More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4362 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4362  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 373 aa  736    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  37.99 
 
 		 405 aa  226  6e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5678  RND multidrug efflux membrane permease  36.31 
 
 		 386 aa  220  3e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.116092  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  36.97 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.97 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  36.97 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4873  multidrug efflux system protein MdtE  36.7 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  36.97 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  36.97 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  36.97 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  36.97 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.91 
 
 		 374 aa  216  5e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  36.44 
 
 		 368 aa  215  8e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1140  RND family efflux transporter MFP subunit  38.6 
 
 		 374 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2450  RND family efflux transporter MFP subunit  35.75 
 
 		 373 aa  214  1.9999999999999998e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  36.44 
 
 		 385 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  33.88 
 
 		 416 aa  211  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  34.67 
 
 		 386 aa  210  3e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  36.04 
 
 		 395 aa  209  7e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4352  RND family efflux transporter MFP subunit  35.74 
 
 		 369 aa  206  4e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.285703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3586  secretion protein HlyD  38.08 
 
 		 369 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3421  secretion protein HlyD  37.46 
 
 		 381 aa  205  1e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.159892  normal  0.759602 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  35.17 
 
 		 395 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  35.17 
 
 		 395 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  35.17 
 
 		 388 aa  205  1e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  34.97 
 
 		 390 aa  204  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.13 
 
 		 395 aa  203  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0335  HlyD family secretion protein  36.97 
 
 		 411 aa  202  6e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3091  RND family efflux transporter MFP subunit  36.98 
 
 		 426 aa  202  6e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0542008  normal  0.0352029 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  37.8 
 
 		 371 aa  202  8e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3560  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.54 
 
 		 393 aa  202  9e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0307  HlyD family secretion protein  36.7 
 
 		 411 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.556263  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3493  RND family efflux transporter MFP subunit  36.02 
 
 		 381 aa  200  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.36 
 
 		 422 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  35.5 
 
 		 392 aa  197  3e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4140  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.59 
 
 		 436 aa  197  3e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  36.31 
 
 		 445 aa  197  3e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.819797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  34.54 
 
 		 379 aa  197  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3863  RND family efflux transporter MFP subunit  34.23 
 
 		 382 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  36.51 
 
 		 400 aa  194  2e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.86 
 
 		 379 aa  194  2e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1189  secretion protein HlyD  35.91 
 
 		 381 aa  194  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.563711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  36.65 
 
 		 428 aa  194  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4061  RND family efflux transporter MFP subunit  36.72 
 
 		 383 aa  194  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000265031  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3553  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  35.5 
 
 		 378 aa  194  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  35.36 
 
 		 425 aa  193  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0688  RND family efflux transporter MFP subunit  37.53 
 
 		 431 aa  193  4e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.921638  normal  0.624256 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.54 
 
 		 433 aa  192  6e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  34.07 
 
 		 379 aa  192  6e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.596756 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.15 
 
 		 398 aa  192  7e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  35.8 
 
 		 397 aa  192  8e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  36.99 
 
 		 386 aa  192  9e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000318769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.47 
 
 		 372 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.460897  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  34.32 
 
 		 385 aa  191  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  36.2 
 
 		 430 aa  191  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  35.74 
 
 		 381 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  34.32 
 
 		 385 aa  191  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.74 
 
 		 381 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.28 
 
 		 373 aa  191  2e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.32 
 
 		 385 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  35.77 
 
 		 409 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  34.32 
 
 		 385 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  34.32 
 
 		 385 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  34.32 
 
 		 385 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  35.74 
 
 		 381 aa  190  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4693  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  36.05 
 
 		 382 aa  190  4e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  35.77 
 
 		 409 aa  190  4e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1193  HlyD family secretion protein  35.89 
 
 		 386 aa  190  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000622308  normal  0.342064 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2238  secretion protein HlyD  36.31 
 
 		 431 aa  190  4e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  33.68 
 
 		 372 aa  189  5e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  34.32 
 
 		 385 aa  189  5.999999999999999e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2867  RND family efflux transporter MFP subunit  35.99 
 
 		 401 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.966 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  35.5 
 
 		 397 aa  189  8e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.5 
 
 		 397 aa  189  8e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  35.5 
 
 		 397 aa  189  8e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  35.5 
 
 		 397 aa  189  8e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  35.5 
 
 		 397 aa  189  8e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  35.5 
 
 		 397 aa  189  8e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  35.5 
 
 		 409 aa  189  9e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.5 
 
 		 397 aa  188  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  34.05 
 
 		 385 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  35.26 
 
 		 385 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.369196 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  35.26 
 
 		 385 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  35.26 
 
 		 385 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  34.05 
 
 		 385 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0581  RND family efflux transporter MFP subunit  34.85 
 
 		 417 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.17 
 
 		 399 aa  187  3e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000504  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  33.61 
 
 		 375 aa  186  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0667  RND family efflux transporter MFP subunit  34.77 
 
 		 396 aa  186  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0992  secretion protein HlyD  35.19 
 
 		 382 aa  186  6e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  35.11 
 
 		 382 aa  186  7e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  35.11 
 
 		 382 aa  186  7e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  35.11 
 
 		 382 aa  186  8e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  33.6 
 
 		 442 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1163  RND family efflux transporter MFP subunit  32.45 
 
 		 385 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154539 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3306  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.07 
 
 		 376 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0124352 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  37.3 
 
 		 430 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0738  RND family efflux transporter MFP subunit  34.33 
 
 		 430 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  33.6 
 
 		 383 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35 
 
 		 403 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.25741  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>