More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1312 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1312  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 371 aa  753    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3112  RND family efflux transporter MFP subunit  60.53 
 
 		 374 aa  454  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1325  RND family efflux transporter MFP subunit  60 
 
 		 370 aa  432  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.784041  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1570  RND family efflux transporter MFP subunit  57.98 
 
 		 375 aa  421  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.628485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2973  RND family efflux transporter MFP subunit  55.08 
 
 		 368 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.388324  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3131  RND family efflux transporter MFP subunit  55.37 
 
 		 368 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.419387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1390  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.08 
 
 		 368 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2987  RND family efflux transporter MFP subunit  55.65 
 
 		 368 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.331807  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2635  RND family efflux transporter MFP subunit  53.82 
 
 		 370 aa  377  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0171634  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3278  hypothetical protein  54.34 
 
 		 374 aa  375  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2342  secretion protein HlyD  54.44 
 
 		 370 aa  378  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1296  RND family efflux transporter MFP subunit  53.6 
 
 		 373 aa  368  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00794293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1246  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 		 373 aa  362  7.0000000000000005e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1316  RND family efflux transporter MFP subunit  52.46 
 
 		 373 aa  361  9e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0457326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1148  RND family efflux transporter MFP subunit  49.86 
 
 		 373 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1278  secretion protein HlyD  50.14 
 
 		 370 aa  348  6e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0363804  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.54 
 
 		 379 aa  190  4e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1310  secretion protein HlyD  34.62 
 
 		 379 aa  165  1.0000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.673983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0251  efflux transporter  32.68 
 
 		 383 aa  160  4e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4736  secretion protein HlyD  27.56 
 
 		 510 aa  158  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.325985  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.66 
 
 		 366 aa  116  5e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  26.43 
 
 		 381 aa  103  7e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.23 
 
 		 360 aa  102  8e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.79 
 
 		 363 aa  101  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3131  secretion protein HlyD  26.17 
 
 		 363 aa  101  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.735534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1586  secretion protein HlyD  28.01 
 
 		 377 aa  98.6  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000231295  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1593  RND family efflux transporter MFP subunit  31.74 
 
 		 631 aa  97.1  4e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.351482  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  26.75 
 
 		 355 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 		 376 aa  95.1  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  25.42 
 
 		 371 aa  94.7  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  27.06 
 
 		 402 aa  94.4  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  27.5 
 
 		 365 aa  94  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.89 
 
 		 379 aa  94  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  27.06 
 
 		 405 aa  93.6  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  26 
 
 		 361 aa  92  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.87 
 
 		 402 aa  91.3  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4618  RND family efflux transporter MFP subunit  28.75 
 
 		 401 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343268  normal  0.223248 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.48 
 
 		 386 aa  91.7  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4363  RND efflux system membrane fusion protein  29.86 
 
 		 467 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3750  secretion protein HlyD  28.75 
 
 		 401 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4313  RND family efflux transporter MFP subunit  27.19 
 
 		 409 aa  92  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.583259 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.01 
 
 		 402 aa  90.9  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  25 
 
 		 523 aa  91.3  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5686  RND family efflux transporter MFP subunit  28.83 
 
 		 401 aa  90.5  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.214167 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3225  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 392 aa  90.1  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376119  normal  0.122741 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4292  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 392 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  25.47 
 
 		 432 aa  89.4  8e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.1 
 
 		 384 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4074  secretion protein HlyD  27.36 
 
 		 392 aa  89.7  8e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.26 
 
 		 381 aa  89.4  9e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1727  HlyD family secretion protein  26.63 
 
 		 409 aa  89  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.46 
 
 		 397 aa  89  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  30.46 
 
 		 381 aa  88.2  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  27.84 
 
 		 377 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.27 
 
 		 356 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  28.12 
 
 		 407 aa  88.6  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.61 
 
 		 379 aa  88.6  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  26.43 
 
 		 359 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 		 365 aa  87.4  4e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5174  RND efflux transporter  25.53 
 
 		 355 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.22 
 
 		 407 aa  87  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  24.02 
 
 		 418 aa  87  5e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  26.23 
 
 		 367 aa  86.7  6e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  25.86 
 
 		 357 aa  86.7  6e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5234  RND family efflux transporter MFP subunit  25.75 
 
 		 355 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  26.58 
 
 		 354 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  25.79 
 
 		 356 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0450  RND family efflux transporter MFP subunit  24.61 
 
 		 407 aa  85.5  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.825026 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  26.47 
 
 		 376 aa  85.9  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0686  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.62 
 
 		 380 aa  84.7  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00268178 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.19 
 
 		 356 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  27.72 
 
 		 369 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.45 
 
 		 383 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  27.72 
 
 		 369 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  25.08 
 
 		 416 aa  84  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  29.01 
 
 		 472 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5081  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 355 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167851  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  29.03 
 
 		 345 aa  83.2  0.000000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  26.21 
 
 		 363 aa  83.2  0.000000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3710  RND family efflux transporter MFP subunit  29.37 
 
 		 410 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  24.76 
 
 		 366 aa  83.2  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 		 378 aa  83.2  0.000000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  29.01 
 
 		 478 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  29.01 
 
 		 478 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1316  secretion protein HlyD  31.22 
 
 		 501 aa  82.8  0.000000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  26.69 
 
 		 365 aa  82.8  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  30.18 
 
 		 424 aa  82.8  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2981  RND family efflux transporter MFP subunit  29.33 
 
 		 369 aa  82  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4188  RND family efflux transporter MFP subunit  28.97 
 
 		 410 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0941549  normal  0.890181 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7282  HlyD family secretion protein  27.79 
 
 		 377 aa  82  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548499  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1749  secretion protein HlyD  27.63 
 
 		 398 aa  82.4  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  24.76 
 
 		 366 aa  82.4  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.72 
 
 		 400 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  27.87 
 
 		 360 aa  81.6  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  33.49 
 
 		 370 aa  81.6  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.51 
 
 		 388 aa  81.6  0.00000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  22.53 
 
 		 400 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3361  RND efflux system membrane fusion protein  26.88 
 
 		 395 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  27.45 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  24.86 
 
 		 376 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>