More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1711 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  100 
 
 		 402 aa  804    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  72.36 
 
 		 395 aa  591  1e-168  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  67.41 
 
 		 396 aa  556  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  66.17 
 
 		 397 aa  551  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  64.18 
 
 		 397 aa  542  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  62.94 
 
 		 395 aa  518  1e-146  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  54.17 
 
 		 410 aa  437  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  40.81 
 
 		 398 aa  306  4.0000000000000004e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  42.78 
 
 		 407 aa  293  4e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  41.6 
 
 		 399 aa  292  7e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  43.02 
 
 		 408 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  42.7 
 
 		 419 aa  277  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  42.62 
 
 		 405 aa  265  8e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  39.49 
 
 		 410 aa  265  1e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  43.23 
 
 		 405 aa  261  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  42.19 
 
 		 403 aa  259  7e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  40.42 
 
 		 404 aa  258  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  41.78 
 
 		 405 aa  258  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  41.78 
 
 		 405 aa  258  2e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  44.58 
 
 		 375 aa  256  5e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  43.4 
 
 		 403 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.4 
 
 		 403 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  43.4 
 
 		 403 aa  251  1e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  43.4 
 
 		 403 aa  251  1e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  32.46 
 
 		 410 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  34.96 
 
 		 379 aa  218  2e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  34.28 
 
 		 385 aa  216  5e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  33.75 
 
 		 385 aa  207  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  32.8 
 
 		 387 aa  206  4e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  29.35 
 
 		 393 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  35.96 
 
 		 422 aa  192  7e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  36.07 
 
 		 289 aa  192  8e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  30.23 
 
 		 426 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  31.85 
 
 		 423 aa  185  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.76 
 
 		 454 aa  156  7e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.78 
 
 		 410 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  33.45 
 
 		 388 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.76 
 
 		 393 aa  138  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  30.54 
 
 		 413 aa  135  9e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  31.16 
 
 		 412 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  31.19 
 
 		 406 aa  127  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.34 
 
 		 448 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  27.16 
 
 		 395 aa  117  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  25.06 
 
 		 398 aa  113  5e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  34.07 
 
 		 359 aa  106  8e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  25.41 
 
 		 439 aa  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  26.27 
 
 		 372 aa  100  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  24.67 
 
 		 443 aa  98.6  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  32.34 
 
 		 392 aa  95.5  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  26.33 
 
 		 439 aa  95.9  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  26.39 
 
 		 442 aa  90.9  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  26.21 
 
 		 376 aa  86.7  6e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  26.23 
 
 		 443 aa  85.5  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1939  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.3 
 
 		 370 aa  85.1  0.000000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.128072 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0535  secretion protein HlyD  25.82 
 
 		 366 aa  84.7  0.000000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  23.06 
 
 		 440 aa  79.7  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.19 
 
 		 446 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.33 
 
 		 441 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  27.33 
 
 		 441 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  25.28 
 
 		 454 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5678  RND multidrug efflux membrane permease  27.11 
 
 		 386 aa  75.9  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.116092  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  25.73 
 
 		 456 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.36 
 
 		 392 aa  76.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  25.28 
 
 		 457 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  25.48 
 
 		 416 aa  74.7  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.38 
 
 		 381 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.75 
 
 		 386 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  25.85 
 
 		 457 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0719  secretion protein HlyD  25.77 
 
 		 457 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  26.33 
 
 		 386 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0601  secretion protein HlyD  25.22 
 
 		 459 aa  73.9  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251315  normal  0.72194 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  25.85 
 
 		 463 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  24.34 
 
 		 356 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.93 
 
 		 391 aa  73.2  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.496799  normal  0.0176512 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  25.45 
 
 		 392 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  25.28 
 
 		 450 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  29.95 
 
 		 412 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  29.95 
 
 		 412 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  29.95 
 
 		 412 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4166  RND family efflux transporter MFP subunit  24.63 
 
 		 427 aa  72  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03415  hypothetical protein  27.53 
 
 		 371 aa  71.6  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  30 
 
 		 372 aa  71.6  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0108  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.61 
 
 		 458 aa  70.9  0.00000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  24.58 
 
 		 444 aa  70.9  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  26.45 
 
 		 374 aa  70.9  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  24.4 
 
 		 356 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1771  RND family efflux transporter MFP subunit  23.74 
 
 		 469 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.75905 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  23.2 
 
 		 374 aa  70.5  0.00000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  26.14 
 
 		 384 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3566  RND family efflux transporter MFP subunit  22.54 
 
 		 435 aa  70.1  0.00000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.338138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  24.54 
 
 		 357 aa  70.1  0.00000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.2 
 
 		 396 aa  69.7  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  24.58 
 
 		 444 aa  69.7  0.00000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  24.58 
 
 		 427 aa  69.7  0.00000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  24 
 
 		 413 aa  68.9  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  23.82 
 
 		 402 aa  68.9  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4427  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.03 
 
 		 394 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  26.32 
 
 		 425 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4472  RND family efflux transporter MFP subunit  26.88 
 
 		 447 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0821721 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  25.77 
 
 		 436 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>