More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3300 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 395 aa  788    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3130  secretion protein HlyD  81.01 
 
 		 395 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  52.37 
 
 		 383 aa  310  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0230  secretion protein HlyD  49.3 
 
 		 367 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  50.89 
 
 		 367 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0344  secretion protein HlyD  50 
 
 		 372 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5193  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.59 
 
 		 372 aa  300  3e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5082  RND family efflux transporter MFP subunit  47.25 
 
 		 362 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.117888  normal  0.241341 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5175  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.09 
 
 		 362 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0287  RND family efflux transporter MFP subunit  48.8 
 
 		 362 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44923  normal  0.678954 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5235  RND family efflux transporter MFP subunit  48.19 
 
 		 362 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  40.17 
 
 		 372 aa  256  5e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  40.17 
 
 		 372 aa  255  8e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2041  RND family mulitdrug efflux protein  45.34 
 
 		 374 aa  250  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.527576 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3411  secretion protein HlyD  44.92 
 
 		 363 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.591463  normal  0.695679 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0736  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.35 
 
 		 361 aa  239  8e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4926  RND family efflux transporter MFP subunit  44.24 
 
 		 351 aa  238  1e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5087  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42 
 
 		 357 aa  233  5e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156095  normal  0.0832308 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1423  RND family mulitdrug efflux protein  42.82 
 
 		 371 aa  232  8.000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.427177  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1099  RND family efflux transporter MFP subunit  41.88 
 
 		 367 aa  231  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42 
 
 		 357 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0173163  normal  0.372844 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  39.87 
 
 		 357 aa  226  5.0000000000000005e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.77 
 
 		 362 aa  225  8e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.923896  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1451  RND family efflux transporter MFP subunit  40.32 
 
 		 369 aa  222  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.513769  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4858  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.3 
 
 		 388 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.345614 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2782  RND family efflux transporter MFP subunit  40.11 
 
 		 387 aa  218  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2037  secretion protein HlyD  40.4 
 
 		 363 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4341  RND family efflux transporter MFP subunit  39.01 
 
 		 394 aa  215  9e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.74 
 
 		 383 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  37.34 
 
 		 374 aa  191  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1048  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.25 
 
 		 367 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0768467 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1392  RND family efflux transporter MFP subunit  35.38 
 
 		 369 aa  183  4.0000000000000006e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.484541  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.39 
 
 		 381 aa  180  4e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.76 
 
 		 360 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  36.99 
 
 		 367 aa  173  5e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.62 
 
 		 377 aa  172  7.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  34.67 
 
 		 356 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  34.29 
 
 		 356 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  33.52 
 
 		 418 aa  165  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3466  AbgT putative transporter  33.71 
 
 		 361 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.081468 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  33.6 
 
 		 390 aa  162  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  34.24 
 
 		 367 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  38.08 
 
 		 378 aa  160  5e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.52 
 
 		 379 aa  160  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  34.51 
 
 		 367 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.84 
 
 		 379 aa  155  9e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  33.24 
 
 		 354 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0809  hypothetical protein  34.13 
 
 		 360 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244326 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.97 
 
 		 397 aa  153  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2653  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 391 aa  152  8e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  35.46 
 
 		 398 aa  151  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.72 
 
 		 417 aa  150  4e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  36.04 
 
 		 361 aa  150  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  33.72 
 
 		 416 aa  149  9e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  32.39 
 
 		 366 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  30.11 
 
 		 357 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2752  RND family efflux transporter MFP subunit  36.62 
 
 		 365 aa  147  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.23 
 
 		 356 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.51 
 
 		 384 aa  144  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.69 
 
 		 369 aa  144  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.52 
 
 		 383 aa  144  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.516168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  32.94 
 
 		 385 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  34.49 
 
 		 396 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  33.13 
 
 		 355 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.74 
 
 		 368 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2960  RND family efflux transporter MFP subunit  34.71 
 
 		 387 aa  140  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.147665  hitchhiker  0.0025793 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1968  multidrug efflux pump, membrane fusion protein CzcB subfamily  32.68 
 
 		 394 aa  141  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0347448 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  31.73 
 
 		 358 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  34.81 
 
 		 359 aa  140  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  31.65 
 
 		 368 aa  140  6e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  32.78 
 
 		 369 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  32.78 
 
 		 369 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5211  HlyD family secretion protein  32.12 
 
 		 358 aa  139  6e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 369 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  33.05 
 
 		 369 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  32.24 
 
 		 370 aa  138  1e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.03 
 
 		 383 aa  139  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  32.04 
 
 		 387 aa  139  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.71 
 
 		 357 aa  138  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  31.44 
 
 		 384 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  32.58 
 
 		 370 aa  137  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5174  RND efflux transporter  33.23 
 
 		 355 aa  136  8e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274772  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  30.79 
 
 		 402 aa  136  8e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  30.79 
 
 		 392 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5081  RND family efflux transporter MFP subunit  32.39 
 
 		 355 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167851  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  32.67 
 
 		 403 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  32.07 
 
 		 371 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  32.23 
 
 		 361 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2038  secretion protein HlyD  31.14 
 
 		 357 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.213803 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  33.89 
 
 		 363 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3445  secretion protein HlyD  34.22 
 
 		 369 aa  134  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  32.96 
 
 		 374 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4927  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 354 aa  133  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.72338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5234  RND family efflux transporter MFP subunit  33.03 
 
 		 355 aa  133  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  33.11 
 
 		 365 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.2 
 
 		 402 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5088  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.63 
 
 		 361 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857117  normal  0.0828727 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  32.49 
 
 		 364 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.06 
 
 		 357 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.434682  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  30.46 
 
 		 369 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>