More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3743 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3743  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 374 aa  708    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3761  secretion protein HlyD  47.97 
 
 		 364 aa  257  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.03 
 
 		 358 aa  184  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  34.76 
 
 		 340 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.11 
 
 		 337 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  34.29 
 
 		 337 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  34.11 
 
 		 337 aa  176  8e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  34.11 
 
 		 337 aa  175  9e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  33.52 
 
 		 337 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  37.86 
 
 		 346 aa  171  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  35.46 
 
 		 337 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  34.82 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  34.82 
 
 		 337 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  31.83 
 
 		 347 aa  160  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.34 
 
 		 349 aa  159  6e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0059  RND family efflux transporter MFP subunit  35.55 
 
 		 411 aa  155  8e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  37.16 
 
 		 352 aa  155  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  34.29 
 
 		 352 aa  152  7e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  32.75 
 
 		 338 aa  151  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  32.94 
 
 		 334 aa  150  5e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  31.2 
 
 		 362 aa  143  5e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  27.5 
 
 		 342 aa  143  5e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  31.23 
 
 		 331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3344  secretion protein HlyD  32.2 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.144623 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.4 
 
 		 354 aa  129  8.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  29.8 
 
 		 351 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1413  secretion protein HlyD  28.46 
 
 		 380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000766158  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2688  RND family efflux transporter MFP subunit  27.22 
 
 		 353 aa  121  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000261317  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.92 
 
 		 367 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.02 
 
 		 442 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  31.76 
 
 		 367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.11 
 
 		 360 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.11 
 
 		 360 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  32.87 
 
 		 367 aa  113  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  28.88 
 
 		 361 aa  111  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.61 
 
 		 405 aa  111  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  31.04 
 
 		 366 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  32.46 
 
 		 345 aa  110  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  29.47 
 
 		 373 aa  109  8.000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  30.81 
 
 		 379 aa  108  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.41 
 
 		 404 aa  107  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  34.18 
 
 		 366 aa  106  8e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1325  RND family efflux transporter MFP subunit  30.72 
 
 		 370 aa  104  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.784041  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.73 
 
 		 388 aa  104  3e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  30.49 
 
 		 356 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.15 
 
 		 377 aa  102  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  33.75 
 
 		 366 aa  102  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3112  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 374 aa  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0031  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.27 
 
 		 392 aa  101  2e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000323168  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.49 
 
 		 356 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  28.75 
 
 		 364 aa  100  5e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0825  RND family efflux transporter MFP subunit  28.4 
 
 		 383 aa  100  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.92 
 
 		 379 aa  98.6  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  31.36 
 
 		 407 aa  99.4  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  29.57 
 
 		 370 aa  98.6  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  32.24 
 
 		 407 aa  98.6  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.79 
 
 		 374 aa  97.8  3e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.76 
 
 		 407 aa  97.4  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3248  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 375 aa  97.1  4e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122145  hitchhiker  0.000539204 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.74 
 
 		 386 aa  97.1  5e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.8 
 
 		 380 aa  96.7  6e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  29.17 
 
 		 419 aa  96.7  6e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  27.44 
 
 		 407 aa  96.3  7e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0212  secretion protein HlyD  25.58 
 
 		 364 aa  95.5  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.59943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  33.86 
 
 		 366 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  28.82 
 
 		 407 aa  94.7  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1423  RND family mulitdrug efflux protein  30.12 
 
 		 371 aa  94.7  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.427177  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1281  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.55 
 
 		 357 aa  94  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.036609  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  29.18 
 
 		 362 aa  94  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.11 
 
 		 376 aa  94  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  30.03 
 
 		 368 aa  93.6  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  28.85 
 
 		 370 aa  93.6  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1570  RND family efflux transporter MFP subunit  27.87 
 
 		 375 aa  93.2  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.628485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.5 
 
 		 352 aa  92  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2408  secretion protein HlyD  28.27 
 
 		 404 aa  92.4  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000198894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.29 
 
 		 436 aa  92  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1983  RND family efflux transporter MFP subunit  28.9 
 
 		 416 aa  92  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  24.84 
 
 		 367 aa  92.4  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.45 
 
 		 353 aa  92.4  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  30.42 
 
 		 361 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0287  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 362 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44923  normal  0.678954 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1749  secretion protein HlyD  30.06 
 
 		 398 aa  92  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  29.27 
 
 		 369 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  29.27 
 
 		 369 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  28.29 
 
 		 404 aa  90.9  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.45 
 
 		 384 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  27.33 
 
 		 411 aa  90.5  4e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.89 
 
 		 377 aa  90.1  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  23.9 
 
 		 357 aa  90.1  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.82 
 
 		 388 aa  90.1  6e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.479598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  26.43 
 
 		 361 aa  90.1  6e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03344  acriflavin resistance protein  30.77 
 
 		 417 aa  89.7  6e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1456  RND family efflux transporter MFP subunit  28.09 
 
 		 405 aa  90.1  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3689  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.8 
 
 		 414 aa  89.7  7e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.41 
 
 		 369 aa  89.4  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  33.8 
 
 		 416 aa  89.4  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 369 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  25.72 
 
 		 379 aa  89  1e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.56 
 
 		 396 aa  89  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1296  RND family efflux transporter MFP subunit  26.24 
 
 		 373 aa  89  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00794293  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>