More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5179 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 361 aa  737    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00472624 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  72.85 
 
 		 360 aa  546  1e-154  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5359  efflux transporter, RND family, MFP subunit  73.41 
 
 		 360 aa  515  1.0000000000000001e-145  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.954819  normal  0.588118 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4863  RND family efflux transporter MFP subunit  69.25 
 
 		 360 aa  509  1e-143  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176323  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4407  RND family efflux transporter MFP subunit  62.33 
 
 		 360 aa  459  9.999999999999999e-129  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  60.39 
 
 		 363 aa  445  1.0000000000000001e-124  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.407835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2947  efflux transporter, RND family, MFP subunit  59.22 
 
 		 363 aa  439  9.999999999999999e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2859  acridine efflux pump  58.38 
 
 		 373 aa  412  1e-114  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.768203  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0374  secretion protein HlyD  51.65 
 
 		 368 aa  393  1e-108  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0795061 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1728  secretion protein HlyD  50.85 
 
 		 363 aa  376  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0143164  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2230  RND family efflux transporter MFP subunit  51.3 
 
 		 362 aa  364  1e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0537  HlyD family multidrug resistance protein  50.4 
 
 		 381 aa  360  2e-98  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.996753  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4642  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.92 
 
 		 383 aa  292  8e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.195012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6592  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.67 
 
 		 378 aa  286  5e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.54 
 
 		 371 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.47 
 
 		 520 aa  269  7e-71  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  35.87 
 
 		 368 aa  217  2e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.8 
 
 		 389 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.374762  normal  0.534332 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4299  RND family efflux transporter MFP subunit  35.49 
 
 		 405 aa  196  5.000000000000001e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2259  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.71 
 
 		 397 aa  195  1e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.141283  normal  0.411522 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.89 
 
 		 375 aa  192  7e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  0.481729 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.96 
 
 		 393 aa  188  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00987855 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.44 
 
 		 391 aa  187  2e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000252486  hitchhiker  0.000793327 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3575  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.95 
 
 		 379 aa  187  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0183852  normal  0.158176 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4132  RND family efflux transporter MFP subunit  30.83 
 
 		 384 aa  186  8e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6106  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.49 
 
 		 378 aa  182  7e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1564  RND family efflux transporter MFP subunit  32.96 
 
 		 369 aa  182  8.000000000000001e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000112948  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1117  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.74 
 
 		 376 aa  182  9.000000000000001e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0140148  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.99 
 
 		 366 aa  181  2e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.390239  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2173  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.47 
 
 		 393 aa  179  7e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0806  secretion protein HlyD  36.16 
 
 		 371 aa  179  9e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1188  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.5 
 
 		 389 aa  179  9e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.856123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4802  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.84 
 
 		 398 aa  176  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012488 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1400  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.81 
 
 		 399 aa  176  7e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000127527  normal  0.840586 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0822  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.67 
 
 		 390 aa  174  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.191782  normal  0.633382 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3019  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.99 
 
 		 378 aa  172  5.999999999999999e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.809394  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10068  Secretion protein HlyD  29.74 
 
 		 367 aa  168  1e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.305445  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1204  secretion protein HlyD  31.66 
 
 		 395 aa  168  2e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.377097  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3228  RND family efflux transporter MFP subunit  30.42 
 
 		 378 aa  162  7e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  32.05 
 
 		 422 aa  158  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.66 
 
 		 373 aa  157  3e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.195416  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  31.38 
 
 		 371 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  30.29 
 
 		 414 aa  152  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.11 
 
 		 405 aa  151  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.31 
 
 		 436 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4335  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.31 
 
 		 436 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  0.256174 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0806  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.41 
 
 		 380 aa  150  4e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  29.41 
 
 		 388 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000504  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  30.11 
 
 		 375 aa  145  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.62 
 
 		 424 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  28.89 
 
 		 405 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  28.89 
 
 		 405 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  27.7 
 
 		 408 aa  143  6e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  29.15 
 
 		 387 aa  142  7e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  29.21 
 
 		 405 aa  142  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0849  RND efflux system membrane fusion protein  29.05 
 
 		 418 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  29.91 
 
 		 376 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1112  transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  30.03 
 
 		 438 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.680549 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0307  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.35 
 
 		 371 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  28.03 
 
 		 409 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  28.03 
 
 		 406 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  28.03 
 
 		 409 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  28.03 
 
 		 409 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  28.03 
 
 		 406 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  28.03 
 
 		 406 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  28.89 
 
 		 405 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  28.89 
 
 		 405 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  28.89 
 
 		 405 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4669  RND family efflux transporter MFP subunit  25.54 
 
 		 399 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.287204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  26.68 
 
 		 391 aa  138  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0042  secretion protein HlyD  31.51 
 
 		 391 aa  138  2e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  29.6 
 
 		 372 aa  137  3.0000000000000003e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3238  secretion protein HlyD  24.86 
 
 		 393 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0906  RND family efflux transporter MFP subunit  29.81 
 
 		 391 aa  136  5e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 		 400 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1828  secretion protein HlyD  27.73 
 
 		 406 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.48 
 
 		 373 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0849  secretion protein HlyD  26.77 
 
 		 441 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1004  HlyD family secretion protein  27.83 
 
 		 414 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2639  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.13 
 
 		 436 aa  133  3.9999999999999996e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  27.86 
 
 		 367 aa  133  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  26.95 
 
 		 385 aa  132  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  26.58 
 
 		 416 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3094  putative efflux transporter  29.15 
 
 		 393 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000031387  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  28.79 
 
 		 396 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3373  RND family efflux transporter MFP subunit  29.21 
 
 		 405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3621  secretion protein HlyD  29.81 
 
 		 400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4746  RND family efflux transporter MFP subunit  29.81 
 
 		 400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00481  multidrug resistance protein  25.99 
 
 		 434 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5537  RND family efflux transporter MFP subunit  29.81 
 
 		 400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4335  secretion protein HlyD  29.12 
 
 		 410 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.11 
 
 		 408 aa  130  4.0000000000000003e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2285  RND family efflux transporter MFP subunit  27.71 
 
 		 428 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134622 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  27.65 
 
 		 391 aa  129  6e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2192  RND family efflux transporter MFP subunit  28.31 
 
 		 408 aa  129  6e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  24.66 
 
 		 384 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.14 
 
 		 392 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 394 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  28.23 
 
 		 352 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1792  secretion protein HlyD  30.45 
 
 		 412 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.567297  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>