More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1586 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1586  secretion protein HlyD  100 
 
 		 377 aa  759    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000231295  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0289  RND family efflux transporter MFP subunit  35.04 
 
 		 378 aa  182  6e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.904783  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  34.07 
 
 		 376 aa  140  3e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  32.79 
 
 		 365 aa  139  6e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  31.4 
 
 		 381 aa  139  7e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  29.62 
 
 		 373 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  29.36 
 
 		 372 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 		 372 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  25.76 
 
 		 365 aa  127  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 369 aa  124  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1145  hypothetical protein  29.4 
 
 		 371 aa  124  3e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.74 
 
 		 374 aa  124  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 		 372 aa  124  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 		 372 aa  123  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  30.56 
 
 		 382 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  32.67 
 
 		 366 aa  122  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  27.07 
 
 		 372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.94 
 
 		 380 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 		 372 aa  119  6e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  28.22 
 
 		 372 aa  119  7e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  31.46 
 
 		 382 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  31.37 
 
 		 377 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  32.1 
 
 		 381 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  28.05 
 
 		 376 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  27.81 
 
 		 406 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  30.3 
 
 		 378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  27.51 
 
 		 382 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  25.69 
 
 		 372 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.76 
 
 		 360 aa  114  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.76 
 
 		 360 aa  114  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  28.69 
 
 		 376 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 360 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.9 
 
 		 368 aa  112  9e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.01 
 
 		 375 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  27.04 
 
 		 371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 360 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 360 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.38 
 
 		 388 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 370 aa  110  5e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  30.3 
 
 		 370 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  26.17 
 
 		 368 aa  109  6e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  29.8 
 
 		 365 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  29.8 
 
 		 365 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  29.8 
 
 		 365 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  29.8 
 
 		 365 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  29.8 
 
 		 365 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  30.42 
 
 		 376 aa  109  8.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1637  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.1 
 
 		 377 aa  109  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.1 
 
 		 377 aa  109  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  26.93 
 
 		 380 aa  108  1e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  27.5 
 
 		 360 aa  107  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  28.82 
 
 		 365 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  29.47 
 
 		 365 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  29.47 
 
 		 365 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  28.45 
 
 		 365 aa  107  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.39 
 
 		 361 aa  106  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  27.71 
 
 		 394 aa  106  7e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.51 
 
 		 383 aa  106  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  26.47 
 
 		 379 aa  106  7e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 		 434 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  25.76 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.85 
 
 		 362 aa  105  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  26.86 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  26.36 
 
 		 366 aa  105  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2174  RND family efflux transporter MFP subunit  31.11 
 
 		 394 aa  104  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.290725  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  26.86 
 
 		 360 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.02 
 
 		 370 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  26.99 
 
 		 397 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.86 
 
 		 360 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.53 
 
 		 351 aa  103  4e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  28.35 
 
 		 397 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5137  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.08 
 
 		 367 aa  103  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  29.11 
 
 		 361 aa  103  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  26.86 
 
 		 360 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  27.82 
 
 		 372 aa  103  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  29.7 
 
 		 340 aa  103  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  26.69 
 
 		 385 aa  102  8e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0614  membrane fusion protein  26.06 
 
 		 404 aa  102  1e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.85 
 
 		 358 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 365 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1089  hypothetical protein  29.97 
 
 		 382 aa  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  25.85 
 
 		 368 aa  102  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  28.42 
 
 		 403 aa  101  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.76 
 
 		 387 aa  101  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00241764 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  25.75 
 
 		 358 aa  101  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 365 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  27.3 
 
 		 397 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25 
 
 		 367 aa  100  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  24.55 
 
 		 358 aa  100  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7712  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 383 aa  100  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2342  secretion protein HlyD  27.52 
 
 		 370 aa  99.4  9e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  24.79 
 
 		 354 aa  99  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1312  RND family efflux transporter MFP subunit  28.01 
 
 		 371 aa  98.6  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  28.01 
 
 		 361 aa  98.6  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 		 361 aa  98.2  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  25.22 
 
 		 361 aa  98.6  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  27.51 
 
 		 360 aa  97.8  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.07 
 
 		 397 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1325  RND family efflux transporter MFP subunit  26.78 
 
 		 370 aa  97.8  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.784041  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0869  RND family efflux transporter MFP subunit  26.72 
 
 		 352 aa  97.1  5e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>