More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3586 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3586  secretion protein HlyD  100 
 
 		 369 aa  731    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  53.37 
 
 		 445 aa  365  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.819797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4140  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.37 
 
 		 436 aa  364  1e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5678  RND multidrug efflux membrane permease  48.88 
 
 		 386 aa  348  1e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.116092  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3091  RND family efflux transporter MFP subunit  50.95 
 
 		 426 aa  347  2e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0542008  normal  0.0352029 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1189  secretion protein HlyD  52.23 
 
 		 381 aa  344  1e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.563711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.37 
 
 		 441 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.982267 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0099  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.64 
 
 		 408 aa  341  1e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0992  secretion protein HlyD  54.79 
 
 		 382 aa  340  2e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3560  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.6 
 
 		 393 aa  332  5e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2450  RND family efflux transporter MFP subunit  41.55 
 
 		 373 aa  256  6e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2649  RND family efflux transporter MFP subunit  42.73 
 
 		 387 aa  255  8e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  44.73 
 
 		 371 aa  251  1e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4352  RND family efflux transporter MFP subunit  41.6 
 
 		 369 aa  250  3e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.285703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.7 
 
 		 372 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.460897  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3306  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.65 
 
 		 376 aa  238  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0124352 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1140  RND family efflux transporter MFP subunit  42.15 
 
 		 374 aa  232  6e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.15 
 
 		 374 aa  231  2e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0335  HlyD family secretion protein  37.92 
 
 		 411 aa  217  2e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2434  RND family efflux transporter MFP subunit  39.13 
 
 		 383 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.671436  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0307  HlyD family secretion protein  37.92 
 
 		 411 aa  216  4e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.556263  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  37.98 
 
 		 372 aa  207  2e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4362  RND family efflux transporter MFP subunit  38.08 
 
 		 373 aa  206  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.71 
 
 		 373 aa  203  4e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  37.93 
 
 		 368 aa  196  5.000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000504  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  39.38 
 
 		 375 aa  196  7e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3421  secretion protein HlyD  36.61 
 
 		 381 aa  186  7e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.159892  normal  0.759602 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  31.69 
 
 		 416 aa  182  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1701  secretion protein HlyD  34.12 
 
 		 412 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.17328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1163  RND family efflux transporter MFP subunit  33.14 
 
 		 385 aa  179  9e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154539 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2639  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.18 
 
 		 436 aa  178  1e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  35.59 
 
 		 377 aa  178  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.88 
 
 		 377 aa  177  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4509  RND family efflux transporter MFP subunit  35.73 
 
 		 381 aa  177  3e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4972  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.73 
 
 		 381 aa  177  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.956167  normal  0.110468 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  34.23 
 
 		 428 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3238  secretion protein HlyD  35.34 
 
 		 393 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  36.9 
 
 		 381 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  34.63 
 
 		 414 aa  173  5e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3063  secretion protein HlyD  35.21 
 
 		 412 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000572272  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  34.73 
 
 		 392 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  35.5 
 
 		 430 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.85 
 
 		 381 aa  171  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.815107  normal  0.264656 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  35.92 
 
 		 387 aa  170  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2029  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.95 
 
 		 378 aa  170  4e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.109803  hitchhiker  0.00040221 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0402  secretion protein HlyD  36.52 
 
 		 403 aa  170  4e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  32.48 
 
 		 385 aa  169  6e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  34.9 
 
 		 396 aa  169  9e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3304  secretion protein HlyD  37.32 
 
 		 396 aa  169  9e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.07 
 
 		 379 aa  168  1e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2293  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.46 
 
 		 430 aa  168  2e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.81 
 
 		 399 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.47 
 
 		 424 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0647  RND family efflux transporter MFP subunit  34.81 
 
 		 425 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  34.27 
 
 		 394 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5503  RND family efflux transporter MFP subunit  34.51 
 
 		 445 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00522591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  34.38 
 
 		 408 aa  166  5.9999999999999996e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.69 
 
 		 408 aa  165  9e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  33.52 
 
 		 384 aa  166  9e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  34.1 
 
 		 434 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2878  RND family efflux transporter MFP subunit  35.76 
 
 		 396 aa  164  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.247459  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  32.82 
 
 		 376 aa  164  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  33.9 
 
 		 367 aa  164  3e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  33.43 
 
 		 389 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0035  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.63 
 
 		 404 aa  163  6e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1255  RND family efflux transporter MFP subunit  31.81 
 
 		 391 aa  162  6e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.518513 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.83 
 
 		 392 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  33.72 
 
 		 371 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0689  secretion protein HlyD  34.57 
 
 		 411 aa  162  8.000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  34.24 
 
 		 422 aa  162  8.000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  35.13 
 
 		 405 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  32.04 
 
 		 388 aa  162  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  34.27 
 
 		 415 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3586  RND family efflux transporter MFP subunit  31.2 
 
 		 386 aa  161  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  33.81 
 
 		 430 aa  161  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.439492 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1990  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 392 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.759025  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4148  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.06 
 
 		 560 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1742  RND efflux system membrane fusion protein  30.79 
 
 		 403 aa  160  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0860359  normal  0.290427 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4006  RND family efflux transporter MFP subunit  30.92 
 
 		 386 aa  159  6e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  34.25 
 
 		 391 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5537  RND family efflux transporter MFP subunit  37.09 
 
 		 400 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3621  secretion protein HlyD  37.09 
 
 		 400 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4746  RND family efflux transporter MFP subunit  37.09 
 
 		 400 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4693  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  33.33 
 
 		 382 aa  159  8e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  33.24 
 
 		 405 aa  159  8e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  31.61 
 
 		 384 aa  158  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0152  RND family efflux transporter MFP subunit  33.06 
 
 		 385 aa  158  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  35.23 
 
 		 430 aa  158  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3422  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.56 
 
 		 469 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3329  secretion protein HlyD  34.38 
 
 		 386 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  33.98 
 
 		 382 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2285  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 428 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134622 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3745  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.56 
 
 		 423 aa  158  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0849  secretion protein HlyD  32.63 
 
 		 441 aa  157  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  37.01 
 
 		 400 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  33.04 
 
 		 390 aa  157  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2479  RND family efflux transporter MFP subunit  31.91 
 
 		 384 aa  157  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2894  RND family efflux transporter MFP subunit  34.99 
 
 		 397 aa  157  3e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.781676  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  33.14 
 
 		 418 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  33.14 
 
 		 418 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>