More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6029 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6029  acriflavin resistance protein A  100 
 
 		 411 aa  832    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3155  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.27 
 
 		 403 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.51 
 
 		 403 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.25741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2238  secretion protein HlyD  43.59 
 
 		 431 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  39.79 
 
 		 386 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  41.54 
 
 		 428 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.56 
 
 		 379 aa  281  2e-74  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  39.79 
 
 		 392 aa  278  1e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3800  RND family efflux transporter MFP subunit  37.31 
 
 		 404 aa  277  2e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.582867  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1836  multidrug efflux transport protein EefA  41.56 
 
 		 373 aa  273  6e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000609578 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  40.63 
 
 		 394 aa  271  2e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.11 
 
 		 405 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.34834  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  37.53 
 
 		 379 aa  266  4e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1927  multidrug efflux transport protein EefA  41.82 
 
 		 373 aa  264  3e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000645896 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  38.5 
 
 		 395 aa  262  6.999999999999999e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  40.57 
 
 		 394 aa  262  8.999999999999999e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.42 
 
 		 399 aa  261  2e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2479  RND family efflux transporter MFP subunit  41.6 
 
 		 384 aa  261  2e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  37.85 
 
 		 405 aa  261  2e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  39.04 
 
 		 382 aa  260  3e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.28 
 
 		 422 aa  259  9e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  39.9 
 
 		 386 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  38.6 
 
 		 383 aa  255  9e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4693  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  37.47 
 
 		 382 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.21 
 
 		 386 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  38.73 
 
 		 388 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  38.34 
 
 		 442 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  38.73 
 
 		 395 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.36 
 
 		 381 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  36.36 
 
 		 381 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  38.73 
 
 		 395 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.89 
 
 		 395 aa  254  3e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2866  secretion protein HlyD  40.37 
 
 		 400 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.21396  normal  0.0804187 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2894  RND family efflux transporter MFP subunit  36.87 
 
 		 397 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.781676  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  36.36 
 
 		 381 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  39.68 
 
 		 400 aa  252  8.000000000000001e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0152  RND family efflux transporter MFP subunit  36.64 
 
 		 385 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  37.47 
 
 		 382 aa  252  9.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0688  RND family efflux transporter MFP subunit  39.19 
 
 		 431 aa  251  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.921638  normal  0.624256 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3586  RND family efflux transporter MFP subunit  40.94 
 
 		 386 aa  251  1e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  37.21 
 
 		 382 aa  251  1e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4006  RND family efflux transporter MFP subunit  40.94 
 
 		 386 aa  251  2e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  38.52 
 
 		 425 aa  251  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  39.74 
 
 		 423 aa  251  2e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  37.47 
 
 		 382 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  36.06 
 
 		 397 aa  250  3e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3863  RND family efflux transporter MFP subunit  37.82 
 
 		 382 aa  250  3e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  38.5 
 
 		 385 aa  250  4e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  38.7 
 
 		 385 aa  250  4e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.53 
 
 		 433 aa  249  4e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.06 
 
 		 393 aa  249  5e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3553  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  40.23 
 
 		 378 aa  249  5e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01755  hypothetical protein  39.89 
 
 		 378 aa  249  6e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  38.24 
 
 		 385 aa  249  8e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.24 
 
 		 385 aa  248  1e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  38.24 
 
 		 385 aa  248  1e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  38.24 
 
 		 385 aa  248  1e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  38.24 
 
 		 385 aa  248  1e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3719  RND family efflux transporter MFP subunit  40.59 
 
 		 353 aa  248  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0090  RND family efflux transporter MFP subunit  36.6 
 
 		 381 aa  247  2e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01888  drug efflux lipoprotein  40.82 
 
 		 409 aa  247  3e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2050  secretion protein HlyD  38.18 
 
 		 426 aa  247  3e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  38.18 
 
 		 385 aa  246  6e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  38.18 
 
 		 385 aa  246  6e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  38.46 
 
 		 381 aa  245  9e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0581  RND family efflux transporter MFP subunit  36.13 
 
 		 417 aa  245  9e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2638  RND family efflux transporter MFP subunit  38.99 
 
 		 424 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  37.93 
 
 		 409 aa  245  9.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01880  Secretion protein HlyD  39.2 
 
 		 383 aa  244  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  37.67 
 
 		 397 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.67 
 
 		 397 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0131  RND family efflux transporter MFP subunit  37.79 
 
 		 383 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000302028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2721  RND family efflux transporter MFP subunit  41.43 
 
 		 389 aa  244  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.938763  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  37.67 
 
 		 409 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  37.67 
 
 		 397 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  40.72 
 
 		 386 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000318769  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  37.67 
 
 		 397 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  37.67 
 
 		 397 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  37.67 
 
 		 409 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  37.67 
 
 		 397 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4090  secretion protein HlyD  38.93 
 
 		 386 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4061  RND family efflux transporter MFP subunit  35.88 
 
 		 383 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000265031  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1999  secretion protein HlyD  38.83 
 
 		 424 aa  242  9e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.931394  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2609  RND family efflux transporter MFP subunit  38.83 
 
 		 424 aa  242  9e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3493  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 		 381 aa  241  1e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2656  RND family efflux transporter MFP subunit  39.73 
 
 		 432 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.444245  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  39.31 
 
 		 405 aa  241  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2529  RND family efflux transporter MFP subunit  39.45 
 
 		 432 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.210606 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2836  RND family efflux transporter MFP subunit  36.65 
 
 		 446 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113713  normal  0.378923 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  36.92 
 
 		 379 aa  240  2.9999999999999997e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.596756 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  36.05 
 
 		 418 aa  239  5e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  36.05 
 
 		 418 aa  239  5e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  37.84 
 
 		 408 aa  239  5.999999999999999e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2325  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.36 
 
 		 446 aa  239  6.999999999999999e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.116121  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.32 
 
 		 410 aa  239  8e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  38.5 
 
 		 398 aa  238  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  38.82 
 
 		 384 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  36.96 
 
 		 397 aa  238  2e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  37.94 
 
 		 384 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6463  RND family efflux transporter MFP subunit  35.79 
 
 		 418 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984064  normal  0.35165 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>