More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4484 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 410 aa  827    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  57.57 
 
 		 396 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  56.08 
 
 		 397 aa  455  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  54.23 
 
 		 395 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  54.95 
 
 		 397 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  54.41 
 
 		 402 aa  441  1e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  55.47 
 
 		 395 aa  434  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  41.64 
 
 		 398 aa  298  9e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  38.85 
 
 		 407 aa  288  8e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  38.97 
 
 		 399 aa  276  6e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  38.99 
 
 		 419 aa  266  5e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  40.27 
 
 		 408 aa  265  1e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  37.75 
 
 		 410 aa  261  1e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  42.15 
 
 		 404 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  42.58 
 
 		 405 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  40.16 
 
 		 405 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  41.3 
 
 		 403 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  41.26 
 
 		 405 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  40.67 
 
 		 403 aa  243  5e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  40.16 
 
 		 405 aa  243  5e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  40.88 
 
 		 403 aa  243  6e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.67 
 
 		 403 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  40.67 
 
 		 403 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  39.63 
 
 		 375 aa  241  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  34.46 
 
 		 410 aa  228  2e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  32.98 
 
 		 387 aa  220  3e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  35.56 
 
 		 385 aa  213  5.999999999999999e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  32.13 
 
 		 393 aa  206  5e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  34.75 
 
 		 385 aa  206  5e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  33.51 
 
 		 379 aa  202  8e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  30.72 
 
 		 423 aa  175  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  36.92 
 
 		 289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.82 
 
 		 410 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  30.4 
 
 		 426 aa  172  7.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  31.86 
 
 		 422 aa  171  2e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.66 
 
 		 393 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  29.34 
 
 		 406 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.1 
 
 		 454 aa  133  5e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  27.79 
 
 		 395 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  28.93 
 
 		 388 aa  124  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  29.36 
 
 		 412 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  28.01 
 
 		 413 aa  121  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  24.94 
 
 		 439 aa  113  7.000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  25.4 
 
 		 443 aa  112  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  24.94 
 
 		 372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  23.85 
 
 		 398 aa  109  8.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.91 
 
 		 448 aa  103  6e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  27.81 
 
 		 392 aa  100  5e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  24.72 
 
 		 440 aa  99.4  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  30.68 
 
 		 359 aa  94  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  25.18 
 
 		 439 aa  93.6  6e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  25.08 
 
 		 402 aa  90.1  7e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  25.06 
 
 		 443 aa  87.8  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3899  secretion protein HlyD  24.74 
 
 		 485 aa  82  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.553223 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  23.23 
 
 		 442 aa  82  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03415  hypothetical protein  25.93 
 
 		 371 aa  80.9  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 		 381 aa  79.7  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1939  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.02 
 
 		 370 aa  79  0.0000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.128072 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  28.42 
 
 		 381 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.42 
 
 		 381 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  23.56 
 
 		 451 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0742  secretion protein HlyD  26.94 
 
 		 400 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.460648 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  25.81 
 
 		 436 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.43 
 
 		 435 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  25.38 
 
 		 410 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  25.14 
 
 		 430 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.07 
 
 		 426 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  24.23 
 
 		 357 aa  75.9  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  25.51 
 
 		 435 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  25.07 
 
 		 426 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2916  RND family efflux transporter MFP subunit  24.08 
 
 		 449 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  26.7 
 
 		 379 aa  74.7  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0152  RND family efflux transporter MFP subunit  28.08 
 
 		 385 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  29.89 
 
 		 382 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  29.89 
 
 		 382 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  25 
 
 		 368 aa  73.9  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.42 
 
 		 388 aa  73.6  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.479598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1988  RND family efflux transporter MFP subunit  26.44 
 
 		 362 aa  73.6  0.000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 386 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000318769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  24.4 
 
 		 411 aa  73.2  0.000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.22 
 
 		 414 aa  73.2  0.000000000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  27.05 
 
 		 435 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  29.31 
 
 		 382 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4061  RND family efflux transporter MFP subunit  26.27 
 
 		 383 aa  72  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000265031  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1058  RND family efflux transporter MFP subunit  22.22 
 
 		 455 aa  72.4  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  23.17 
 
 		 372 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5851  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.96 
 
 		 369 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.834667 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.85 
 
 		 455 aa  71.2  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  28.78 
 
 		 386 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0090  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 		 381 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  24.93 
 
 		 413 aa  70.5  0.00000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4693  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  28.99 
 
 		 382 aa  70.1  0.00000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0948  secretion protein HlyD  24.59 
 
 		 413 aa  69.7  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.297274  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1312  multidrug efflux system subunit MdtA  25.21 
 
 		 410 aa  69.7  0.00000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164615  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1921  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.95 
 
 		 394 aa  69.3  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.54968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.47 
 
 		 462 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2742  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.37 
 
 		 462 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2192  RND family efflux transporter MFP subunit  27.87 
 
 		 408 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.83 
 
 		 379 aa  68.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1124  RND family efflux transporter MFP subunit  24.75 
 
 		 408 aa  68.6  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360909 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>