More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2852 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 520 aa  1077    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4407  RND family efflux transporter MFP subunit  52.03 
 
 		 360 aa  312  1e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2947  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.38 
 
 		 363 aa  301  2e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2230  RND family efflux transporter MFP subunit  50.87 
 
 		 362 aa  300  3e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0374  secretion protein HlyD  52.04 
 
 		 368 aa  295  1e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0795061 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.02 
 
 		 363 aa  283  6.000000000000001e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.407835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.47 
 
 		 361 aa  276  5e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00472624 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4863  RND family efflux transporter MFP subunit  51.91 
 
 		 360 aa  276  8e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176323  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2859  acridine efflux pump  50 
 
 		 373 aa  275  2.0000000000000002e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.768203  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.95 
 
 		 360 aa  271  2e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1728  secretion protein HlyD  49.83 
 
 		 363 aa  269  8e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0143164  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5359  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.23 
 
 		 360 aa  268  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.954819  normal  0.588118 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0537  HlyD family multidrug resistance protein  41.27 
 
 		 381 aa  243  7.999999999999999e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.996753  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6592  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.53 
 
 		 378 aa  222  9.999999999999999e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4642  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.43 
 
 		 383 aa  215  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.195012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.34 
 
 		 371 aa  209  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  29.87 
 
 		 368 aa  171  3e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4299  RND family efflux transporter MFP subunit  36.16 
 
 		 405 aa  152  1e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2259  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.53 
 
 		 397 aa  151  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.141283  normal  0.411522 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2173  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.16 
 
 		 393 aa  149  9e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.32 
 
 		 375 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  0.481729 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3228  RND family efflux transporter MFP subunit  31.25 
 
 		 378 aa  148  3e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  30.82 
 
 		 394 aa  148  3e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.02 
 
 		 393 aa  147  6e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00987855 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1400  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.97 
 
 		 399 aa  145  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000127527  normal  0.840586 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0806  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.75 
 
 		 380 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.59 
 
 		 366 aa  140  4.999999999999999e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.390239  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6106  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.95 
 
 		 378 aa  139  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4802  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.88 
 
 		 398 aa  138  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012488 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3019  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.36 
 
 		 378 aa  136  7.000000000000001e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.809394  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0822  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.6 
 
 		 390 aa  136  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.191782  normal  0.633382 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.82 
 
 		 391 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000252486  hitchhiker  0.000793327 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.53 
 
 		 389 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.374762  normal  0.534332 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1204  secretion protein HlyD  29.55 
 
 		 395 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.377097  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  33.45 
 
 		 422 aa  134  6e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  32.63 
 
 		 391 aa  133  9e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4132  RND family efflux transporter MFP subunit  28.84 
 
 		 384 aa  130  7.000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3575  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.76 
 
 		 379 aa  130  7.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0183852  normal  0.158176 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1188  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.02 
 
 		 389 aa  130  8.000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.856123  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10068  Secretion protein HlyD  32.42 
 
 		 367 aa  130  8.000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.305445  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44050  multidrug efflux pump membrane fusion protein  29.89 
 
 		 427 aa  126  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.53 
 
 		 373 aa  126  1e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.195416  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4070  secretion protein HlyD  29.87 
 
 		 405 aa  123  8e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.409958  normal  0.154431 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1229  RND efflux system membrane fusion protein  30 
 
 		 428 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0847833 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0849  secretion protein HlyD  28.15 
 
 		 441 aa  121  3.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000504  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  32.48 
 
 		 375 aa  121  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 385 aa  120  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  30.09 
 
 		 414 aa  120  7e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.17 
 
 		 405 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3238  secretion protein HlyD  27.9 
 
 		 393 aa  119  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5708  secretion protein HlyD  26.71 
 
 		 429 aa  118  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1117  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.09 
 
 		 376 aa  117  6e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0140148  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  31.61 
 
 		 376 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0906  RND family efflux transporter MFP subunit  31.58 
 
 		 391 aa  116  8.999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6072  RND family efflux transporter MFP subunit  26.38 
 
 		 399 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0410  RND family efflux transporter MFP subunit  27.24 
 
 		 407 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1701  secretion protein HlyD  29.65 
 
 		 412 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.17328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1564  RND family efflux transporter MFP subunit  30.04 
 
 		 369 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000112948  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4669  RND family efflux transporter MFP subunit  27.06 
 
 		 399 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.287204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1622  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.04 
 
 		 415 aa  114  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.1162  normal  0.0945961 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6556  RND family efflux transporter MFP subunit  26.38 
 
 		 399 aa  114  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.254371  normal  0.769115 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.67 
 
 		 391 aa  114  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.496799  normal  0.0176512 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  29.41 
 
 		 410 aa  114  6e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  27.02 
 
 		 416 aa  113  7.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  27.38 
 
 		 400 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  27.65 
 
 		 391 aa  113  7.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0739  RND family efflux transporter MFP subunit  27.24 
 
 		 371 aa  113  8.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.580961  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  28.85 
 
 		 371 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.43 
 
 		 392 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  29.36 
 
 		 476 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  29.82 
 
 		 388 aa  111  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0806  secretion protein HlyD  29.2 
 
 		 371 aa  111  3e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3063  secretion protein HlyD  29.14 
 
 		 412 aa  111  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000572272  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  31.62 
 
 		 412 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  31.62 
 
 		 412 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3985  RND family efflux transporter MFP subunit  32.26 
 
 		 410 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  31.62 
 
 		 412 aa  110  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0825  RND family efflux transporter MFP subunit  26.96 
 
 		 383 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  26.36 
 
 		 384 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4362  RND family efflux transporter MFP subunit  28.27 
 
 		 373 aa  109  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.25 
 
 		 419 aa  108  2e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0718692  normal  0.0182823 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.76 
 
 		 408 aa  108  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  29.59 
 
 		 367 aa  108  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1828  secretion protein HlyD  28 
 
 		 406 aa  107  6e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  28.66 
 
 		 389 aa  107  7e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  29.51 
 
 		 406 aa  107  7e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  26.3 
 
 		 374 aa  106  8e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.76 
 
 		 378 aa  107  8e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89791  normal  0.261432 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5503  RND family efflux transporter MFP subunit  27.21 
 
 		 445 aa  106  9e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00522591  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1361  HlyD family secretion protein  28.36 
 
 		 387 aa  105  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.70378  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1990  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.21 
 
 		 392 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.759025  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2659  secretion protein HlyD  28.48 
 
 		 417 aa  106  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0402  secretion protein HlyD  27.41 
 
 		 403 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2238  secretion protein HlyD  29.47 
 
 		 431 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0647  RND family efflux transporter MFP subunit  27.21 
 
 		 425 aa  106  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2792  RND family efflux transporter MFP subunit  29.21 
 
 		 412 aa  105  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1074  RND family efflux transporter MFP subunit  28.78 
 
 		 405 aa  105  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.151684  normal  0.62301 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1187  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.88 
 
 		 412 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.917574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  25.86 
 
 		 377 aa  104  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.86 
 
 		 377 aa  105  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>