More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0946 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  89.95 
 
 		 403 aa  642    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  90.21 
 
 		 403 aa  650    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  90.21 
 
 		 403 aa  648    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  100 
 
 		 375 aa  763    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  93.14 
 
 		 405 aa  677    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  90.21 
 
 		 403 aa  647    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  90.48 
 
 		 403 aa  651    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  93.14 
 
 		 405 aa  673    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  93.14 
 
 		 405 aa  673    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  76.6 
 
 		 407 aa  590  1e-167  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  72.3 
 
 		 408 aa  565  1e-160  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  74.86 
 
 		 399 aa  559  1e-158  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  72.22 
 
 		 419 aa  551  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  73.81 
 
 		 404 aa  546  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  75.66 
 
 		 405 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  44.58 
 
 		 402 aa  291  2e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  44.71 
 
 		 397 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  44.39 
 
 		 410 aa  284  2.0000000000000002e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  41.53 
 
 		 397 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  41.18 
 
 		 395 aa  280  4e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  40.76 
 
 		 395 aa  279  7e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  41.76 
 
 		 396 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  39.36 
 
 		 410 aa  268  2e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  38.94 
 
 		 398 aa  248  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  34.55 
 
 		 410 aa  202  5e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  36.01 
 
 		 385 aa  202  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  39.72 
 
 		 289 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  35.49 
 
 		 385 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  29.43 
 
 		 393 aa  196  6e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  33.88 
 
 		 422 aa  185  1.0000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  32.35 
 
 		 387 aa  179  8e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  33.24 
 
 		 379 aa  173  2.9999999999999996e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  30.69 
 
 		 426 aa  168  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  30.86 
 
 		 423 aa  162  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.11 
 
 		 393 aa  155  1e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.42 
 
 		 454 aa  140  3.9999999999999997e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.05 
 
 		 410 aa  137  4e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  30.33 
 
 		 388 aa  137  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  32.3 
 
 		 413 aa  136  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  32.04 
 
 		 406 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  30.21 
 
 		 412 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  29.59 
 
 		 395 aa  124  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.72 
 
 		 448 aa  112  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  28.45 
 
 		 392 aa  96.3  7e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  26.99 
 
 		 398 aa  93.6  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  22.63 
 
 		 443 aa  90.9  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  23.12 
 
 		 372 aa  90.5  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  21.59 
 
 		 402 aa  88.6  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  30.56 
 
 		 359 aa  86.7  6e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  26.46 
 
 		 426 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.74 
 
 		 426 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  23.63 
 
 		 440 aa  84.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  24.38 
 
 		 451 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  22.86 
 
 		 442 aa  83.2  0.000000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2916  RND family efflux transporter MFP subunit  21.52 
 
 		 449 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0742  secretion protein HlyD  26.65 
 
 		 400 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.460648 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5556  HlyD family secretion protein  27.25 
 
 		 460 aa  82  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.357056  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  26.17 
 
 		 422 aa  82  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  29.27 
 
 		 392 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  26.25 
 
 		 457 aa  80.9  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  27.2 
 
 		 435 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  27.2 
 
 		 435 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  23.67 
 
 		 443 aa  80.9  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  26.91 
 
 		 430 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1939  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.33 
 
 		 370 aa  80.1  0.00000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.128072 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  26.12 
 
 		 435 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 		 381 aa  80.1  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  24.57 
 
 		 439 aa  79.7  0.00000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  26.12 
 
 		 462 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.01 
 
 		 435 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3566  RND family efflux transporter MFP subunit  22.17 
 
 		 435 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.338138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  26.9 
 
 		 372 aa  78.6  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  23.54 
 
 		 439 aa  78.6  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  27.51 
 
 		 436 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  25.35 
 
 		 374 aa  77.8  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.43 
 
 		 462 aa  76.6  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.53 
 
 		 455 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.51 
 
 		 355 aa  76.6  0.0000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01600  Secretion protein HlyD  24.87 
 
 		 390 aa  76.3  0.0000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0781997  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  26.45 
 
 		 454 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  25.75 
 
 		 450 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 		 457 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  26.82 
 
 		 415 aa  75.1  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  26.82 
 
 		 415 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  23.98 
 
 		 370 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  25.57 
 
 		 419 aa  75.5  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  25.48 
 
 		 456 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  25.84 
 
 		 413 aa  75.1  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28820  secretion protein, HlyD family  26.76 
 
 		 441 aa  75.1  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.20411  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.37 
 
 		 380 aa  74.7  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.87 
 
 		 415 aa  74.3  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  26.87 
 
 		 415 aa  74.3  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2050  secretion protein HlyD  29.04 
 
 		 426 aa  74.7  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0618  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 387 aa  74.7  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  27.47 
 
 		 415 aa  73.9  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  27.47 
 
 		 415 aa  73.9  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 		 462 aa  74.3  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  26.52 
 
 		 401 aa  73.9  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  26.82 
 
 		 455 aa  73.9  0.000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 		 462 aa  74.3  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>