More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3037 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  100 
 
 		 402 aa  778    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  31.21 
 
 		 422 aa  114  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  27.57 
 
 		 410 aa  101  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.16 
 
 		 410 aa  100  4e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  24.78 
 
 		 385 aa  100  6e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  24.86 
 
 		 426 aa  97.8  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  23.51 
 
 		 385 aa  95.9  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.34 
 
 		 454 aa  94  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  26.75 
 
 		 451 aa  91.3  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  24.5 
 
 		 410 aa  88.6  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  25.08 
 
 		 410 aa  87.4  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  25.25 
 
 		 289 aa  87.4  4e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  24.6 
 
 		 395 aa  87  5e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  23.1 
 
 		 403 aa  86.7  8e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  26.46 
 
 		 419 aa  85.1  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  22.41 
 
 		 407 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3112  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 374 aa  84  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  22.32 
 
 		 403 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  25.42 
 
 		 423 aa  82.4  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.32 
 
 		 403 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  28.19 
 
 		 406 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  22.32 
 
 		 403 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  22.32 
 
 		 403 aa  82  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.69 
 
 		 393 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  23.08 
 
 		 395 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  26.18 
 
 		 444 aa  81.3  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  22.92 
 
 		 387 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  25.07 
 
 		 413 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  26.18 
 
 		 427 aa  80.5  0.00000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  24.67 
 
 		 396 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  26.18 
 
 		 444 aa  80.1  0.00000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  25.65 
 
 		 397 aa  79.7  0.00000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2702  multidrug efflux system subunit MdtA  25.14 
 
 		 411 aa  79  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  22.74 
 
 		 405 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  23.3 
 
 		 357 aa  78.2  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  22.74 
 
 		 405 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 412 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  21.59 
 
 		 375 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  24.34 
 
 		 388 aa  77.8  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  22.45 
 
 		 405 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  31.28 
 
 		 424 aa  75.9  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.96 
 
 		 351 aa  75.9  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  22.19 
 
 		 439 aa  75.5  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  30.08 
 
 		 380 aa  75.1  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1334  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  30.66 
 
 		 393 aa  75.1  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0169276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 439 aa  74.7  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  24.8 
 
 		 442 aa  74.3  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  23.32 
 
 		 408 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  25.16 
 
 		 397 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  24.58 
 
 		 393 aa  73.2  0.000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.63 
 
 		 440 aa  73.2  0.000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  23.82 
 
 		 402 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  20.93 
 
 		 399 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0742  secretion protein HlyD  26.33 
 
 		 400 aa  72  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.460648 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  24.76 
 
 		 353 aa  71.2  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.93 
 
 		 448 aa  70.9  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.89 
 
 		 426 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2973  RND family efflux transporter MFP subunit  30.65 
 
 		 368 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.388324  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1310  secretion protein HlyD  30 
 
 		 379 aa  70.1  0.00000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.673983  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.15 
 
 		 462 aa  69.7  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.15 
 
 		 462 aa  69.7  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2742  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.82 
 
 		 462 aa  69.7  0.00000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  26.3 
 
 		 411 aa  69.7  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2635  RND family efflux transporter MFP subunit  25.9 
 
 		 370 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0171634  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1325  RND family efflux transporter MFP subunit  24.38 
 
 		 370 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.784041  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1680  RND family efflux transporter MFP subunit  27.75 
 
 		 360 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.560813 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  24.12 
 
 		 422 aa  69.3  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  24.18 
 
 		 455 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.18 
 
 		 415 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  24.18 
 
 		 415 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1390  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30 
 
 		 368 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2519  RND family efflux transporter MFP subunit  25.82 
 
 		 462 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0990554 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  27.23 
 
 		 368 aa  68.6  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3131  secretion protein HlyD  25.98 
 
 		 363 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.735534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3131  RND family efflux transporter MFP subunit  34.48 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.419387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  24.18 
 
 		 415 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  29.29 
 
 		 386 aa  67.8  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  23.12 
 
 		 398 aa  68.2  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  24.18 
 
 		 415 aa  67.8  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3566  RND family efflux transporter MFP subunit  25.21 
 
 		 435 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.338138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3743  RND family efflux transporter MFP subunit  32.4 
 
 		 374 aa  67.8  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  26.25 
 
 		 392 aa  67.8  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  28.37 
 
 		 449 aa  67.4  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  24.18 
 
 		 415 aa  67.8  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1312  RND family efflux transporter MFP subunit  25.83 
 
 		 371 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  25.3 
 
 		 426 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2987  RND family efflux transporter MFP subunit  29.47 
 
 		 368 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.331807  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  23.66 
 
 		 440 aa  67.4  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  25.42 
 
 		 398 aa  67.4  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  23.17 
 
 		 413 aa  67.4  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  24.18 
 
 		 415 aa  67  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  24.92 
 
 		 405 aa  67  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  23.75 
 
 		 419 aa  67  0.0000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2753  HlyD family secretion protein  25.08 
 
 		 444 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.05 
 
 		 366 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  24.18 
 
 		 415 aa  67  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  30.1 
 
 		 410 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  23.24 
 
 		 379 aa  67  0.0000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.57 
 
 		 375 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2497  secretion protein HlyD  29.89 
 
 		 376 aa  66.6  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0156219  normal  0.535826 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>