More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2778 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
359 aa  710    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  30.3 
 
 
366 aa  149  7e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  32.05 
 
 
358 aa  146  5e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  28.01 
 
 
359 aa  145  7.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 
389 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  28.4 
 
 
364 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  27.76 
 
 
353 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  31.64 
 
 
360 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  28.73 
 
 
357 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  27.68 
 
 
357 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.53 
 
 
390 aa  124  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0630  secretion protein HlyD  31.12 
 
 
357 aa  124  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0232449  normal  0.116732 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  29.33 
 
 
359 aa  122  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  26.87 
 
 
369 aa  122  8e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  26.14 
 
 
357 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  30.52 
 
 
360 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  29.1 
 
 
364 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  25.57 
 
 
432 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  27.58 
 
 
359 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1730  RND family efflux transporter MFP subunit  28.45 
 
 
368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.674972  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  24.79 
 
 
354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.95 
 
 
388 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  26.92 
 
 
357 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0746  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  27.81 
 
 
366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339879  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  27.59 
 
 
365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  28.81 
 
 
367 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  26.72 
 
 
343 aa  108  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  28.43 
 
 
360 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  27.76 
 
 
360 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 
360 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 
360 aa  106  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  27.64 
 
 
343 aa  106  7e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.9 
 
 
366 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  29.16 
 
 
367 aa  105  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  25.07 
 
 
384 aa  104  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  27.33 
 
 
360 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.33 
 
 
360 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2870  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 
351 aa  103  4e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.551784  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  24.84 
 
 
357 aa  103  5e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  28 
 
 
360 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  26.35 
 
 
359 aa  103  7e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  27.13 
 
 
343 aa  102  8e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.78 
 
 
356 aa  102  9e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.870184  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5105  RND family efflux transporter MFP subunit  31.52 
 
 
348 aa  100  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  23.85 
 
 
357 aa  100  5e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  26.93 
 
 
358 aa  100  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  24.72 
 
 
361 aa  99  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0999  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.77 
 
 
366 aa  97.8  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  27 
 
 
359 aa  97.8  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2639  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.3 
 
 
436 aa  97.8  3e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.55 
 
 
379 aa  97.1  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  30.25 
 
 
371 aa  96.7  5e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  29.78 
 
 
366 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  25.61 
 
 
343 aa  95.9  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6009  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.07 
 
 
356 aa  95.5  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359632  normal  0.895367 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  24.84 
 
 
359 aa  94  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  24.05 
 
 
403 aa  94  4e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3112  RND family efflux transporter MFP subunit  26.71 
 
 
374 aa  93.2  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1148  RND family efflux transporter MFP subunit  25.95 
 
 
373 aa  92.8  9e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3301  RND efflux membrane fusion protein  37.13 
 
 
367 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.176588 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2424  RND family efflux transporter MFP subunit  36.71 
 
 
367 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.295502  normal  0.460452 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.26 
 
 
379 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.71 
 
 
347 aa  91.7  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.612781  normal  0.0455845 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5081  RND family efflux transporter MFP subunit  31.28 
 
 
355 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167851  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  23.19 
 
 
407 aa  92  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  30.62 
 
 
523 aa  90.9  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  25.27 
 
 
365 aa  90.1  5e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 
418 aa  90.5  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5174  RND efflux transporter  33.01 
 
 
355 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274772  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2973  RND family efflux transporter MFP subunit  26.74 
 
 
368 aa  89.7  6e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.388324  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5234  RND family efflux transporter MFP subunit  33.01 
 
 
355 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.12 
 
 
367 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5193  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.37 
 
 
372 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  24.59 
 
 
367 aa  89.4  9e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.49 
 
 
383 aa  89  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  25.4 
 
 
376 aa  88.6  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2342  secretion protein HlyD  28.14 
 
 
370 aa  89  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  25.36 
 
 
370 aa  89  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0188  RND family efflux transporter MFP subunit  29.01 
 
 
369 aa  89  1e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  30.12 
 
 
367 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  26.61 
 
 
331 aa  88.6  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000654  putative efflux protein  31.78 
 
 
360 aa  87.8  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2484  secretion protein HlyD  30.11 
 
 
369 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00634188  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  26.32 
 
 
357 aa  88.6  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2178  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.33 
 
 
371 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.58 
 
 
356 aa  88.6  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.82 
 
 
402 aa  87.4  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1312  RND family efflux transporter MFP subunit  26.43 
 
 
371 aa  87.4  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  26.22 
 
 
352 aa  87  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5088  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.53 
 
 
361 aa  86.7  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857117  normal  0.0828727 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4122  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.31 
 
 
361 aa  86.7  7e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.66 
 
 
379 aa  85.9  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  31.35 
 
 
361 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 
366 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1325  RND family efflux transporter MFP subunit  25.36 
 
 
370 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.784041  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  25.81 
 
 
360 aa  84.7  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2987  RND family efflux transporter MFP subunit  26.43 
 
 
368 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.331807  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.24 
 
 
371 aa  85.1  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0864007  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  25.81 
 
 
360 aa  84.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1296  RND family efflux transporter MFP subunit  25.4 
 
 
373 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00794293  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>