More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1976 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 412 aa  829    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  49.26 
 
 		 406 aa  363  2e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  45.71 
 
 		 413 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  42.65 
 
 		 388 aa  275  1.0000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  31.09 
 
 		 399 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  31.18 
 
 		 410 aa  147  3e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  31.72 
 
 		 385 aa  147  3e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  29.79 
 
 		 385 aa  143  5e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  34.29 
 
 		 423 aa  142  8e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  35.31 
 
 		 289 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  29.27 
 
 		 387 aa  137  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  29.78 
 
 		 379 aa  134  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  32.47 
 
 		 397 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  31.73 
 
 		 396 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  28.54 
 
 		 407 aa  133  5e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  30.35 
 
 		 426 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  31.16 
 
 		 402 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  32.82 
 
 		 395 aa  130  6e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  30.46 
 
 		 397 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  28.45 
 
 		 395 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  32.7 
 
 		 398 aa  125  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  31.03 
 
 		 408 aa  125  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  32.92 
 
 		 419 aa  124  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  34.39 
 
 		 422 aa  122  8e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  29.36 
 
 		 410 aa  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.9 
 
 		 410 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  28.34 
 
 		 393 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  31.87 
 
 		 405 aa  117  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  33.56 
 
 		 410 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  31.05 
 
 		 398 aa  115  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  30.52 
 
 		 403 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  30.79 
 
 		 403 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.79 
 
 		 403 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  30.79 
 
 		 403 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  30.79 
 
 		 403 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  30.79 
 
 		 405 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  30.91 
 
 		 404 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  30.5 
 
 		 375 aa  110  5e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  30.21 
 
 		 405 aa  109  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  30.21 
 
 		 405 aa  109  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.91 
 
 		 393 aa  107  4e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.61 
 
 		 454 aa  100  6e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  26.92 
 
 		 372 aa  97.1  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  25.65 
 
 		 443 aa  92  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  24.28 
 
 		 440 aa  87.4  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  27.68 
 
 		 395 aa  85.5  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.39 
 
 		 448 aa  80.9  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  25.8 
 
 		 402 aa  78.2  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  29.22 
 
 		 359 aa  76.6  0.0000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  27.08 
 
 		 357 aa  70.1  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  30.32 
 
 		 392 aa  69.3  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3065  secretion protein HlyD  26.09 
 
 		 487 aa  69.3  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.757879  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.1 
 
 		 453 aa  67.4  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.32 
 
 		 351 aa  67.8  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  28.28 
 
 		 372 aa  67.4  0.0000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3080  efflux transporter  23.85 
 
 		 487 aa  66.6  0.0000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  27.62 
 
 		 365 aa  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  26.61 
 
 		 389 aa  65.5  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0629  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 		 414 aa  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00302597 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.25 
 
 		 396 aa  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0537  HlyD family multidrug resistance protein  27.31 
 
 		 381 aa  63.9  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.996753  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  32.69 
 
 		 359 aa  63.5  0.000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  31.43 
 
 		 359 aa  63.5  0.000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1939  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.14 
 
 		 370 aa  63.2  0.000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.128072 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  24.36 
 
 		 429 aa  61.6  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0565  CmeA  24.77 
 
 		 354 aa  62.4  0.00000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000015665  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  24.31 
 
 		 352 aa  61.6  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 355 aa  61.2  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.66 
 
 		 361 aa  60.8  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.25 
 
 		 396 aa  60.1  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3155  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.85 
 
 		 403 aa  60.1  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  23.7 
 
 		 369 aa  60.1  0.00000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  24.69 
 
 		 425 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  25.88 
 
 		 379 aa  60.1  0.00000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  23.78 
 
 		 439 aa  60.1  0.00000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0212  secretion protein HlyD  26.64 
 
 		 364 aa  59.7  0.00000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.59943 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  27.13 
 
 		 380 aa  59.7  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01600  Secretion protein HlyD  22.61 
 
 		 390 aa  59.3  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0781997  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4362  RND family efflux transporter MFP subunit  28.36 
 
 		 373 aa  59.7  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.13 
 
 		 380 aa  59.3  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  26.96 
 
 		 405 aa  59.3  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2317  RND family efflux transporter MFP subunit  26.37 
 
 		 393 aa  58.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.788366  normal  0.425659 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.66 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.66 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  25.71 
 
 		 357 aa  58.9  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3333  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 377 aa  58.9  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03415  hypothetical protein  27.1 
 
 		 371 aa  58.9  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.69 
 
 		 403 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.25741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  28.48 
 
 		 391 aa  58.5  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.82 
 
 		 366 aa  58.2  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0374  secretion protein HlyD  27.63 
 
 		 368 aa  58.2  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0795061 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  22.87 
 
 		 363 aa  57.8  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.73 
 
 		 414 aa  58.2  0.0000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  25.18 
 
 		 359 aa  58.2  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2230  RND family efflux transporter MFP subunit  27.82 
 
 		 362 aa  57.4  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.54 
 
 		 430 aa  57.8  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0618  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 387 aa  57.4  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  23.79 
 
 		 439 aa  57  0.0000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  26.45 
 
 		 352 aa  57  0.0000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  28.33 
 
 		 365 aa  57  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>