More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5678 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5678  RND multidrug efflux membrane permease  100 
 
 		 386 aa  778    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.116092  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1189  secretion protein HlyD  55.73 
 
 		 381 aa  401  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.563711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0099  efflux transporter, RND family, MFP subunit  57.18 
 
 		 408 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0992  secretion protein HlyD  54.23 
 
 		 382 aa  374  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3586  secretion protein HlyD  48.88 
 
 		 369 aa  348  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3091  RND family efflux transporter MFP subunit  48.15 
 
 		 426 aa  342  5.999999999999999e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0542008  normal  0.0352029 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3560  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.73 
 
 		 393 aa  334  2e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  45.76 
 
 		 445 aa  332  9e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.819797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4140  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.36 
 
 		 436 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44 
 
 		 441 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.982267 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2649  RND family efflux transporter MFP subunit  46.48 
 
 		 387 aa  266  4e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4352  RND family efflux transporter MFP subunit  41.24 
 
 		 369 aa  256  4e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.285703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2450  RND family efflux transporter MFP subunit  37.87 
 
 		 373 aa  254  3e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.36 
 
 		 372 aa  242  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.460897  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  42.82 
 
 		 371 aa  241  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0335  HlyD family secretion protein  38.95 
 
 		 411 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0307  HlyD family secretion protein  38.68 
 
 		 411 aa  232  7.000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.556263  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3306  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.61 
 
 		 376 aa  228  2e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0124352 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.57 
 
 		 374 aa  227  3e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1140  RND family efflux transporter MFP subunit  40.29 
 
 		 374 aa  226  7e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.02 
 
 		 373 aa  218  1e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4362  RND family efflux transporter MFP subunit  36.26 
 
 		 373 aa  218  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1742  RND efflux system membrane fusion protein  36.34 
 
 		 403 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0860359  normal  0.290427 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  35.22 
 
 		 368 aa  211  2e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3745  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.54 
 
 		 423 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  37.11 
 
 		 398 aa  205  8e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  35.9 
 
 		 392 aa  206  8e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3422  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.28 
 
 		 469 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  35.31 
 
 		 416 aa  202  6e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3421  secretion protein HlyD  35.75 
 
 		 381 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.159892  normal  0.759602 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  37.39 
 
 		 430 aa  196  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  34.92 
 
 		 405 aa  196  6e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1356  RND family efflux transporter MFP subunit  33.8 
 
 		 387 aa  196  7e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018874 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  38.52 
 
 		 405 aa  196  7e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5837  secretion protein HlyD  37.57 
 
 		 412 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.91911  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6680  RND family efflux transporter MFP subunit  37.85 
 
 		 412 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.231623  normal  0.121297 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.54 
 
 		 424 aa  194  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6204  RND family efflux transporter MFP subunit  37.57 
 
 		 412 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103192  hitchhiker  0.00610274 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  35.85 
 
 		 390 aa  194  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  32.7 
 
 		 372 aa  193  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6607  HlyD family secretion protein  37.64 
 
 		 418 aa  193  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.032922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  35.42 
 
 		 415 aa  193  5e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.71 
 
 		 395 aa  192  7e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.85 
 
 		 410 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0688  RND family efflux transporter MFP subunit  38.59 
 
 		 431 aa  191  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.921638  normal  0.624256 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  38.14 
 
 		 412 aa  190  4e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 		 408 aa  190  4e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1255  RND family efflux transporter MFP subunit  31.23 
 
 		 391 aa  189  5e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.518513 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  35.13 
 
 		 386 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  37.39 
 
 		 425 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.57 
 
 		 411 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.13 
 
 		 386 aa  188  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2434  RND family efflux transporter MFP subunit  34.71 
 
 		 383 aa  188  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.671436  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.66 
 
 		 399 aa  188  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1701  secretion protein HlyD  34.17 
 
 		 412 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.17328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.15 
 
 		 379 aa  187  2e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  34.56 
 
 		 389 aa  187  3e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0680  RND family efflux transporter MFP subunit  37.97 
 
 		 420 aa  187  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.557778  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0315  RND family efflux transporter MFP subunit  37.68 
 
 		 420 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2445  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  37.68 
 
 		 420 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0058  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  37.68 
 
 		 420 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0523497  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  36.73 
 
 		 381 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0854  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  37.68 
 
 		 420 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719076  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0610  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  37.68 
 
 		 420 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.80065  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0859  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  37.68 
 
 		 420 aa  186  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  36.36 
 
 		 418 aa  186  8e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  36.36 
 
 		 418 aa  186  8e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2607  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.76 
 
 		 422 aa  186  9e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113369  normal  0.140751 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 		 434 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  36.21 
 
 		 395 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2435  hypothetical protein  33.86 
 
 		 384 aa  184  3e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  37.46 
 
 		 397 aa  184  3e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  33.85 
 
 		 435 aa  183  4.0000000000000006e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.497794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  35.56 
 
 		 367 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1335  RND family efflux transporter MFP subunit  37.5 
 
 		 385 aa  182  6e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2581  hypothetical protein  33.86 
 
 		 384 aa  182  6e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1018  RND family efflux transporter MFP subunit  37.39 
 
 		 420 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  36.75 
 
 		 400 aa  182  7e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  35.88 
 
 		 385 aa  182  7e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2638  RND family efflux transporter MFP subunit  36.89 
 
 		 424 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2512  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.93 
 
 		 383 aa  182  9.000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  36.96 
 
 		 385 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  36.96 
 
 		 385 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 		 382 aa  182  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  36.96 
 
 		 385 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.369196 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.62 
 
 		 385 aa  181  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  35.62 
 
 		 385 aa  181  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  35.62 
 
 		 385 aa  181  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  35.62 
 
 		 385 aa  181  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2050  secretion protein HlyD  33.58 
 
 		 426 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4148  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.68 
 
 		 560 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  37.04 
 
 		 430 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6463  RND family efflux transporter MFP subunit  35.67 
 
 		 418 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984064  normal  0.35165 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1999  secretion protein HlyD  37.03 
 
 		 424 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.931394  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2609  RND family efflux transporter MFP subunit  37.03 
 
 		 424 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1163  RND family efflux transporter MFP subunit  31.43 
 
 		 385 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154539 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3553  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  35.71 
 
 		 378 aa  181  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  35 
 
 		 400 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2866  secretion protein HlyD  34.9 
 
 		 400 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.21396  normal  0.0804187 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0825  RND family efflux transporter MFP subunit  33.13 
 
 		 383 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>