More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3421 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3421  secretion protein HlyD  100 
 
 		 381 aa  766    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.159892  normal  0.759602 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0335  HlyD family secretion protein  39.83 
 
 		 411 aa  228  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4362  RND family efflux transporter MFP subunit  37.46 
 
 		 373 aa  227  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0307  HlyD family secretion protein  39.55 
 
 		 411 aa  226  5.0000000000000005e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.556263  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2450  RND family efflux transporter MFP subunit  36.46 
 
 		 373 aa  224  1e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5678  RND multidrug efflux membrane permease  35.75 
 
 		 386 aa  221  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.116092  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  37.57 
 
 		 368 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  38.41 
 
 		 371 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3306  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.39 
 
 		 376 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0124352 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4352  RND family efflux transporter MFP subunit  36.91 
 
 		 369 aa  213  7e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.285703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.41 
 
 		 372 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.460897  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1140  RND family efflux transporter MFP subunit  38.72 
 
 		 374 aa  211  1e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3586  secretion protein HlyD  36.61 
 
 		 369 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.41 
 
 		 374 aa  207  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.53 
 
 		 373 aa  202  6e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0992  secretion protein HlyD  38.33 
 
 		 382 aa  196  5.000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.24 
 
 		 392 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2639  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.13 
 
 		 436 aa  194  2e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0099  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.54 
 
 		 408 aa  194  3e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 416 aa  193  4e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0667  RND family efflux transporter MFP subunit  36.73 
 
 		 396 aa  192  7e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0738  RND family efflux transporter MFP subunit  36.19 
 
 		 430 aa  192  7e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  34.49 
 
 		 435 aa  191  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.497794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2434  RND family efflux transporter MFP subunit  35.76 
 
 		 383 aa  191  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.671436  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1828  secretion protein HlyD  35.43 
 
 		 406 aa  191  2e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4140  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.85 
 
 		 436 aa  191  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  32.56 
 
 		 445 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.819797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3094  putative efflux transporter  35.09 
 
 		 393 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000031387  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3091  RND family efflux transporter MFP subunit  34.93 
 
 		 426 aa  190  2.9999999999999997e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0542008  normal  0.0352029 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.42 
 
 		 441 aa  189  8e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.982267 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1189  secretion protein HlyD  34.05 
 
 		 381 aa  186  7e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.563711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0402  secretion protein HlyD  34.48 
 
 		 403 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  35.33 
 
 		 430 aa  185  1.0000000000000001e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.439492 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  34.31 
 
 		 379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2836  RND family efflux transporter MFP subunit  36.63 
 
 		 446 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113713  normal  0.378923 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  32.3 
 
 		 376 aa  184  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2581  hypothetical protein  33.72 
 
 		 384 aa  182  6e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0715  RND family efflux transporter MFP subunit  34.26 
 
 		 404 aa  182  7e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2325  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.34 
 
 		 446 aa  182  7e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.116121  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2435  hypothetical protein  33.43 
 
 		 384 aa  182  9.000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3560  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.02 
 
 		 393 aa  182  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  37.18 
 
 		 367 aa  182  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  32.8 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  34.04 
 
 		 387 aa  181  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.29 
 
 		 379 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00481  multidrug resistance protein  33.71 
 
 		 434 aa  180  4e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  29.83 
 
 		 371 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  32.7 
 
 		 405 aa  179  9e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.25 
 
 		 390 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122287 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  34.45 
 
 		 408 aa  178  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0581  RND family efflux transporter MFP subunit  33.51 
 
 		 417 aa  178  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.22 
 
 		 424 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  33.94 
 
 		 388 aa  176  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0849  RND efflux system membrane fusion protein  35.52 
 
 		 418 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  34.18 
 
 		 394 aa  176  5e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3367  RND family efflux transporter MFP subunit  33.83 
 
 		 480 aa  176  5e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  34.78 
 
 		 405 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  34.51 
 
 		 405 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1990  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.78 
 
 		 392 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.759025  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  32.52 
 
 		 386 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000504  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  33.82 
 
 		 375 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.51 
 
 		 391 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.496799  normal  0.0176512 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2103  hypothetical protein  31.56 
 
 		 365 aa  174  2.9999999999999996e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1531  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 406 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000126911  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.56 
 
 		 398 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0283024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4148  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.63 
 
 		 560 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  33.89 
 
 		 409 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4335  secretion protein HlyD  32.45 
 
 		 410 aa  173  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2140  RND family efflux transporter MFP subunit  32.25 
 
 		 393 aa  173  5e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4867  cation/multidrug efflux system membrane protein  34.29 
 
 		 411 aa  173  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00045993  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  33.61 
 
 		 409 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  33.61 
 
 		 409 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  33.61 
 
 		 406 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  33.61 
 
 		 406 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  33.61 
 
 		 406 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  34.25 
 
 		 427 aa  172  9e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2129  hypothetical protein  29.48 
 
 		 368 aa  172  9e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 395 aa  172  9e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1074  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 405 aa  172  9e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.151684  normal  0.62301 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0035  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.04 
 
 		 404 aa  172  1e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3513  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.23 
 
 		 398 aa  172  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 405 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  32.5 
 
 		 384 aa  171  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  33.7 
 
 		 405 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  32.16 
 
 		 392 aa  171  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  33.24 
 
 		 405 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 405 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0932  precursor of drug resistance protein  30.94 
 
 		 396 aa  170  3e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  33.23 
 
 		 396 aa  170  4e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2557  secretion protein HlyD  33.52 
 
 		 379 aa  170  4e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  31.33 
 
 		 389 aa  170  4e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1356  RND family efflux transporter MFP subunit  30.94 
 
 		 387 aa  169  7e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018874 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.38 
 
 		 399 aa  169  7e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  34.05 
 
 		 386 aa  169  7e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  32.75 
 
 		 422 aa  169  7e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.8 
 
 		 393 aa  169  8e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0828  RND family efflux transporter MFP subunit  30.94 
 
 		 396 aa  169  8e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  32.08 
 
 		 394 aa  169  9e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3162  RND family efflux transporter MFP subunit  34.31 
 
 		 389 aa  169  9e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000420577  unclonable  0.00000105041 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>