More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5359 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_5359  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
360 aa  738    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.954819  normal  0.588118 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  77.78 
 
 
360 aa  590  1e-167  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4863  RND family efflux transporter MFP subunit  73.33 
 
 
360 aa  538  9.999999999999999e-153  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176323  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  73.41 
 
 
361 aa  529  1e-149  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472624 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4407  RND family efflux transporter MFP subunit  58.89 
 
 
360 aa  430  1e-119  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  58.45 
 
 
363 aa  421  1e-117  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.407835  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2947  efflux transporter, RND family, MFP subunit  58.31 
 
 
363 aa  413  1e-114  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2859  acridine efflux pump  54.34 
 
 
373 aa  381  1e-105  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.768203  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0374  secretion protein HlyD  49.45 
 
 
368 aa  372  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0795061 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0537  HlyD family multidrug resistance protein  49.86 
 
 
381 aa  371  1e-101  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.996753  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2230  RND family efflux transporter MFP subunit  48.88 
 
 
362 aa  355  5e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1728  secretion protein HlyD  48.16 
 
 
363 aa  351  1e-95  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0143164  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6592  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.25 
 
 
378 aa  298  1e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4642  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.81 
 
 
383 aa  296  4e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.195012  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.04 
 
 
371 aa  290  2e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.23 
 
 
520 aa  270  2.9999999999999997e-71  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  37.22 
 
 
368 aa  247  2e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4299  RND family efflux transporter MFP subunit  35.23 
 
 
405 aa  221  1.9999999999999999e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3575  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.45 
 
 
379 aa  210  3e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0183852  normal  0.158176 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2259  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.84 
 
 
397 aa  209  5e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.141283  normal  0.411522 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.62 
 
 
393 aa  204  3e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00987855 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4132  RND family efflux transporter MFP subunit  31.77 
 
 
384 aa  199  7.999999999999999e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.25 
 
 
389 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.374762  normal  0.534332 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0822  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.47 
 
 
390 aa  191  1e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.191782  normal  0.633382 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.42 
 
 
375 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  0.481729 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1564  RND family efflux transporter MFP subunit  37.12 
 
 
369 aa  189  5e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000112948  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1117  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.87 
 
 
376 aa  189  8e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0140148  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6106  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.18 
 
 
378 aa  189  9e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2173  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.24 
 
 
393 aa  187  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1188  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 
389 aa  186  4e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.856123  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3019  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.49 
 
 
378 aa  186  8e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.809394  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4802  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.37 
 
 
398 aa  184  3e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000012488 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.84 
 
 
391 aa  183  5.0000000000000004e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000252486  hitchhiker  0.000793327 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.73 
 
 
366 aa  181  2e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.390239  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.19 
 
 
373 aa  181  2e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.195416  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1204  secretion protein HlyD  32.26 
 
 
395 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.377097  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3228  RND family efflux transporter MFP subunit  31.91 
 
 
378 aa  178  1e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0806  secretion protein HlyD  36.77 
 
 
371 aa  171  1e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1400  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.35 
 
 
399 aa  169  1e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000127527  normal  0.840586 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10068  Secretion protein HlyD  30.33 
 
 
367 aa  164  3e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.305445  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  34.06 
 
 
422 aa  161  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  29.02 
 
 
414 aa  154  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0806  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.24 
 
 
380 aa  153  4e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4335  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.17 
 
 
436 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  0.256174 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.17 
 
 
436 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  30.19 
 
 
400 aa  150  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3238  secretion protein HlyD  27.38 
 
 
393 aa  150  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  28.69 
 
 
416 aa  149  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4335  secretion protein HlyD  33.54 
 
 
410 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2639  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.32 
 
 
436 aa  148  2.0000000000000003e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5537  RND family efflux transporter MFP subunit  30.99 
 
 
400 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168619  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1622  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.91 
 
 
415 aa  147  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.1162  normal  0.0945961 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3621  secretion protein HlyD  30.99 
 
 
400 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4746  RND family efflux transporter MFP subunit  30.99 
 
 
400 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1004  HlyD family secretion protein  30.67 
 
 
414 aa  146  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4669  RND family efflux transporter MFP subunit  27.22 
 
 
399 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.287204  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  29.74 
 
 
388 aa  145  8.000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  30.57 
 
 
396 aa  145  9e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.72 
 
 
405 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.85 
 
 
424 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 
391 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1112  transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  31.21 
 
 
438 aa  144  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.680549 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0042  secretion protein HlyD  33.33 
 
 
391 aa  144  3e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  29.22 
 
 
387 aa  143  4e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 
416 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1968  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.11 
 
 
379 aa  142  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000223491  normal  0.235934 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1361  HlyD family secretion protein  29.09 
 
 
387 aa  142  7e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.70378  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6556  RND family efflux transporter MFP subunit  26.57 
 
 
399 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.254371  normal  0.769115 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  26.86 
 
 
385 aa  142  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0849  RND efflux system membrane fusion protein  31.21 
 
 
418 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4124  RND family efflux transporter MFP subunit  30.73 
 
 
415 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.626146  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  29.25 
 
 
412 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  29.25 
 
 
412 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.33 
 
 
399 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0849  secretion protein HlyD  28.53 
 
 
441 aa  140  3e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3094  putative efflux transporter  30.58 
 
 
393 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000031387  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0906  RND family efflux transporter MFP subunit  29.71 
 
 
391 aa  140  3.9999999999999997e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  28.97 
 
 
412 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6072  RND family efflux transporter MFP subunit  25.79 
 
 
399 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0828  RND family efflux transporter MFP subunit  26.26 
 
 
396 aa  139  6e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5708  secretion protein HlyD  25.79 
 
 
429 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  29.89 
 
 
371 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3304  secretion protein HlyD  30.18 
 
 
396 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  29.35 
 
 
371 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4867  cation/multidrug efflux system membrane protein  31.65 
 
 
411 aa  139  8.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00045993  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  27.3 
 
 
476 aa  138  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000504  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  29.97 
 
 
375 aa  138  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29 
 
 
373 aa  139  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0307  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.87 
 
 
371 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0405  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  30.03 
 
 
408 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.738714  hitchhiker  0.0000278759 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2792  RND family efflux transporter MFP subunit  28.97 
 
 
412 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  30.65 
 
 
405 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1619  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  29.47 
 
 
386 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 
391 aa  138  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.97 
 
 
408 aa  137  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  30.65 
 
 
405 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0445  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  30.03 
 
 
408 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000283487 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  30.65 
 
 
405 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  28.07 
 
 
394 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0932  precursor of drug resistance protein  25.79 
 
 
396 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>