More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0063 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0063  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 402 aa  784    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2878  RND family efflux transporter MFP subunit  77.23 
 
 		 396 aa  577  1e-164  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.247459  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  62.69 
 
 		 396 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  61.93 
 
 		 396 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  63.56 
 
 		 396 aa  444  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.22 
 
 		 399 aa  411  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  58.06 
 
 		 416 aa  408  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  55.46 
 
 		 427 aa  402  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0869  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  53.85 
 
 		 409 aa  389  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.988771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.42 
 
 		 419 aa  387  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0715  RND family efflux transporter MFP subunit  54.59 
 
 		 404 aa  381  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3304  secretion protein HlyD  52.93 
 
 		 396 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4358  RND family efflux transporter MFP subunit  56.15 
 
 		 421 aa  381  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.59 
 
 		 420 aa  378  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0646106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1619  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  58.43 
 
 		 386 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1362  RND family efflux transporter MFP subunit  57.58 
 
 		 418 aa  374  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168892  decreased coverage  0.00389749 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3045  RND family efflux transporter MFP subunit  55.98 
 
 		 414 aa  368  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.561818 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0320  RND family efflux transporter MFP subunit  58.47 
 
 		 407 aa  368  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.841401 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3429  secretion protein HlyD  56.88 
 
 		 411 aa  366  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1902  secretion protein HlyD  53.54 
 
 		 409 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.555792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4335  secretion protein HlyD  47.38 
 
 		 410 aa  332  7.000000000000001e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1349  RND family efflux transporter MFP subunit  53.01 
 
 		 423 aa  332  7.000000000000001e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4867  cation/multidrug efflux system membrane protein  47.86 
 
 		 411 aa  330  2e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00045993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1112  transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  52.05 
 
 		 438 aa  330  4e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.680549 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  49.71 
 
 		 387 aa  324  1e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.56 
 
 		 436 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4335  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.56 
 
 		 436 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  0.256174 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0849  RND efflux system membrane fusion protein  47.71 
 
 		 418 aa  300  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.8 
 
 		 424 aa  299  5e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  46.11 
 
 		 408 aa  296  6e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  45.53 
 
 		 405 aa  295  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  45.53 
 
 		 405 aa  295  1e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  45.53 
 
 		 405 aa  295  1e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  45.82 
 
 		 406 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  45.82 
 
 		 406 aa  293  3e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  45.82 
 
 		 406 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  45.82 
 
 		 409 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  45.82 
 
 		 409 aa  293  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  45.82 
 
 		 409 aa  293  5e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  44.38 
 
 		 405 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  44.38 
 
 		 405 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  44.67 
 
 		 405 aa  290  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  46.83 
 
 		 414 aa  288  2e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4634  RND family efflux transporter MFP subunit  45.78 
 
 		 429 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.24851 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1298  secretion protein HlyD  57.32 
 
 		 253 aa  278  2e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1792  secretion protein HlyD  45.11 
 
 		 412 aa  278  2e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.567297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3373  RND family efflux transporter MFP subunit  44.96 
 
 		 405 aa  274  3e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0887  secretion protein HlyD  43.68 
 
 		 398 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2659  secretion protein HlyD  44.08 
 
 		 417 aa  271  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2891  RND efflux system membrane fusion protein  45.09 
 
 		 391 aa  267  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.81851  normal  0.755183 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2181  RND family efflux transporter MFP subunit  44.29 
 
 		 412 aa  263  3e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.179253  normal  0.0467643 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  44.13 
 
 		 412 aa  263  3e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  44.13 
 
 		 412 aa  263  3e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5121  RND family efflux transporter MFP subunit  44.99 
 
 		 396 aa  263  4e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2311  secretion protein HlyD  44.44 
 
 		 413 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.592416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  44.13 
 
 		 412 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  44.6 
 
 		 476 aa  262  8e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32400  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  46.02 
 
 		 414 aa  262  8.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2745  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  46.29 
 
 		 414 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33860  multidrug efflux RND membrane protein, HlyD family  46.5 
 
 		 412 aa  259  5.0000000000000005e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3325  RND family efflux transporter MFP subunit  44.54 
 
 		 412 aa  258  9e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3182  RND family efflux transporter MFP subunit  44.54 
 
 		 412 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2792  RND family efflux transporter MFP subunit  44.51 
 
 		 412 aa  258  1e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3181  RND family efflux transporter MFP subunit  44.54 
 
 		 412 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1187  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.54 
 
 		 412 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.917574  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3099  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  39.85 
 
 		 414 aa  257  2e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.165228  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2967  secretion protein HlyD  42.27 
 
 		 413 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.400142  normal  0.180224 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  40.69 
 
 		 428 aa  256  6e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  44.51 
 
 		 392 aa  256  7e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4124  RND family efflux transporter MFP subunit  41.34 
 
 		 415 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.626146  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3985  RND family efflux transporter MFP subunit  42.22 
 
 		 410 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4053  RND family efflux transporter MFP subunit  41.52 
 
 		 414 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  41.38 
 
 		 377 aa  251  1e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3425  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.94 
 
 		 413 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2337  RND family efflux transporter MFP subunit  43.94 
 
 		 413 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.95 
 
 		 377 aa  248  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  39.27 
 
 		 388 aa  247  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2511  RND family efflux transporter MFP subunit  43.68 
 
 		 413 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.504694  normal  0.653168 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1828  secretion protein HlyD  39.85 
 
 		 406 aa  245  8e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2448  RND family efflux transporter MFP subunit  43.37 
 
 		 413 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  39.59 
 
 		 391 aa  244  1.9999999999999999e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  39.88 
 
 		 371 aa  241  1e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.94 
 
 		 408 aa  241  2e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2359  RND family efflux transporter MFP subunit  39.94 
 
 		 392 aa  240  2.9999999999999997e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1152  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.64 
 
 		 435 aa  237  2e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00127856  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  39.89 
 
 		 384 aa  238  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.77 
 
 		 381 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.815107  normal  0.264656 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3094  putative efflux transporter  39.65 
 
 		 393 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000031387  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3238  secretion protein HlyD  41.34 
 
 		 393 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  38.66 
 
 		 389 aa  233  3e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0391  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  39.59 
 
 		 408 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000301381 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0405  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  40.68 
 
 		 408 aa  233  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.738714  hitchhiker  0.0000278759 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4509  RND family efflux transporter MFP subunit  39.15 
 
 		 381 aa  233  6e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4972  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.15 
 
 		 381 aa  233  6e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.956167  normal  0.110468 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0383  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.59 
 
 		 408 aa  233  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000626257 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0445  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  40.17 
 
 		 408 aa  233  7.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000283487 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0385  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  39.59 
 
 		 408 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1624  RND efflux membrane fusion protein precursor  39.58 
 
 		 385 aa  230  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.000143743  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.63 
 
 		 392 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  36.99 
 
 		 418 aa  228  2e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>