More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3933 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  100 
 
 		 395 aa  802    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.43 
 
 		 448 aa  316  5e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.53 
 
 		 410 aa  228  1e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.25 
 
 		 393 aa  196  7e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.78 
 
 		 454 aa  185  1.0000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  29.89 
 
 		 393 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  30.08 
 
 		 387 aa  151  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  30.52 
 
 		 408 aa  149  7e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  27.33 
 
 		 443 aa  149  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  28.12 
 
 		 372 aa  148  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  29.14 
 
 		 404 aa  146  5e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  28.47 
 
 		 407 aa  146  6e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  28.21 
 
 		 395 aa  146  6e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  30.73 
 
 		 419 aa  145  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  30.46 
 
 		 385 aa  143  6e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  27.18 
 
 		 395 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  31.19 
 
 		 385 aa  140  6e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  29.89 
 
 		 399 aa  139  6e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  27.79 
 
 		 410 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  28.97 
 
 		 397 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  29.61 
 
 		 398 aa  134  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  29.49 
 
 		 405 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  29.41 
 
 		 405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  27.16 
 
 		 402 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  27.83 
 
 		 405 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 405 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 403 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  26.74 
 
 		 397 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  30.36 
 
 		 403 aa  126  7e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.36 
 
 		 403 aa  126  9e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  27.51 
 
 		 396 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  25.13 
 
 		 426 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  30.36 
 
 		 403 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  30.36 
 
 		 403 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  28.57 
 
 		 375 aa  123  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  26 
 
 		 423 aa  123  7e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  27.58 
 
 		 422 aa  120  3.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  26.29 
 
 		 410 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  26.37 
 
 		 410 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  30.55 
 
 		 413 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  32.16 
 
 		 289 aa  113  6e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  27.36 
 
 		 379 aa  109  8.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  26.96 
 
 		 398 aa  104  3e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  28.74 
 
 		 406 aa  101  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  27.68 
 
 		 412 aa  97.8  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 		 430 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  28.66 
 
 		 388 aa  94.7  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.7 
 
 		 435 aa  94  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  26.61 
 
 		 392 aa  93.2  7e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  27.46 
 
 		 435 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 435 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0535  secretion protein HlyD  26.36 
 
 		 366 aa  91.3  3e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  26.82 
 
 		 411 aa  88.6  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  27.36 
 
 		 455 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.41 
 
 		 415 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  27.41 
 
 		 415 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2363  multidrug efflux system subunit MdtA  26.5 
 
 		 413 aa  87.8  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.67985 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  26.88 
 
 		 436 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  27.11 
 
 		 415 aa  86.7  6e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2256  multidrug efflux system subunit MdtA  26.5 
 
 		 413 aa  86.7  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2356  multidrug efflux system subunit MdtA  26.5 
 
 		 413 aa  86.3  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2472  multidrug efflux system subunit MdtA  26.21 
 
 		 413 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.957345 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  26.81 
 
 		 415 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  26.81 
 
 		 415 aa  85.9  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  26.81 
 
 		 415 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  41.77 
 
 		 416 aa  85.1  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  27.25 
 
 		 415 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1513  secretion protein HlyD  27.78 
 
 		 404 aa  85.1  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.461504  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  26.59 
 
 		 435 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2312  multidrug efflux system subunit MdtA  26.21 
 
 		 413 aa  85.1  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  25.13 
 
 		 354 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  26.81 
 
 		 415 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  25.26 
 
 		 370 aa  83.2  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1732  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.1 
 
 		 439 aa  82.4  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.54968  normal  0.756916 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  24.73 
 
 		 419 aa  81.6  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  24.78 
 
 		 426 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6029  acriflavin resistance protein A  27.61 
 
 		 411 aa  80.5  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  27.7 
 
 		 357 aa  80.5  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.77 
 
 		 379 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1312  multidrug efflux system subunit MdtA  25 
 
 		 410 aa  79.3  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164615  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  25.49 
 
 		 413 aa  79.3  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.14 
 
 		 426 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4166  RND family efflux transporter MFP subunit  26.76 
 
 		 427 aa  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2957  secretion protein HlyD  26.27 
 
 		 389 aa  77.4  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0178504  normal  0.933874 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  27.3 
 
 		 414 aa  77.4  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  26.97 
 
 		 422 aa  77.4  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1559  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  22.46 
 
 		 365 aa  77  0.0000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2902  secretion protein HlyD  24.29 
 
 		 464 aa  76.3  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.56576  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2702  multidrug efflux system subunit MdtA  25.41 
 
 		 411 aa  76.3  0.0000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0119  CmeA  31.92 
 
 		 373 aa  75.5  0.000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.94 
 
 		 366 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 405 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  24.87 
 
 		 405 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0390  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  23.94 
 
 		 367 aa  75.9  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  25 
 
 		 405 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 405 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1590  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  24.39 
 
 		 367 aa  74.7  0.000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  26.24 
 
 		 456 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  25.91 
 
 		 450 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  23.85 
 
 		 440 aa  74.3  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>