More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0992 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0992  secretion protein HlyD  100 
 
 		 382 aa  759    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0099  efflux transporter, RND family, MFP subunit  61.9 
 
 		 408 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1189  secretion protein HlyD  61.52 
 
 		 381 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.563711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5678  RND multidrug efflux membrane permease  54.23 
 
 		 386 aa  414  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.116092  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  55.68 
 
 		 445 aa  392  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.819797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3560  efflux transporter, RND family, MFP subunit  58.65 
 
 		 393 aa  391  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4140  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.99 
 
 		 436 aa  387  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3091  RND family efflux transporter MFP subunit  53.48 
 
 		 426 aa  382  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0542008  normal  0.0352029 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3586  secretion protein HlyD  54.79 
 
 		 369 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.89 
 
 		 441 aa  349  4e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.982267 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4352  RND family efflux transporter MFP subunit  43.73 
 
 		 369 aa  272  9e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.285703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2450  RND family efflux transporter MFP subunit  40.69 
 
 		 373 aa  259  5.0000000000000005e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2649  RND family efflux transporter MFP subunit  45.31 
 
 		 387 aa  257  3e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.29 
 
 		 372 aa  256  5e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.460897  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  43.66 
 
 		 371 aa  246  4e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.73 
 
 		 374 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1140  RND family efflux transporter MFP subunit  43.59 
 
 		 374 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0335  HlyD family secretion protein  39.72 
 
 		 411 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3306  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.78 
 
 		 376 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0124352 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0307  HlyD family secretion protein  39.44 
 
 		 411 aa  233  5e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.556263  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2434  RND family efflux transporter MFP subunit  37.85 
 
 		 383 aa  219  7e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.671436  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4362  RND family efflux transporter MFP subunit  35.33 
 
 		 373 aa  205  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  36.67 
 
 		 368 aa  204  2e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  35.11 
 
 		 416 aa  203  5e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  36.79 
 
 		 372 aa  201  1.9999999999999998e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3421  secretion protein HlyD  38.33 
 
 		 381 aa  195  9e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.159892  normal  0.759602 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.21 
 
 		 373 aa  194  2e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000504  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  36.29 
 
 		 375 aa  188  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  36.74 
 
 		 377 aa  186  4e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1356  RND family efflux transporter MFP subunit  34.59 
 
 		 387 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018874 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  35.82 
 
 		 408 aa  184  2.0000000000000003e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  34.76 
 
 		 428 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  34.32 
 
 		 386 aa  182  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.07 
 
 		 386 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  35.69 
 
 		 400 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  34.94 
 
 		 414 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  36.59 
 
 		 434 aa  180  4e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6935  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  35.63 
 
 		 377 aa  180  4e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.08 
 
 		 377 aa  180  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.99 
 
 		 424 aa  180  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  37.5 
 
 		 381 aa  179  8e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1163  RND family efflux transporter MFP subunit  32.29 
 
 		 385 aa  179  9e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154539 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4972  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 381 aa  178  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.956167  normal  0.110468 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4509  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 381 aa  178  1e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  36.75 
 
 		 430 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0738  RND family efflux transporter MFP subunit  36.76 
 
 		 430 aa  179  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0667  RND family efflux transporter MFP subunit  36.76 
 
 		 396 aa  179  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  34.46 
 
 		 384 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  35.34 
 
 		 390 aa  177  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1255  RND family efflux transporter MFP subunit  32.56 
 
 		 391 aa  176  6e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.518513 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2479  RND family efflux transporter MFP subunit  35.61 
 
 		 384 aa  176  8e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3063  secretion protein HlyD  34.01 
 
 		 412 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000572272  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  34.89 
 
 		 389 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.23 
 
 		 410 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  36.36 
 
 		 367 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2680  secretion protein HlyD  34.27 
 
 		 393 aa  173  5e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957988  normal  0.305533 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0402  secretion protein HlyD  35.43 
 
 		 403 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.15 
 
 		 381 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.815107  normal  0.264656 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.17 
 
 		 395 aa  172  7.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.28 
 
 		 436 aa  172  7.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6004  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  33.8 
 
 		 378 aa  172  9e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00823963 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  34.06 
 
 		 433 aa  172  9e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2894  RND family efflux transporter MFP subunit  36.31 
 
 		 397 aa  172  1e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.781676  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  34.32 
 
 		 430 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  35.51 
 
 		 412 aa  172  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.51 
 
 		 411 aa  172  1e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  34.29 
 
 		 427 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  35.16 
 
 		 405 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2639  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.14 
 
 		 436 aa  171  2e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  33.15 
 
 		 394 aa  170  3e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  33.15 
 
 		 392 aa  170  4e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2029  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.24 
 
 		 378 aa  169  5e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.109803  hitchhiker  0.00040221 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  32.44 
 
 		 376 aa  169  5e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  36.87 
 
 		 391 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.15 
 
 		 399 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  36.99 
 
 		 430 aa  169  6e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.439492 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0689  secretion protein HlyD  32.54 
 
 		 411 aa  169  9e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  30.24 
 
 		 384 aa  168  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  33.7 
 
 		 371 aa  167  2e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  34.53 
 
 		 387 aa  168  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  31.94 
 
 		 405 aa  168  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3304  secretion protein HlyD  34.02 
 
 		 396 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2836  RND family efflux transporter MFP subunit  35.53 
 
 		 446 aa  166  5e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113713  normal  0.378923 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1701  secretion protein HlyD  31.84 
 
 		 412 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.17328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  35.57 
 
 		 423 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 382 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0715  RND family efflux transporter MFP subunit  32.98 
 
 		 404 aa  166  6.9999999999999995e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 382 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.24 
 
 		 416 aa  166  9e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2325  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.53 
 
 		 446 aa  166  9e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.116121  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2435  hypothetical protein  33.8 
 
 		 384 aa  165  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  36.47 
 
 		 415 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2878  RND family efflux transporter MFP subunit  33.53 
 
 		 396 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.247459  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2359  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 392 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2581  hypothetical protein  33.9 
 
 		 384 aa  164  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  33.59 
 
 		 382 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3586  RND family efflux transporter MFP subunit  33.16 
 
 		 386 aa  165  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  33.14 
 
 		 418 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4006  RND family efflux transporter MFP subunit  33.16 
 
 		 386 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  33.14 
 
 		 418 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>