More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1117 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1117  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 376 aa  759    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0140148  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1564  RND family efflux transporter MFP subunit  60.16 
 
 		 369 aa  448  1e-125  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000112948  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1204  secretion protein HlyD  56.42 
 
 		 395 aa  409  1e-113  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.377097  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  57.45 
 
 		 373 aa  390  1e-107  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.195416  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  56.08 
 
 		 391 aa  377  1e-103  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000252486  hitchhiker  0.000793327 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2259  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.65 
 
 		 397 aa  364  1e-99  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.141283  normal  0.411522 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3575  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.13 
 
 		 379 aa  361  9e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0183852  normal  0.158176 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4299  RND family efflux transporter MFP subunit  52.41 
 
 		 405 aa  360  2e-98  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0806  secretion protein HlyD  56.36 
 
 		 371 aa  350  2e-95  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1400  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.83 
 
 		 399 aa  347  2e-94  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000127527  normal  0.840586 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.11 
 
 		 393 aa  341  1e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00987855 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6106  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.53 
 
 		 378 aa  331  1e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0822  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.03 
 
 		 390 aa  325  6e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.191782  normal  0.633382 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2173  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.05 
 
 		 393 aa  306  3e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3019  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.8 
 
 		 378 aa  288  1e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.809394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4132  RND family efflux transporter MFP subunit  40.22 
 
 		 384 aa  280  2e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1188  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.95 
 
 		 389 aa  273  3e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.856123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4802  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.83 
 
 		 398 aa  267  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012488 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.53 
 
 		 389 aa  258  1e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.374762  normal  0.534332 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3228  RND family efflux transporter MFP subunit  41 
 
 		 378 aa  256  4e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.58 
 
 		 375 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  0.481729 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0806  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.08 
 
 		 380 aa  248  1e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.73 
 
 		 366 aa  242  6e-63  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.390239  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4642  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.4 
 
 		 383 aa  242  7e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.195012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.12 
 
 		 371 aa  236  6e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10068  Secretion protein HlyD  35.25 
 
 		 367 aa  231  2e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.305445  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6592  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.42 
 
 		 378 aa  216  4e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.46 
 
 		 360 aa  210  3e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4863  RND family efflux transporter MFP subunit  34.06 
 
 		 360 aa  199  6e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176323  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  33.99 
 
 		 368 aa  197  3e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0537  HlyD family multidrug resistance protein  33.7 
 
 		 381 aa  196  6e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.996753  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5359  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.06 
 
 		 360 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.954819  normal  0.588118 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1728  secretion protein HlyD  31.25 
 
 		 363 aa  188  1e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0143164  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2230  RND family efflux transporter MFP subunit  32.74 
 
 		 362 aa  187  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0374  secretion protein HlyD  30.98 
 
 		 368 aa  187  3e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0795061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.97 
 
 		 361 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00472624 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  31.12 
 
 		 392 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.83 
 
 		 395 aa  177  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  33.43 
 
 		 422 aa  170  3e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.16 
 
 		 363 aa  169  6e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.407835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1701  secretion protein HlyD  32.33 
 
 		 412 aa  169  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.17328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4407  RND family efflux transporter MFP subunit  30.95 
 
 		 360 aa  167  2e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  34.73 
 
 		 396 aa  167  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.02 
 
 		 415 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  31.45 
 
 		 400 aa  166  5e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  30.46 
 
 		 394 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3063  secretion protein HlyD  31.88 
 
 		 412 aa  166  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000572272  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  30.16 
 
 		 386 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.23 
 
 		 393 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  30.52 
 
 		 405 aa  163  4.0000000000000004e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  32.45 
 
 		 385 aa  163  6e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.45 
 
 		 385 aa  162  7e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0647  RND family efflux transporter MFP subunit  31.9 
 
 		 425 aa  162  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  32.45 
 
 		 385 aa  162  7e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  32.45 
 
 		 385 aa  162  7e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  32.45 
 
 		 385 aa  162  7e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  32.45 
 
 		 385 aa  162  7e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5503  RND family efflux transporter MFP subunit  31.9 
 
 		 445 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00522591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2947  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.6 
 
 		 363 aa  162  9e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.41 
 
 		 422 aa  161  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  32.45 
 
 		 385 aa  162  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  30.17 
 
 		 394 aa  161  1e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  32.18 
 
 		 385 aa  160  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  32.18 
 
 		 385 aa  160  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2859  acridine efflux pump  29.66 
 
 		 373 aa  159  5e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.768203  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.51 
 
 		 399 aa  159  7e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  31.64 
 
 		 430 aa  158  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4070  secretion protein HlyD  30.99 
 
 		 405 aa  156  6e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.409958  normal  0.154431 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  30.28 
 
 		 382 aa  155  8e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  30.94 
 
 		 442 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  28.15 
 
 		 428 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.71 
 
 		 416 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.59 
 
 		 405 aa  155  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  28.76 
 
 		 381 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  30.94 
 
 		 383 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  28.42 
 
 		 386 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.61 
 
 		 433 aa  152  7e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  33.53 
 
 		 405 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_003296  RS01888  drug efflux lipoprotein  31.72 
 
 		 409 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  33.53 
 
 		 405 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  33.53 
 
 		 405 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.06 
 
 		 372 aa  152  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.320362 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  31.12 
 
 		 409 aa  152  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6029  acriflavin resistance protein A  27.32 
 
 		 411 aa  151  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.14 
 
 		 386 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  29.95 
 
 		 405 aa  151  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  33.53 
 
 		 408 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4006  RND family efflux transporter MFP subunit  28.11 
 
 		 386 aa  151  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1593  secretion protein HlyD  32.97 
 
 		 400 aa  151  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000034507  unclonable  0.000000261884 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3586  RND family efflux transporter MFP subunit  28.11 
 
 		 386 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1836  multidrug efflux transport protein EefA  29.92 
 
 		 373 aa  151  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000609578 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  32.31 
 
 		 430 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  30.85 
 
 		 397 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.85 
 
 		 397 aa  150  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  30.85 
 
 		 397 aa  150  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  30.85 
 
 		 409 aa  150  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  30.85 
 
 		 397 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1229  RND efflux system membrane fusion protein  30.84 
 
 		 428 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0847833 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  30.85 
 
 		 409 aa  150  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  30.85 
 
 		 397 aa  150  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>