362  RND family efflux transporter MFP subunit  75.44 
 
 		 418 aa  509  1e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168892  decreased coverage  0.00389749 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3429  secretion protein HlyD  71.62 
 
 		 411 aa  502  1e-141  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0715  RND family efflux transporter MFP subunit  62.34 
 
 		 404 aa  465  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  60.41 
 
 		 399 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3304  secretion protein HlyD  65.06 
 
 		 396 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  61.86 
 
 		 420 aa  420  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0646106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4358  RND family efflux transporter MFP subunit  60.71 
 
 		 421 aa  420  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2878  RND family efflux transporter MFP subunit  56.4 
 
 		 396 aa  414  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.247459  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0320  RND family efflux transporter MFP subunit  63.45 
 
 		 407 aa  414  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.841401 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  61.42 
 
 		 396 aa  413  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1619  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  61.36 
 
 		 386 aa  409  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  61.13 
 
 		 396 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3045  RND family efflux transporter MFP subunit  58.5 
 
 		 414 aa  410  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.561818 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1902  secretion protein HlyD  59.32 
 
 		 409 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.555792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  60.6 
 
 		 396 aa  401  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1349  RND family efflux transporter MFP subunit  61.47 
 
 		 423 aa  394  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.78 
 
 		 436 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4335  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.78 
 
 		 436 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  0.256174 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0063  RND family efflux transporter MFP subunit  55.36 
 
 		 402 aa  375  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4335  secretion protein HlyD  51.05 
 
 		 410 aa  374  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1112  transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  52.82 
 
 		 438 aa  368  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.680549 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.58 
 
 		 424 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4867  cation/multidrug efflux system membrane protein  52.3 
 
 		 411 aa  368  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00045993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1298  secretion protein HlyD  72.16 
 
 		 253 aa  365  1e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0849  RND efflux system membrane fusion protein  52.43 
 
 		 418 aa  363  4e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  53.22 
 
 		 387 aa  359  5e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  50.66 
 
 		 408 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  51.34 
 
 		 405 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  51.34 
 
 		 405 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  51.34 
 
 		 405 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  51.08 
 
 		 405 aa  355  1e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  51.08 
 
 		 405 aa  354  1e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  50.27 
 
 		 405 aa  350  3e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  50.4 
 
 		 409 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  50.4 
 
 		 406 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  50.4 
 
 		 409 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  50.4 
 
 		 406 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  50.4 
 
 		 406 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  50.4 
 
 		 409 aa  346  4e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4634  RND family efflux transporter MFP subunit  49.61 
 
 		 429 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.24851 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3373  RND family efflux transporter MFP subunit  51.37 
 
 		 405 aa  330  2e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2891  RND efflux system membrane fusion protein  48.81 
 
 		 391 aa  318  1e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.81851  normal  0.755183 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  48.34 
 
 		 414 aa  316  6e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1792  secretion protein HlyD  49.71 
 
 		 412 aa  312  5.999999999999999e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.567297  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3099  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  45.79 
 
 		 414 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.165228  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2967  secretion protein HlyD  46.3 
 
 		 413 aa  307  3e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.400142  normal  0.180224 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2659  secretion protein HlyD  45.7 
 
 		 417 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0887  secretion protein HlyD  47.16 
 
 		 398 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2181  RND family efflux transporter MFP subunit  44.42 
 
 		 412 aa  298  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.179253  normal  0.0467643 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5121  RND family efflux transporter MFP subunit  48.28 
 
 		 396 aa  295  1e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32400  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  47.34 
 
 		 414 aa  290  3e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2448  RND family efflux transporter MFP subunit  46.65 
 
 		 413 aa  290  4e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2745  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  47.34 
 
 		 414 aa  289  6e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2511  RND family efflux transporter MFP subunit  46.11 
 
 		 413 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.504694  normal  0.653168 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3425  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.58 
 
 		 413 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2337  RND family efflux transporter MFP subunit  45.58 
 
 		 413 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2792  RND family efflux transporter MFP subunit  41.18 
 
 		 412 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  45.4 
 
 		 392 aa  283  4.0000000000000003e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3182  RND family efflux transporter MFP subunit  41.69 
 
 		 412 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1187  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.69 
 
 		 412 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.917574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3325  RND family efflux transporter MFP subunit  41.69 
 
 		 412 aa  282  9e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3181  RND family efflux transporter MFP subunit  41.42 
 
 		 412 aa  281  1e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33860  multidrug efflux RND membrane protein, HlyD family  45.82 
 
 		 412 aa  280  3e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  40.82 
 
 		 412 aa  277  3e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  40.82 
 
 		 412 aa  277  3e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  40.82 
 
 		 412 aa  276  4e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.16 
 
 		 408 aa  276  5e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  41.3 
 
 		 476 aa  273  6e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  39.69 
 
 		 418 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  39.65 
 
 		 428 aa  270  4e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4124  RND family efflux transporter MFP subunit  41.8 
 
 		 415 aa  268  1e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.626146  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2359  RND family efflux transporter MFP subunit  42.27 
 
 		 392 aa  261  2e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  42.03 
 
 		 371 aa  260  4e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  40.63 
 
 		 388 aa  259  5.0000000000000005e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3985  RND family efflux transporter MFP subunit  38.03 
 
 		 410 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3238  secretion protein HlyD  41.58 
 
 		 393 aa  252  7e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  40 
 
 		 391 aa  250  3e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  41.51 
 
 		 400 aa  250  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0711  secretion protein HlyD  38.61 
 
 		 382 aa  249  5e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.577453  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1004  HlyD family secretion protein  42.31 
 
 		 414 aa  247  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0042  secretion protein HlyD  41.21 
 
 		 391 aa  244  3e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5537  RND family efflux transporter MFP subunit  42.16 
 
 		 400 aa  243  6e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3621  secretion protein HlyD  42.16 
 
 		 400 aa  243  6e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4746  RND family efflux transporter MFP subunit  42.16 
 
 		 400 aa  243  6e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1828  secretion protein HlyD  36.83 
 
 		 406 aa  239  5e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3094  putative efflux transporter  39.39 
 
 		 393 aa  238  2e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000031387  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3814  RND family efflux transporter MFP subunit  41.39 
 
 		 414 aa  237  3e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.14573  normal  0.243008 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  42.2 
 
 		 404 aa  236  4e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1152  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.08 
 
 		 435 aa  236  4e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00127856  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.06 
 
 		 391 aa  235  8e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.496799  normal  0.0176512 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.21 
 
 		 392 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  38.87 
 
 		 377 aa  232  9e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  36.83 
 
 		 385 aa  232  1e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4053  RND family efflux transporter MFP subunit  37.82 
 
 		 414 aa  232  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  36.6 
 
 		 384 aa  231  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.33 
 
 		 377 aa  229  6e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>