More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5175 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5175  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 362 aa  727    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5082  RND family efflux transporter MFP subunit  98.34 
 
 		 362 aa  716    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.117888  normal  0.241341 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5235  RND family efflux transporter MFP subunit  95.3 
 
 		 362 aa  649    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0287  RND family efflux transporter MFP subunit  91.74 
 
 		 362 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44923  normal  0.678954 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0230  secretion protein HlyD  68.31 
 
 		 367 aa  449  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5193  efflux transporter, RND family, MFP subunit  68.84 
 
 		 372 aa  431  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0344  secretion protein HlyD  67.95 
 
 		 372 aa  428  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  57.23 
 
 		 367 aa  350  2e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  56.94 
 
 		 383 aa  348  1e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.09 
 
 		 395 aa  288  8e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4341  RND family efflux transporter MFP subunit  49.51 
 
 		 394 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.51 
 
 		 383 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2041  RND family mulitdrug efflux protein  47.23 
 
 		 374 aa  281  9e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.527576 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4858  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.85 
 
 		 388 aa  281  1e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.345614 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4926  RND family efflux transporter MFP subunit  46.7 
 
 		 351 aa  272  8.000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2782  RND family efflux transporter MFP subunit  46.35 
 
 		 387 aa  271  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1423  RND family mulitdrug efflux protein  45.1 
 
 		 371 aa  270  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.427177  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1099  RND family efflux transporter MFP subunit  47.59 
 
 		 367 aa  266  5.999999999999999e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3411  secretion protein HlyD  46.84 
 
 		 363 aa  265  8e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.591463  normal  0.695679 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3130  secretion protein HlyD  46.51 
 
 		 395 aa  265  1e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  44.62 
 
 		 372 aa  263  4.999999999999999e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  44.62 
 
 		 372 aa  262  6e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2037  secretion protein HlyD  44.51 
 
 		 363 aa  255  8e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.77 
 
 		 362 aa  255  9e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.923896  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0736  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.57 
 
 		 361 aa  252  6e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5087  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.33 
 
 		 357 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156095  normal  0.0832308 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.85 
 
 		 357 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0173163  normal  0.372844 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1392  RND family efflux transporter MFP subunit  41.37 
 
 		 369 aa  233  4.0000000000000004e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.484541  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1451  RND family efflux transporter MFP subunit  41.18 
 
 		 369 aa  233  5e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.513769  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1048  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.55 
 
 		 367 aa  233  6e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0768467 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  45.57 
 
 		 374 aa  233  6e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  41.14 
 
 		 357 aa  226  5.0000000000000005e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3466  AbgT putative transporter  38.14 
 
 		 361 aa  205  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.081468 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.13 
 
 		 381 aa  188  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.65 
 
 		 377 aa  183  5.0000000000000004e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.04 
 
 		 360 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  33.7 
 
 		 356 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0809  hypothetical protein  40.19 
 
 		 360 aa  179  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244326 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  34.83 
 
 		 367 aa  178  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  33.33 
 
 		 356 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  33.99 
 
 		 354 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  36.34 
 
 		 358 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  38.02 
 
 		 369 aa  176  8e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  36.26 
 
 		 396 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  37.12 
 
 		 369 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  37.85 
 
 		 361 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  37.12 
 
 		 369 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  37.29 
 
 		 369 aa  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  34.29 
 
 		 367 aa  169  9e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  37.54 
 
 		 378 aa  168  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  35.03 
 
 		 368 aa  167  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  33.97 
 
 		 367 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  35.73 
 
 		 418 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  38.16 
 
 		 361 aa  167  4e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  35.18 
 
 		 371 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.51 
 
 		 384 aa  162  6e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  35.67 
 
 		 364 aa  162  6e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.69 
 
 		 383 aa  162  9e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.01 
 
 		 383 aa  162  9e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.516168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  33.88 
 
 		 366 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.73 
 
 		 356 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5274  RND family efflux transporter MFP subunit  36.47 
 
 		 377 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0726879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2653  RND family efflux transporter MFP subunit  33.71 
 
 		 391 aa  159  7e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.38 
 
 		 366 aa  159  8e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  34.29 
 
 		 387 aa  159  9e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5088  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.59 
 
 		 361 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857117  normal  0.0828727 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  34.06 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  34.99 
 
 		 403 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5211  HlyD family secretion protein  33.81 
 
 		 358 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  35.96 
 
 		 390 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5234  RND family efflux transporter MFP subunit  33.81 
 
 		 355 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  34.08 
 
 		 369 aa  158  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  32.08 
 
 		 366 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5081  RND family efflux transporter MFP subunit  32.76 
 
 		 355 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167851  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5174  RND efflux transporter  32.56 
 
 		 355 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1968  multidrug efflux pump, membrane fusion protein CzcB subfamily  36.34 
 
 		 394 aa  155  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0347448 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0345  secretion protein HlyD  33.82 
 
 		 361 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.5 
 
 		 357 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  34.9 
 
 		 392 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  35.18 
 
 		 370 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  32.25 
 
 		 384 aa  153  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  33.43 
 
 		 357 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 355 aa  150  5e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  34.62 
 
 		 371 aa  149  9e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  34.62 
 
 		 371 aa  149  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  34.62 
 
 		 371 aa  149  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5368  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.19 
 
 		 362 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0514804  normal  0.515508 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.36 
 
 		 417 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.52 
 
 		 357 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.434682  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  33.12 
 
 		 366 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  32.32 
 
 		 364 aa  145  9e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  36.09 
 
 		 385 aa  145  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  37.21 
 
 		 398 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.86 
 
 		 379 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  33.22 
 
 		 362 aa  142  9e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  34.56 
 
 		 396 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2960  RND family efflux transporter MFP subunit  36.26 
 
 		 387 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.147665  hitchhiker  0.0025793 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.36 
 
 		 366 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1265  RND family efflux transporter MFP subunit  37.34 
 
 		 396 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  31.3 
 
 		 523 aa  139  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>