More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1189 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1189  secretion protein HlyD  100 
 
 		 381 aa  748    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.563711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0099  efflux transporter, RND family, MFP subunit  80.88 
 
 		 408 aa  528  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5678  RND multidrug efflux membrane permease  55.73 
 
 		 386 aa  419  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.116092  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0992  secretion protein HlyD  61.52 
 
 		 382 aa  399  9.999999999999999e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3586  secretion protein HlyD  52.23 
 
 		 369 aa  358  9e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4140  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.93 
 
 		 436 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  50.66 
 
 		 445 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.819797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3560  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.13 
 
 		 393 aa  349  5e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3091  RND family efflux transporter MFP subunit  50.13 
 
 		 426 aa  348  6e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0542008  normal  0.0352029 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.93 
 
 		 441 aa  324  1e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.982267 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2450  RND family efflux transporter MFP subunit  39.73 
 
 		 373 aa  268  2e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2649  RND family efflux transporter MFP subunit  44.87 
 
 		 387 aa  258  9e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4352  RND family efflux transporter MFP subunit  44.07 
 
 		 369 aa  258  9e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.285703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3306  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.51 
 
 		 376 aa  252  8.000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0124352 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.74 
 
 		 372 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.460897  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  42.77 
 
 		 371 aa  241  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1140  RND family efflux transporter MFP subunit  41.62 
 
 		 374 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.33 
 
 		 374 aa  229  7e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0335  HlyD family secretion protein  40.12 
 
 		 411 aa  223  3e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0307  HlyD family secretion protein  39.83 
 
 		 411 aa  222  9.999999999999999e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.556263  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2434  RND family efflux transporter MFP subunit  38.83 
 
 		 383 aa  211  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.671436  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4362  RND family efflux transporter MFP subunit  36.03 
 
 		 373 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.06 
 
 		 373 aa  199  7.999999999999999e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0402  secretion protein HlyD  38.69 
 
 		 403 aa  199  7.999999999999999e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  38.59 
 
 		 430 aa  196  6e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.439492 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  38.18 
 
 		 412 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  37.4 
 
 		 368 aa  193  4e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  34.75 
 
 		 392 aa  193  5e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  39.02 
 
 		 381 aa  192  9e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  36.22 
 
 		 382 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  34.53 
 
 		 372 aa  191  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.89 
 
 		 410 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0090  RND family efflux transporter MFP subunit  37.08 
 
 		 381 aa  191  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  36.22 
 
 		 382 aa  191  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  35.96 
 
 		 382 aa  190  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.89 
 
 		 411 aa  189  8e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.95 
 
 		 395 aa  188  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.63 
 
 		 419 aa  187  2e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  36.1 
 
 		 398 aa  188  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  34.83 
 
 		 414 aa  187  3e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000504  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  35.75 
 
 		 375 aa  187  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  36.04 
 
 		 428 aa  186  5e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  37.13 
 
 		 396 aa  186  6e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  36.34 
 
 		 427 aa  185  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  35.55 
 
 		 415 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2639  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.29 
 
 		 436 aa  185  1.0000000000000001e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  35.06 
 
 		 377 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2878  RND family efflux transporter MFP subunit  37.61 
 
 		 396 aa  184  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.247459  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  37.03 
 
 		 389 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3553  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  38.31 
 
 		 378 aa  182  6e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4509  RND family efflux transporter MFP subunit  34.29 
 
 		 381 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4972  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.29 
 
 		 381 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.956167  normal  0.110468 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  35.93 
 
 		 400 aa  181  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.73 
 
 		 381 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1362  RND family efflux transporter MFP subunit  38.95 
 
 		 418 aa  182  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168892  decreased coverage  0.00389749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  34.73 
 
 		 381 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.97 
 
 		 377 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  34.63 
 
 		 384 aa  181  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.34 
 
 		 433 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4693  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  35.51 
 
 		 382 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3422  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.98 
 
 		 469 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.9 
 
 		 379 aa  179  4.999999999999999e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  35.65 
 
 		 405 aa  179  5.999999999999999e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  34.73 
 
 		 381 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  35.87 
 
 		 423 aa  179  8e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2359  RND family efflux transporter MFP subunit  36.71 
 
 		 392 aa  179  9e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.08 
 
 		 422 aa  179  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  36.26 
 
 		 434 aa  179  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.59 
 
 		 390 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122287 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  36.02 
 
 		 408 aa  178  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3745  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.71 
 
 		 423 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  36.71 
 
 		 405 aa  178  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  33.14 
 
 		 416 aa  177  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  38.5 
 
 		 391 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  38.74 
 
 		 400 aa  177  3e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0035  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.67 
 
 		 404 aa  177  3e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3304  secretion protein HlyD  35.5 
 
 		 396 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.38 
 
 		 416 aa  177  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  34.35 
 
 		 425 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.89 
 
 		 436 aa  176  7e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  37.63 
 
 		 430 aa  176  7e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1074  RND family efflux transporter MFP subunit  35.47 
 
 		 405 aa  175  9e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.151684  normal  0.62301 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2029  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.8 
 
 		 378 aa  175  9.999999999999999e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.109803  hitchhiker  0.00040221 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3588  secretion protein HlyD  37.43 
 
 		 415 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.65 
 
 		 399 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.78 
 
 		 399 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2941  RND family efflux transporter MFP subunit  37.03 
 
 		 397 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.53 
 
 		 396 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 		 430 aa  174  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  39.09 
 
 		 391 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.23 
 
 		 396 aa  173  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.61 
 
 		 424 aa  173  5.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  34.69 
 
 		 371 aa  172  1e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  35.61 
 
 		 387 aa  172  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4358  RND family efflux transporter MFP subunit  34.78 
 
 		 421 aa  172  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3238  secretion protein HlyD  33.96 
 
 		 393 aa  172  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2314  RND family efflux transporter MFP subunit  38.66 
 
 		 391 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  37.68 
 
 		 422 aa  171  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.98 
 
 		 385 aa  171  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  31.98 
 
 		 385 aa  171  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>