More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0537 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_0537  HlyD family multidrug resistance protein  100 
 
 
381 aa  776    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.996753  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.27 
 
 
360 aa  374  1e-102  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4642  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.48 
 
 
383 aa  365  1e-100  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.195012  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.73 
 
 
371 aa  346  3e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5359  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.59 
 
 
360 aa  343  2e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.954819  normal  0.588118 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.87 
 
 
361 aa  342  5e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472624 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4863  RND family efflux transporter MFP subunit  49.45 
 
 
360 aa  342  9e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176323  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6592  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.82 
 
 
378 aa  328  1.0000000000000001e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4407  RND family efflux transporter MFP subunit  44.28 
 
 
360 aa  301  1e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2947  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.66 
 
 
363 aa  298  9e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0374  secretion protein HlyD  42.7 
 
 
368 aa  294  2e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0795061 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1728  secretion protein HlyD  42.09 
 
 
363 aa  289  6e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0143164  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2230  RND family efflux transporter MFP subunit  40.98 
 
 
362 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.82 
 
 
363 aa  282  6.000000000000001e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.407835  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2859  acridine efflux pump  40.33 
 
 
373 aa  268  1e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.768203  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  39.24 
 
 
368 aa  264  2e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.92 
 
 
389 aa  246  4e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.374762  normal  0.534332 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.27 
 
 
520 aa  234  2.0000000000000002e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2173  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.3 
 
 
393 aa  231  1e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4132  RND family efflux transporter MFP subunit  36.89 
 
 
384 aa  231  2e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.86 
 
 
393 aa  230  4e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00987855 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4802  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.2 
 
 
398 aa  229  5e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000012488 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3575  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.82 
 
 
379 aa  224  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0183852  normal  0.158176 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.6 
 
 
366 aa  224  2e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.390239  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4299  RND family efflux transporter MFP subunit  35.97 
 
 
405 aa  224  2e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2259  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.67 
 
 
397 aa  222  7e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.141283  normal  0.411522 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1188  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.77 
 
 
389 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.856123  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0822  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.68 
 
 
390 aa  221  1.9999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.191782  normal  0.633382 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.69 
 
 
375 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  0.481729 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1564  RND family efflux transporter MFP subunit  37.04 
 
 
369 aa  208  2e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000112948  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6106  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.38 
 
 
378 aa  204  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10068  Secretion protein HlyD  32.78 
 
 
367 aa  201  1.9999999999999998e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.305445  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.02 
 
 
373 aa  193  4e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.195416  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1204  secretion protein HlyD  34.35 
 
 
395 aa  193  5e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.377097  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.97 
 
 
391 aa  192  1e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000252486  hitchhiker  0.000793327 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1117  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.94 
 
 
376 aa  191  2e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0140148  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3228  RND family efflux transporter MFP subunit  36.42 
 
 
378 aa  191  2e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  32.26 
 
 
422 aa  179  9e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0806  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.51 
 
 
380 aa  178  1e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3019  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.19 
 
 
378 aa  175  9e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.809394  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1400  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.94 
 
 
399 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000127527  normal  0.840586 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1828  secretion protein HlyD  30.45 
 
 
406 aa  169  9e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  29.6 
 
 
385 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.37 
 
 
392 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  28.91 
 
 
391 aa  162  7e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2639  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.82 
 
 
436 aa  162  7e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.12 
 
 
391 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.496799  normal  0.0176512 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  30.09 
 
 
414 aa  159  6e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4070  secretion protein HlyD  28.72 
 
 
405 aa  157  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.409958  normal  0.154431 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4669  RND family efflux transporter MFP subunit  27.75 
 
 
399 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.287204  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  32.01 
 
 
391 aa  156  5.0000000000000005e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0906  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 
391 aa  155  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2285  RND family efflux transporter MFP subunit  31.61 
 
 
428 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00134622 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  30.45 
 
 
376 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.22 
 
 
378 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89791  normal  0.261432 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2192  RND family efflux transporter MFP subunit  30.4 
 
 
408 aa  153  4e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  29.25 
 
 
389 aa  153  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.15 
 
 
405 aa  152  8.999999999999999e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 
392 aa  151  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  28.42 
 
 
416 aa  150  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3094  putative efflux transporter  31.34 
 
 
393 aa  151  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000031387  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0806  secretion protein HlyD  32.79 
 
 
371 aa  151  2e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.06 
 
 
396 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  30.06 
 
 
388 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  29.59 
 
 
372 aa  150  3e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  31.78 
 
 
400 aa  149  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1361  HlyD family secretion protein  28.23 
 
 
387 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.70378  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  28.45 
 
 
368 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.06 
 
 
396 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  30.09 
 
 
476 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0629  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.48 
 
 
414 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00302597 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6072  RND family efflux transporter MFP subunit  27.09 
 
 
399 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5708  secretion protein HlyD  27.09 
 
 
429 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1004  HlyD family secretion protein  31.87 
 
 
414 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  30.25 
 
 
374 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  28.26 
 
 
405 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  28.26 
 
 
405 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  28.26 
 
 
405 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4053  RND family efflux transporter MFP subunit  29.7 
 
 
414 aa  145  8.000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  27.7 
 
 
428 aa  145  9e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4362  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 
373 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0405  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  29.57 
 
 
408 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.738714  hitchhiker  0.0000278759 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.06 
 
 
398 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0283024  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  29.48 
 
 
412 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.41 
 
 
416 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6556  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 
399 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.254371  normal  0.769115 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  28.61 
 
 
371 aa  145  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  29.88 
 
 
430 aa  144  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.439492 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  29.48 
 
 
412 aa  145  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1939  RND family efflux transporter MFP subunit  29.89 
 
 
418 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0238209  hitchhiker  0.000755342 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1992  secretion protein HlyD family protein  29.68 
 
 
418 aa  144  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.125579  normal  0.0134883 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  29.18 
 
 
412 aa  144  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0445  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  29.63 
 
 
408 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000283487 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2037  RND family efflux transporter MFP subunit  29.18 
 
 
418 aa  144  3e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.421969  normal  0.135437 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0385  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  29.63 
 
 
408 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0383  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.09 
 
 
408 aa  144  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000626257 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  28.26 
 
 
405 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3513  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.36 
 
 
398 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  28.26 
 
 
405 aa  143  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5537  RND family efflux transporter MFP subunit  31.15 
 
 
400 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168619  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>