More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3019 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3019  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 378 aa  766    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.809394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4299  RND family efflux transporter MFP subunit  50.68 
 
 		 405 aa  372  1e-102  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2259  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.27 
 
 		 397 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.141283  normal  0.411522 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3575  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.36 
 
 		 379 aa  339  5e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0183852  normal  0.158176 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.88 
 
 		 373 aa  329  5.0000000000000004e-89  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.195416  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1564  RND family efflux transporter MFP subunit  45.38 
 
 		 369 aa  318  7.999999999999999e-86  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000112948  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.47 
 
 		 393 aa  297  2e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00987855 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0822  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.6 
 
 		 390 aa  296  3e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.191782  normal  0.633382 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1117  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.6 
 
 		 376 aa  292  6e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0140148  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2173  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.92 
 
 		 393 aa  291  1e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6106  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.33 
 
 		 378 aa  288  2e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.31 
 
 		 391 aa  281  1e-74  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000252486  hitchhiker  0.000793327 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4132  RND family efflux transporter MFP subunit  38.5 
 
 		 384 aa  274  2.0000000000000002e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1400  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.18 
 
 		 399 aa  270  2.9999999999999997e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000127527  normal  0.840586 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1204  secretion protein HlyD  39.52 
 
 		 395 aa  259  5.0000000000000005e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.377097  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.83 
 
 		 389 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.374762  normal  0.534332 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1188  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.67 
 
 		 389 aa  251  1e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.856123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4802  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.99 
 
 		 398 aa  251  2e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012488 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0806  secretion protein HlyD  41.39 
 
 		 371 aa  248  8e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3228  RND family efflux transporter MFP subunit  39.09 
 
 		 378 aa  239  5e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0806  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.95 
 
 		 380 aa  238  2e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.11 
 
 		 375 aa  236  6e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  0.481729 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.26 
 
 		 366 aa  218  1e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.390239  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.35 
 
 		 371 aa  218  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10068  Secretion protein HlyD  32.78 
 
 		 367 aa  214  1.9999999999999998e-54  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.305445  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6592  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.61 
 
 		 378 aa  212  7.999999999999999e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4863  RND family efflux transporter MFP subunit  31.17 
 
 		 360 aa  189  7e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176323  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4642  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.16 
 
 		 383 aa  187  3e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.195012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0537  HlyD family multidrug resistance protein  29.19 
 
 		 381 aa  182  7e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.996753  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0374  secretion protein HlyD  29.65 
 
 		 368 aa  181  1e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0795061 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.18 
 
 		 360 aa  179  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5359  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.32 
 
 		 360 aa  178  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.954819  normal  0.588118 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4407  RND family efflux transporter MFP subunit  31.22 
 
 		 360 aa  176  6e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.3 
 
 		 361 aa  175  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00472624 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  29.48 
 
 		 368 aa  175  9.999999999999999e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  30.83 
 
 		 386 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  31.58 
 
 		 428 aa  172  9e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2947  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.03 
 
 		 363 aa  171  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  31.44 
 
 		 392 aa  171  3e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  30.81 
 
 		 422 aa  167  2.9999999999999998e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4061  RND family efflux transporter MFP subunit  30.68 
 
 		 383 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000265031  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.56 
 
 		 415 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  30.87 
 
 		 385 aa  164  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3800  RND family efflux transporter MFP subunit  30.41 
 
 		 404 aa  164  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.582867  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  30.28 
 
 		 386 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.84 
 
 		 395 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 		 395 aa  163  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1728  secretion protein HlyD  29.48 
 
 		 363 aa  163  5.0000000000000005e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0143164  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.56 
 
 		 386 aa  163  6e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.68 
 
 		 398 aa  162  7e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  30.11 
 
 		 394 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  31.34 
 
 		 387 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  28.57 
 
 		 405 aa  161  1e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  30.87 
 
 		 430 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1701  secretion protein HlyD  29.83 
 
 		 412 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.17328  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2230  RND family efflux transporter MFP subunit  29.68 
 
 		 362 aa  160  3e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  28.98 
 
 		 391 aa  160  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4873  multidrug efflux system protein MdtE  29.37 
 
 		 385 aa  159  6e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  30.08 
 
 		 391 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0383787 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  29.37 
 
 		 385 aa  159  8e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.37 
 
 		 385 aa  159  8e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  29.37 
 
 		 385 aa  159  8e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  29.37 
 
 		 385 aa  159  8e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  29.37 
 
 		 385 aa  159  8e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  29.37 
 
 		 385 aa  159  8e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  29.37 
 
 		 385 aa  159  8e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.97 
 
 		 397 aa  159  8e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.26 
 
 		 363 aa  159  9e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.407835  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0932  precursor of drug resistance protein  28.3 
 
 		 396 aa  157  2e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  28.9 
 
 		 397 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.23 
 
 		 424 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  30.05 
 
 		 409 aa  157  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0828  RND family efflux transporter MFP subunit  28.3 
 
 		 396 aa  157  4e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  30.05 
 
 		 409 aa  157  4e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44050  multidrug efflux pump membrane fusion protein  29.38 
 
 		 427 aa  156  5.0000000000000005e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.26 
 
 		 403 aa  156  7e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  29.8 
 
 		 397 aa  155  9e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.8 
 
 		 397 aa  155  9e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  29.8 
 
 		 397 aa  155  9e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  29.8 
 
 		 409 aa  155  9e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  29.8 
 
 		 397 aa  155  9e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  29.8 
 
 		 397 aa  155  9e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  29.8 
 
 		 397 aa  155  9e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3063  secretion protein HlyD  29.4 
 
 		 412 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000572272  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  29.1 
 
 		 385 aa  155  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  29.48 
 
 		 381 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  30.43 
 
 		 400 aa  154  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  29.2 
 
 		 381 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.2 
 
 		 381 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3923  multidrug efflux system protein  29.35 
 
 		 387 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1994  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.97 
 
 		 389 aa  154  4e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  30.17 
 
 		 434 aa  153  5.9999999999999996e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  28.9 
 
 		 391 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4148  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.7 
 
 		 560 aa  152  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5240  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexC precursor  31.01 
 
 		 387 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  29.89 
 
 		 385 aa  152  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  29.53 
 
 		 394 aa  152  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1193  HlyD family secretion protein  27 
 
 		 386 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000622308  normal  0.342064 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  30.49 
 
 		 389 aa  151  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  29.6 
 
 		 385 aa  150  3e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>