More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6106 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6106  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 378 aa  771    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.45 
 
 		 393 aa  367  1e-100  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00987855 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3575  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.17 
 
 		 379 aa  363  3e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0183852  normal  0.158176 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4299  RND family efflux transporter MFP subunit  46.45 
 
 		 405 aa  353  2e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1117  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.18 
 
 		 376 aa  350  3e-95  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0140148  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1564  RND family efflux transporter MFP subunit  48.18 
 
 		 369 aa  347  1e-94  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000112948  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2259  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.83 
 
 		 397 aa  342  5.999999999999999e-93  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.141283  normal  0.411522 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.18 
 
 		 373 aa  340  2e-92  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.195416  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0822  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.99 
 
 		 390 aa  336  3.9999999999999995e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.191782  normal  0.633382 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.4 
 
 		 391 aa  309  5e-83  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000252486  hitchhiker  0.000793327 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3019  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.33 
 
 		 378 aa  300  3e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.809394  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2173  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.54 
 
 		 393 aa  299  6e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1400  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.66 
 
 		 399 aa  295  8e-79  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000127527  normal  0.840586 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1204  secretion protein HlyD  40.16 
 
 		 395 aa  282  6.000000000000001e-75  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.377097  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4132  RND family efflux transporter MFP subunit  39.47 
 
 		 384 aa  281  1e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0806  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.7 
 
 		 380 aa  280  2e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3228  RND family efflux transporter MFP subunit  40.22 
 
 		 378 aa  277  2e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1188  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.79 
 
 		 389 aa  275  6e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.856123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0806  secretion protein HlyD  44.14 
 
 		 371 aa  273  4.0000000000000004e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.19 
 
 		 375 aa  262  6e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  0.481729 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4802  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.41 
 
 		 398 aa  260  2e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012488 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.07 
 
 		 389 aa  257  2e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.374762  normal  0.534332 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.5 
 
 		 366 aa  246  6e-64  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.390239  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6592  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.58 
 
 		 378 aa  234  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.31 
 
 		 371 aa  231  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4642  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.49 
 
 		 383 aa  230  3e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.195012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0537  HlyD family multidrug resistance protein  33.73 
 
 		 381 aa  223  3e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.996753  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10068  Secretion protein HlyD  35.36 
 
 		 367 aa  221  9.999999999999999e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.305445  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4863  RND family efflux transporter MFP subunit  33.42 
 
 		 360 aa  208  1e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176323  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.58 
 
 		 360 aa  205  1e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  30.11 
 
 		 368 aa  191  2e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5359  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.05 
 
 		 360 aa  191  2e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.954819  normal  0.588118 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0374  secretion protein HlyD  32.44 
 
 		 368 aa  190  4e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0795061 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2230  RND family efflux transporter MFP subunit  33.54 
 
 		 362 aa  189  5e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2947  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.02 
 
 		 363 aa  187  3e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.49 
 
 		 361 aa  186  5e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00472624 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1728  secretion protein HlyD  31.78 
 
 		 363 aa  181  2.9999999999999997e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0143164  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4407  RND family efflux transporter MFP subunit  32.33 
 
 		 360 aa  179  4.999999999999999e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2859  acridine efflux pump  33.94 
 
 		 373 aa  177  3e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.768203  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.6 
 
 		 395 aa  176  5e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  30.84 
 
 		 422 aa  173  5e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  30.47 
 
 		 428 aa  169  6e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.78 
 
 		 419 aa  166  5.9999999999999996e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0718692  normal  0.0182823 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.23 
 
 		 363 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.407835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  32 
 
 		 405 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  32 
 
 		 405 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  32 
 
 		 405 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  32 
 
 		 405 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  32 
 
 		 405 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1701  secretion protein HlyD  29.97 
 
 		 412 aa  162  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.17328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  31.44 
 
 		 415 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  31.35 
 
 		 405 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1593  secretion protein HlyD  31.44 
 
 		 400 aa  161  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000034507  unclonable  0.000000261884 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4070  secretion protein HlyD  32.3 
 
 		 405 aa  161  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.409958  normal  0.154431 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  31.03 
 
 		 408 aa  160  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.01 
 
 		 396 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  30.55 
 
 		 395 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  30.55 
 
 		 395 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1619  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  34.16 
 
 		 386 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  31.33 
 
 		 395 aa  157  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  31.75 
 
 		 409 aa  157  4e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  30.88 
 
 		 409 aa  156  6e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  30.88 
 
 		 406 aa  156  6e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  30.88 
 
 		 409 aa  156  6e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6463  RND family efflux transporter MFP subunit  31.67 
 
 		 418 aa  156  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984064  normal  0.35165 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  30.88 
 
 		 406 aa  156  6e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  30.88 
 
 		 406 aa  156  6e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4873  multidrug efflux system protein MdtE  31.44 
 
 		 385 aa  156  6e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.75 
 
 		 398 aa  156  6e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0828  RND family efflux transporter MFP subunit  27.82 
 
 		 396 aa  156  6e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  31.48 
 
 		 397 aa  155  7e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.48 
 
 		 397 aa  155  7e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  31.48 
 
 		 397 aa  155  7e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  31.48 
 
 		 397 aa  155  7e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  31.48 
 
 		 397 aa  155  7e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  31.48 
 
 		 397 aa  155  7e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  31.48 
 
 		 409 aa  155  8e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  31.48 
 
 		 409 aa  155  8e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  31.2 
 
 		 388 aa  155  9e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  31.17 
 
 		 385 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.17 
 
 		 385 aa  155  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0932  precursor of drug resistance protein  27.82 
 
 		 396 aa  155  1e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  31.17 
 
 		 385 aa  155  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  31.17 
 
 		 385 aa  155  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  31.17 
 
 		 385 aa  155  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  31.17 
 
 		 385 aa  155  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  31.17 
 
 		 385 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  30.77 
 
 		 398 aa  154  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00481  multidrug resistance protein  29.73 
 
 		 434 aa  154  2e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44050  multidrug efflux pump membrane fusion protein  28.41 
 
 		 427 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  30.59 
 
 		 409 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.83 
 
 		 415 aa  153  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  29.26 
 
 		 427 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  27.45 
 
 		 418 aa  153  4e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  32.3 
 
 		 379 aa  153  4e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  31.59 
 
 		 430 aa  153  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  31.04 
 
 		 408 aa  152  8e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  29.82 
 
 		 400 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2607  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.73 
 
 		 422 aa  152  8.999999999999999e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113369  normal  0.140751 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  31.29 
 
 		 387 aa  152  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>