More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1570 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1570  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 375 aa  755    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.628485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3112  RND family efflux transporter MFP subunit  71.47 
 
 		 374 aa  550  1e-155  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1325  RND family efflux transporter MFP subunit  56.8 
 
 		 370 aa  437  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.784041  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1296  RND family efflux transporter MFP subunit  60.91 
 
 		 373 aa  433  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00794293  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3278  hypothetical protein  59.95 
 
 		 374 aa  431  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1246  RND family efflux transporter MFP subunit  58.74 
 
 		 373 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2987  RND family efflux transporter MFP subunit  62.25 
 
 		 368 aa  424  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.331807  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1312  RND family efflux transporter MFP subunit  57.98 
 
 		 371 aa  421  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1316  RND family efflux transporter MFP subunit  60.34 
 
 		 373 aa  423  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0457326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2973  RND family efflux transporter MFP subunit  61.97 
 
 		 368 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.388324  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1390  efflux transporter, RND family, MFP subunit  61.69 
 
 		 368 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3131  RND family efflux transporter MFP subunit  61.13 
 
 		 368 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.419387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2635  RND family efflux transporter MFP subunit  58.36 
 
 		 370 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0171634  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2342  secretion protein HlyD  57.51 
 
 		 370 aa  395  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1148  RND family efflux transporter MFP subunit  56.81 
 
 		 373 aa  396  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1278  secretion protein HlyD  53.99 
 
 		 370 aa  383  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0363804  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.12 
 
 		 379 aa  182  8.000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1310  secretion protein HlyD  33.04 
 
 		 379 aa  165  1.0000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.673983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0251  efflux transporter  30.87 
 
 		 383 aa  153  4e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4736  secretion protein HlyD  36.75 
 
 		 510 aa  135  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.325985  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.02 
 
 		 363 aa  102  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1593  RND family efflux transporter MFP subunit  32.53 
 
 		 631 aa  97.4  3e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.351482  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  24.45 
 
 		 371 aa  92.8  9e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.49 
 
 		 381 aa  92.4  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.63 
 
 		 383 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.95 
 
 		 352 aa  89.4  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  26.18 
 
 		 406 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  26.87 
 
 		 366 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 387 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  26.44 
 
 		 382 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  25.76 
 
 		 418 aa  87.4  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  28.31 
 
 		 363 aa  86.7  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  27.89 
 
 		 359 aa  86.3  8e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  29.89 
 
 		 370 aa  85.9  9e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  24.13 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.92 
 
 		 388 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.62 
 
 		 374 aa  85.9  0.000000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  25.84 
 
 		 523 aa  85.5  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4222  secretion protein HlyD  30.38 
 
 		 368 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.163749 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.76 
 
 		 368 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.48 
 
 		 358 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1488  RND family efflux transporter MFP subunit  35.33 
 
 		 411 aa  84  0.000000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  25.84 
 
 		 354 aa  84  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.06 
 
 		 395 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  23.56 
 
 		 359 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.93 
 
 		 384 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1549  membrane fusion protein precursor  35.33 
 
 		 411 aa  83.2  0.000000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  26.88 
 
 		 361 aa  83.2  0.000000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1962  RND family efflux transporter MFP subunit  24.15 
 
 		 393 aa  83.2  0.000000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  26.12 
 
 		 354 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.12 
 
 		 354 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  23.51 
 
 		 357 aa  82  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.74 
 
 		 407 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 354 aa  82  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  26.15 
 
 		 367 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4363  RND efflux system membrane fusion protein  25.69 
 
 		 467 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  27.57 
 
 		 407 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  25.21 
 
 		 358 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  27.47 
 
 		 376 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0809  hypothetical protein  26.07 
 
 		 360 aa  81.6  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244326 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.51 
 
 		 377 aa  82  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3743  RND family efflux transporter MFP subunit  32.86 
 
 		 374 aa  81.3  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  29.1 
 
 		 363 aa  82  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.85 
 
 		 367 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  26.99 
 
 		 372 aa  81.3  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  25.91 
 
 		 354 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4122  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.36 
 
 		 361 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  22.88 
 
 		 365 aa  80.5  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  25.95 
 
 		 428 aa  80.9  0.00000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  25.27 
 
 		 378 aa  80.9  0.00000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  28.87 
 
 		 380 aa  80.1  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  26.73 
 
 		 368 aa  80.1  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2368  secretion protein HlyD  24.73 
 
 		 376 aa  80.1  0.00000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.108323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1586  secretion protein HlyD  26.1 
 
 		 377 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000231295  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  26.35 
 
 		 372 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.29 
 
 		 380 aa  80.1  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  24.87 
 
 		 382 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  32.5 
 
 		 357 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3461  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.11 
 
 		 370 aa  79.3  0.00000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.4 
 
 		 379 aa  79.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  27.86 
 
 		 372 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.54 
 
 		 375 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  26.69 
 
 		 372 aa  79  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  25.52 
 
 		 367 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  24.85 
 
 		 402 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.38 
 
 		 354 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  27.78 
 
 		 372 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  25.84 
 
 		 405 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  25.87 
 
 		 348 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  24.63 
 
 		 381 aa  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2484  secretion protein HlyD  25.13 
 
 		 369 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00634188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.94 
 
 		 417 aa  77.4  0.0000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.02 
 
 		 360 aa  77  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  27.94 
 
 		 385 aa  77.4  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4074  secretion protein HlyD  24.65 
 
 		 368 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  25.27 
 
 		 354 aa  77  0.0000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.17 
 
 		 397 aa  77  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.22 
 
 		 402 aa  76.6  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.29 
 
 		 402 aa  76.3  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3131  secretion protein HlyD  24.32 
 
 		 363 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.735534  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>