More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0067 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
453 aa  892    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.6 
 
 
414 aa  358  9.999999999999999e-98  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  44.06 
 
 
429 aa  337  2.9999999999999997e-91  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.61 
 
 
478 aa  329  6e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1637  RND family efflux transporter MFP subunit  45.2 
 
 
465 aa  327  3e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.5 
 
 
453 aa  320  3e-86  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.55 
 
 
471 aa  320  3e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1334  secretion protein HlyD  42.75 
 
 
410 aa  317  3e-85  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1666  RND family efflux transporter MFP subunit  39.33 
 
 
418 aa  314  1.9999999999999998e-84  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1483  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.85 
 
 
419 aa  308  9e-83  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1532  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.06 
 
 
415 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1634  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.85 
 
 
417 aa  307  3e-82  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41 
 
 
424 aa  306  7e-82  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00336631 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0987  secretion protein HlyD  39.58 
 
 
419 aa  296  4e-79  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0963  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.39 
 
 
451 aa  288  2e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0174638  normal  0.124893 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4295  RND family efflux transporter MFP subunit  38.85 
 
 
466 aa  234  3e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.073476  normal  0.845427 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4154  secretion protein HlyD  37.99 
 
 
458 aa  223  8e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4307  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.14 
 
 
458 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4285  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.7 
 
 
458 aa  211  3e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3323  secretion protein HlyD  33.11 
 
 
459 aa  197  4.0000000000000005e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.665109  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  31.52 
 
 
405 aa  147  3e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 
432 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.2 
 
 
404 aa  138  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.29 
 
 
377 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29 
 
 
416 aa  136  9e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.78 
 
 
419 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  30.2 
 
 
471 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.7 
 
 
397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.81 
 
 
419 aa  130  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  26.7 
 
 
376 aa  130  6e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  29.22 
 
 
397 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3415  secretion protein HlyD  28.2 
 
 
397 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.89814  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5333  RND family efflux transporter MFP subunit  28.2 
 
 
397 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.037024 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4953  RND family efflux transporter MFP subunit  28.2 
 
 
397 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  normal  0.0662922 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  32.31 
 
 
444 aa  127  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  29.72 
 
 
413 aa  126  7e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.21 
 
 
428 aa  126  8.000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1440  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.42 
 
 
374 aa  125  1e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.266014  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1129  RND family efflux transporter MFP subunit  27.84 
 
 
407 aa  125  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  28.87 
 
 
403 aa  123  6e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.29 
 
 
430 aa  123  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 
416 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000642362  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  29.04 
 
 
489 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.5 
 
 
410 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000019827  hitchhiker  0.00000000236896 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  29.5 
 
 
416 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  29.5 
 
 
416 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3235  secretion protein HlyD  34.44 
 
 
391 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  30.47 
 
 
383 aa  120  7e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  28.68 
 
 
405 aa  119  9e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 
404 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  28.46 
 
 
402 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.07 
 
 
349 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1791  macrolide efflux protein MacA  27.72 
 
 
420 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4521  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.65 
 
 
379 aa  117  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1550  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.11 
 
 
413 aa  117  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0505882  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  28.9 
 
 
393 aa  117  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0906  secretion protein HlyD  28.51 
 
 
449 aa  117  5e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.101628  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  28.32 
 
 
409 aa  117  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  29.02 
 
 
390 aa  117  6e-25  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.3 
 
 
409 aa  117  6e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.82 
 
 
435 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  28.68 
 
 
385 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  27.47 
 
 
371 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  27.47 
 
 
371 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  27.47 
 
 
371 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  27.47 
 
 
371 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  27.47 
 
 
371 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3408  RND family efflux transporter MFP subunit  29.16 
 
 
389 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0128497  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 
389 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.14 
 
 
448 aa  114  3e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  27.47 
 
 
371 aa  114  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  27.46 
 
 
429 aa  114  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0927  macrolide efflux protein MacA  25.89 
 
 
399 aa  114  5e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  27.2 
 
 
371 aa  113  6e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.2 
 
 
371 aa  113  6e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0836  macrolide efflux protein MacA  26.4 
 
 
435 aa  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  27.2 
 
 
371 aa  113  6e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2186  macrolide efflux protein MacA  26.4 
 
 
428 aa  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  24.58 
 
 
377 aa  112  1.0000000000000001e-23  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  27.76 
 
 
370 aa  112  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  27.76 
 
 
370 aa  112  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2355  secretion protein HlyD  27.01 
 
 
509 aa  112  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0694634 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  28.74 
 
 
390 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2408  secretion protein HlyD  28.49 
 
 
404 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000198894  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1726  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.08 
 
 
395 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000359698  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  28.75 
 
 
416 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3781  RND family efflux transporter MFP subunit  27.89 
 
 
407 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1965  secretion protein HlyD  30 
 
 
388 aa  111  3e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.455875 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  27.53 
 
 
370 aa  111  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  30.28 
 
 
400 aa  110  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  29.27 
 
 
390 aa  110  6e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2972  secretion protein HlyD  28.36 
 
 
429 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3533  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 
409 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.722317 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28 
 
 
410 aa  110  7.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.61066  normal  0.83964 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3168  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.3 
 
 
430 aa  110  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.479459  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  25.24 
 
 
390 aa  110  7.000000000000001e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  28.04 
 
 
372 aa  110  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  27.78 
 
 
372 aa  109  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  27.78 
 
 
372 aa  109  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2858  secretion protein HlyD  24.71 
 
 
517 aa  109  9.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>